[日本語] English
万見
- EMDB-3350: Electron cryo-microscopy of an dsRNA-empty totivirus-like Omono R... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3350
タイトルElectron cryo-microscopy of an dsRNA-empty totivirus-like Omono River virus (OmRV)
マップデータReconstruction of empty OmRV
試料
  • 試料: Totivirus-like Omono River virus (OmRV)
  • ウイルス: Omono River virus (ウイルス)
キーワードVirus (ウイルス) / totivirus / mosquito (カ) / totiviridae / double-stranded RNA (リボ核酸) / dsRNA (リボ核酸) / capsid (カプシド) / icosahedral (二十面体) / icosahedron (二十面体) / T=1
生物種Omono River virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.3 Å
データ登録者Okamoto K / Miyazaki N / Larsson DSD / Kobayashi D / Svenda M / Muehlig K / Maia FRNC / Gunn LH / Isawa H / Kobayashi M ...Okamoto K / Miyazaki N / Larsson DSD / Kobayashi D / Svenda M / Muehlig K / Maia FRNC / Gunn LH / Isawa H / Kobayashi M / Sawabe K / Murata K / Hajdu J
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: The infectious particle of insect-borne totivirus-like Omono River virus has raised ridges and lacks fibre complexes.
著者: Kenta Okamoto / Naoyuki Miyazaki / Daniel S D Larsson / Daisuke Kobayashi / Martin Svenda / Kerstin Mühlig / Filipe R N C Maia / Laura H Gunn / Haruhiko Isawa / Mutsuo Kobayashi / Kyoko ...著者: Kenta Okamoto / Naoyuki Miyazaki / Daniel S D Larsson / Daisuke Kobayashi / Martin Svenda / Kerstin Mühlig / Filipe R N C Maia / Laura H Gunn / Haruhiko Isawa / Mutsuo Kobayashi / Kyoko Sawabe / Kazuyoshi Murata / Janos Hajdu /
要旨: Omono River virus (OmRV) is a double-stranded RNA virus isolated from Culex mosquitos, and it belongs to a group of unassigned insect viruses that appear to be related to Totiviridae. This paper ...Omono River virus (OmRV) is a double-stranded RNA virus isolated from Culex mosquitos, and it belongs to a group of unassigned insect viruses that appear to be related to Totiviridae. This paper describes electron cryo-microscopy (cryoEM) structures for the intact OmRV virion to 8.9 Å resolution and the structure of the empty virus-like-particle, that lacks RNA, to 8.3 Å resolution. The icosahedral capsid contains 120-subunits and resembles another closely related arthropod-borne totivirus-like virus, the infectious myonecrosis virus (IMNV) from shrimps. Both viruses have an elevated plateau around their icosahedral 5-fold axes, surrounded by a deep canyon. Sequence and structural analysis suggests that this plateau region is mainly composed of the extended C-terminal region of the capsid proteins. In contrast to IMNV, the infectious form of OmRV lacks extensive fibre complexes at its 5-fold axes as directly confirmed by a contrast-enhancement technique, using Zernike phase-contrast cryo-EM. Instead, these fibre complexes are replaced by a short "plug" structure at the five-fold axes of OmRV. OmRV and IMNV have acquired an extracellular phase, and the structures at the five-fold axes may be significant in adaptation to cell-to-cell transmission in metazoan hosts.
履歴
登録2016年3月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年3月9日-
マップ公開2016年9月28日-
更新2016年9月28日-
現状2016年9月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD3350-500p...

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3350.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 81.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of empty OmRV
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.88 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.09 / ムービー #1: 0.09
最小 - 最大-0.07970962 - 0.55625087
平均 (標準偏差)0.00878616 (±0.03463331)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 526.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.881.881.88
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z526.400526.400526.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0800.5560.009

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Totivirus-like Omono River virus (OmRV)

全体名称: Totivirus-like Omono River virus (OmRV)
要素
  • 試料: Totivirus-like Omono River virus (OmRV)
  • ウイルス: Omono River virus (ウイルス)

-
超分子 #1000: Totivirus-like Omono River virus (OmRV)

超分子名称: Totivirus-like Omono River virus (OmRV) / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: T=1 (T=2) / Number unique components: 1

-
超分子 #1: Omono River virus

超分子名称: Omono River virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 753758 / 生物種: Omono River virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Culex mosquito / 株: AK4 / 別称: INVERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 61 Å / T番号(三角分割数): 1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.43 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 100 mM ammonium acetate
グリッド詳細: Holey carbon grid
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 4.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.003 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.001 µm / 倍率（公称値）: 50000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: JEOL
日付2014年11月19日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 20 e/Å2

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, RELION / 使用した粒子像数: 12207

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る