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万見
- EMDB-33485: Nav1.7 mutant class2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33485
タイトルNav1.7 mutant class2
マップデータ
試料
  • 複合体: alpha1-beta1-beta2 ternary complex
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 9 subunit alphaナトリウムチャネル
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-1ナトリウムチャネル
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-2ナトリウムチャネル
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
  • リガンド: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
機能・相同性
機能・相同性情報


corticospinal neuron axon guidance / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / response to pyrethroid / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / voltage-gated sodium channel activity involved in Purkinje myocyte action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization ...corticospinal neuron axon guidance / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / response to pyrethroid / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / voltage-gated sodium channel activity involved in Purkinje myocyte action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / cardiac conduction / voltage-gated sodium channel complex / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sodium ion transport / ランヴィエの絞輪 / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / high voltage-gated calcium channel activity / locomotion / voltage-gated sodium channel activity / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / sodium channel inhibitor activity / neuronal action potential propagation / Interaction between L1 and Ankyrins / sodium ion transport / voltage-gated calcium channel complex / behavioral response to pain / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of heart rate by cardiac conduction / 脱分極 / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / calcium ion import across plasma membrane / sodium channel regulator activity / sodium ion transmembrane transport / 介在板 / cardiac muscle contraction / sensory perception of pain / 横行小管 / post-embryonic development / 軸索誘導 / response to toxic substance / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / positive regulation of neuron projection development / 概日リズム / nervous system development / 遺伝子発現 / response to heat / perikaryon / chemical synaptic transmission / transmembrane transporter binding / 細胞接着 / 炎症 / 神経繊維 / シナプス / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Sodium channel subunit beta-1/beta-3 / Myelin P0 protein-related / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. ...Sodium channel subunit beta-1/beta-3 / Myelin P0 protein-related / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Voltage-dependent channel domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ion transport domain / Ion transport protein / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel subunit beta-2 / Sodium channel subunit beta-1 / Sodium channel protein type 9 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Huang G / Wu Q / Li Z / Pan X / Yan N
資金援助 米国, 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Princeton UniversityShirley M. Tilghman endowed professorship 米国
Beijing Municipal Science and Technology CommissionZ191100001119127 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Unwinding and spiral sliding of S4 and domain rotation of VSD during the electromechanical coupling in Na1.7.
著者: Gaoxingyu Huang / Qiurong Wu / Zhangqiang Li / Xueqin Jin / Xiaoshuang Huang / Tong Wu / Xiaojing Pan / Nieng Yan /
要旨: Voltage-gated sodium (Na) channel Na1.7 has been targeted for the development of nonaddictive pain killers. Structures of Na1.7 in distinct functional states will offer an advanced mechanistic ...Voltage-gated sodium (Na) channel Na1.7 has been targeted for the development of nonaddictive pain killers. Structures of Na1.7 in distinct functional states will offer an advanced mechanistic understanding and aid drug discovery. Here we report the cryoelectron microscopy analysis of a human Na1.7 variant that, with 11 rationally introduced point mutations, has a markedly right-shifted activation voltage curve with V reaching 69 mV. The voltage-sensing domain in the first repeat (VSD) in a 2.7-Å resolution structure displays a completely down (deactivated) conformation. Compared to the structure of WT Na1.7, three gating charge (GC) residues in VSD are transferred to the cytosolic side through a combination of helix unwinding and spiral sliding of S4 and ∼20° domain rotation. A conserved WNФФD motif on the cytoplasmic end of S3 stabilizes the down conformation of VSD. One GC residue is transferred in VSD mainly through helix sliding. Accompanying GC transfer in VSD and VSD, rearrangement and contraction of the intracellular gate is achieved through concerted movements of adjacent segments, including S4-5, S4-5, S5, and all S6 segments. Our studies provide important insight into the electromechanical coupling mechanism of the single-chain voltage-gated ion channels and afford molecular interpretations for a number of pain-associated mutations whose pathogenic mechanism cannot be revealed from previously reported Na structures.
履歴
登録2022年5月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月10日-
マップ公開2022年8月10日-
更新2023年3月1日-
現状2023年3月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33485.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33485.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.52
最小 - 最大-2.62973 - 5.0583854
平均 (標準偏差)0.006642129 (±0.08628989)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 346.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33485_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33485_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : alpha1-beta1-beta2 ternary complex

全体名称: alpha1-beta1-beta2 ternary complex
要素
  • 複合体: alpha1-beta1-beta2 ternary complex
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 9 subunit alphaナトリウムチャネル
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-1ナトリウムチャネル
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-2ナトリウムチャネル
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
  • リガンド: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine

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超分子 #1: alpha1-beta1-beta2 ternary complex

超分子名称: alpha1-beta1-beta2 ternary complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #1: Sodium channel protein type 9 subunit alpha

分子名称: Sodium channel protein type 9 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 230.599281 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EKGGGARGGS GGGSWSHPQF EKGFDYKDDD DKGTMAMLPP PGPQSFVHFT KQSLALIEQR IAERKSKEPK EEKKDDDEEA PKPSSDLEA GKQLPFIYGD IPPGMVSEPL EDLDPYYADK KTFIVLNKGK TIFRFNATPA LYMLSPFSPL RRISIKILVH S LFSMLIMC ...文字列:
EKGGGARGGS GGGSWSHPQF EKGFDYKDDD DKGTMAMLPP PGPQSFVHFT KQSLALIEQR IAERKSKEPK EEKKDDDEEA PKPSSDLEA GKQLPFIYGD IPPGMVSEPL EDLDPYYADK KTFIVLNKGK TIFRFNATPA LYMLSPFSPL RRISIKILVH S LFSMLIMC TILTNCIFMT MNNPPDWTKN VKYTFTGIYT FESLVKILAR GFCVGEFTFL RDPWNWLDFV VIVFAYLTEF VN LGNVSAL RTFRVLRALK TISVIPGLKT IVGALIQSVK KLSDVMILTV FCLSVFALIG LQLFMGNLKH KCFRNSLENN ETL ESIMNT LESEEDFRKY FYYLEGSKDA LLCGFSTDSG QCPEGYTCVK IGRNPDYGYT SFDTFSWAFL ALFRLMTQDY WENL YQQTL RAAGKTYMIF FVVVIFLGSF YLINLILAVV AMAYEEQNQA NIEEAKQKEL EFQQMLDRLK KEQEEAEAIA AAAAE YTSI RRSRIMGLSE SSSETSKLSS KSAKERRNRR KKKNQKKLSS GEEKGDAEKL SKSESEDSIR RKSFHLGVEG HRRAHE KRL STPNQSPLSI RGSLFSARRS SRTSLFSFKG RGRDIGSETE FADDEHSIFG DNESRRGSLF VPHRPQERRS SNISQAS RS PPMLPVNGKM HSAVDCNGVV SLVDGRSALM LPNGQLLPEV IIDKATSDDS GTTNQIHKKR RCSSYLLSED MLNDPNLR Q RAMSRASILT NTVEELEESR QKCPPWWYRF AHKFLIWNCS PYWIKFKKCI YFIVMDPFVD LAITICIVLN TLFMAMEHH PMTEEFKNVL AIRNLVFTGI FAAEMVLKLI AMDPYEYFQV GWNIFDSLIV TLSLVELFLA DVEGLSVLRS FRLLRVFKLA KSWPTLNML IKIIGNSVGA FGNLMLVLFI IVFIFAVVGM QLFGKSYKEC VCKINDDCTL PRWHMNDFFH SFLIVFRVLC G EWIETMWD CMEVAGQAMC LIFYMMVFFI GNLVVLNLFL ALLLSSFSSD NLTAIEEDPD ANNLQIAVTR IKKGINYVKQ TL REFILKA FSKKPKISRE IRQAEDLNTK KENYISNHTL AEMSKGHNFL KEKDKISGFG SSVDKHLMED SDGQSFIHNP SLT VTVPIA PGESDLENMN AEELSSDSDS EYSKVRLNRS SSSECSTVDN PLPGEGEEAE AEPMNSDEPE ACFTDGCVWR FSCC QVNIE SGKGKIWWNI RKTCYKIVEH SWFESFIVLM ILLSSGALAF EDIYIERKKT IKIILEYADK IFTYIFILEM LLKWI AYGY KTYFTNAWCW LDFLIVDVSL VTLVANTLGY SDLGPIKSLR TLRALRPLRA LSRFEGMRVV VNALIGAIPS IMNVLL VCL IFWLIFSIMG VNLFAGKFYE CINTTDGSRF PASQVPNRSE CFALMNVSQN VRWKNLKVNF DNVGLGYLSL LQVATFK GW TIIMYAAVDS VNVDKQPKYE YSLYMYIYFI FFIIFGSFFT LNLFICVIID NFNQQKKKLG GQDIFMTEEQ KKYYNAMK K LGSKKPQKPI PRPGNKIQGC IFDLVTNQAF DISIMVLICL NMVTMMVEKE GQSQHMTEVL YWINVVFIIL FTGECVLKL ISLRHYYFTV GWNIFDFVVV IISIVGMFLA DLIETYFVSP TLFRVIRLAR IGRILRLVKG AKGIRTLLFA LMMSLPALFN IGLLLFLVM FIYAIFGMSN FAYVKKEDGI NDMFNFETFG NSMICLFQIT TSAGWDGLLA PILNSKPPDC DPKKVHPGSS V EGDCGNPS VGIFYFVSYI IISFLVVVNM YIAVILENFS VATEESTEPL SEDDFEMFYE VWEKFDPDAT QFIEFSKLSD FA AALDPPL LIAKPNKVQL IAMDLPMVSG DRIHCLDILF AFTKRVLGES GEMDSLRSQM EERFMSANPS KVSYEPITTT LKR KQEDVS ATVIQRAYRR YRLRQNVKNI SSIYIKDGDR DDDLLNKKDM AFDNVNENSS PEKTDATSST TSPPSYDSVT KPDK EKYEQ DRTEKEDKGK DSKESKK

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分子 #2: Sodium channel subunit beta-1

分子名称: Sodium channel subunit beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.732115 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGRLLALVVG AALVSSACGG CVEVDSETEA VYGMTFKILC ISCKRRSETN AETFTEWTFR QKGTEEFVKI LRYENEVLQL EEDERFEGR VVWNGSRGTK DLQDLSIFIT NVTYNHSGDY ECHVYRLLFF ENYEHNTSVV KKIHIEVVDK ANRDMASIVS E IMMYVLIV ...文字列:
MGRLLALVVG AALVSSACGG CVEVDSETEA VYGMTFKILC ISCKRRSETN AETFTEWTFR QKGTEEFVKI LRYENEVLQL EEDERFEGR VVWNGSRGTK DLQDLSIFIT NVTYNHSGDY ECHVYRLLFF ENYEHNTSVV KKIHIEVVDK ANRDMASIVS E IMMYVLIV VLTIWLVAEM IYCYKKIAAA TETAAQENAS EYLAITSESK ENCTGVQVAE

+
分子 #3: Sodium channel subunit beta-2

分子名称: Sodium channel subunit beta-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.355859 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHRDAWLPRP AFSLTGLSLF FSLVPPGRSM EVTVPATLNV LNGSDARLPC TFNSCYTVNH KQFSLNWTYQ ECNNCSEEMF LQFRMKIIN LKLERFQDRV EFSGNPSKYD VSVMLRNVQP EDEGIYNCYI MNPPDRHRGH GKIHLQVLME EPPERDSTVA V IVGASVGG ...文字列:
MHRDAWLPRP AFSLTGLSLF FSLVPPGRSM EVTVPATLNV LNGSDARLPC TFNSCYTVNH KQFSLNWTYQ ECNNCSEEMF LQFRMKIIN LKLERFQDRV EFSGNPSKYD VSVMLRNVQP EDEGIYNCYI MNPPDRHRGH GKIHLQVLME EPPERDSTVA V IVGASVGG FLAVVILVLM VVKCVRRKKE QKLSTDDLKT EEEGKTDGEG NPDDGAK

+
分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

+
分子 #6: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 5 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

+
分子 #7: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

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分子 #8: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 17 / 式: LPE
分子量理論値: 510.708 Da
Chemical component information

ChemComp-LPE:
1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O-オクタデシル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン

+
分子 #9: (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen ...

分子名称: (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: 1PW
分子量理論値: 421.508 Da
Chemical component information

ChemComp-1PW:
(2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate / C2-セラミド1-ホスファ-ト

+
分子 #10: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 6 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / DOPC, リン脂質*YM

+
分子 #11: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...

分子名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: P5S
分子量理論値: 792.075 Da
Chemical component information

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン / ホスファチジルセリン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

9781

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 394163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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