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万見
- EMDB-33099: Structure of somatostatin receptor 2 bound with octreotide. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33099
タイトルStructure of somatostatin receptor 2 bound with octreotide.
マップデータCryo-EM density map of octreotide bound SSTR2-DNGi complex.
試料
  • 複合体: The SST anologue octreotide bound somatostatin receptor 2 and Gi heterotrimer complex
    • タンパク質・ペプチド: Somatostatin receptor type 2,LargeBit
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: ScFv16
    • タンパク質・ペプチド: Octreotideオクトレオチド
機能・相同性
機能・相同性情報


somatostatin receptor activity / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / 蠕動 / Activation of the phototransduction cascade / neuropeptide binding / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma ...somatostatin receptor activity / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / 蠕動 / Activation of the phototransduction cascade / neuropeptide binding / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / cellular response to glucocorticoid stimulus / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / response to starvation / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / neuropeptide signaling pathway / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization / forebrain development / cellular response to forskolin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / cerebellum development / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of insulin secretion / cellular response to estradiol stimulus / G protein-coupled receptor binding / PDZ domain binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / response to peptide hormone / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / sensory perception of taste / GPER1 signaling / GDP binding / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye / GTPase binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 細胞皮質 / midbody / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / 精子形成 / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / neuron projection / 細胞周期 / G protein-coupled receptor signaling pathway / 細胞分裂 / lysosomal membrane / negative regulation of cell population proliferation / GTPase activity / 中心体 / protein-containing complex binding / GTP binding / 核小体 / magnesium ion binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Somatostatin receptor 2 / Somatostatin receptor family / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit ...Somatostatin receptor 2 / Somatostatin receptor family / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Somatostatin receptor type 2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) / Bos taurus (ウシ) / Rattus (クマネズミ属)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Bo Q / Yang F / Li YG / Meng XY / Zhang HH / Zhou YX / Ling SL / Sun DM / Lv P / Liu L ...Bo Q / Yang F / Li YG / Meng XY / Zhang HH / Zhou YX / Ling SL / Sun DM / Lv P / Liu L / Shi P / Tian CL
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the activation of somatostatin receptor 2 by cyclic SST analogues.
著者: Qing Bo / Fan Yang / Yingge Li / Xianyu Meng / Huanhuan Zhang / Yingxin Zhou / Shenglong Ling / Demeng Sun / Pei Lv / Lei Liu / Pan Shi / Changlin Tian /
要旨: The endogenous cyclic tetradecapeptide SST14 was reported to stimulate all five somatostatin receptors (SSTR1-5) for hormone release, neurotransmission, cell growth arrest and cancer suppression. Two ...The endogenous cyclic tetradecapeptide SST14 was reported to stimulate all five somatostatin receptors (SSTR1-5) for hormone release, neurotransmission, cell growth arrest and cancer suppression. Two SST14-derived short cyclic SST analogues (lanreotide or octreotide) with improved stability and longer lifetime were developed as drugs to preferentially activate SSTR2 and treat acromegalia and neuroendocrine tumors. Here, cryo-EM structures of the human SSTR2-Gi complex bound with SST14, octreotide or lanreotide were determined at resolutions of 2.85 Å, 2.97 Å, and 2.87 Å, respectively. Structural and functional analysis revealed that interactions between β-turn residues in SST analogues and transmembrane SSTR2 residues in the ligand-binding pocket are crucial for receptor binding and functional stimulation of the two SST14-derived cyclic octapeptides. Additionally, Q102, N276, and F294 could be responsible for the selectivity of lanreotide or octreotide for SSTR2 over SSTR1 or SSTR4. These results provide valuable insights into further rational development of SST analogue drugs targeting SSTR2.
履歴
登録2022年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2022年8月31日-
現状2022年8月31日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33099.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33099.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM density map of octreotide bound SSTR2-DNGi complex.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.46
最小 - 最大-3.0695596 - 4.544507
平均 (標準偏差)0.0021179472 (±0.101164155)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 214.00002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo-EM density half map B of octreotide bound SSTR2-DNGi complex.

ファイルemd_33099_half_map_1.map
注釈Cryo-EM density half map B of octreotide bound SSTR2-DNGi complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM density half map A of octreotide bound SSTR2-DNGi complex.

ファイルemd_33099_half_map_2.map
注釈Cryo-EM density half map A of octreotide bound SSTR2-DNGi complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The SST anologue octreotide bound somatostatin receptor 2 and Gi ...

全体名称: The SST anologue octreotide bound somatostatin receptor 2 and Gi heterotrimer complex
要素
  • 複合体: The SST anologue octreotide bound somatostatin receptor 2 and Gi heterotrimer complex
    • タンパク質・ペプチド: Somatostatin receptor type 2,LargeBit
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: ScFv16
    • タンパク質・ペプチド: Octreotideオクトレオチド

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超分子 #1: The SST anologue octreotide bound somatostatin receptor 2 and Gi ...

超分子名称: The SST anologue octreotide bound somatostatin receptor 2 and Gi heterotrimer complex
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Somatostatin receptor type 2,LargeBit

分子名称: Somatostatin receptor type 2,LargeBit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 63.274395 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKGSGSHH HHHHHHHHLE VLFQGPMDMA DEPLNGSHTW LSIPFDLNGS VVSTNTSNQT EPYYDLTSN AVLTFIYFVV CIIGLCGNTL VIYVILRYAK MKTITNIYIL NLAIADELFM LGLPFLAMQV ALVHWPFGKA I CRVVMTVD ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKGSGSHH HHHHHHHHLE VLFQGPMDMA DEPLNGSHTW LSIPFDLNGS VVSTNTSNQT EPYYDLTSN AVLTFIYFVV CIIGLCGNTL VIYVILRYAK MKTITNIYIL NLAIADELFM LGLPFLAMQV ALVHWPFGKA I CRVVMTVD GINQFTSIFC LTVMSIDRYL AVVHPIKSAK WRRPRTAKMI TMAVWGVSLL VILPIMIYAG LRSNQWGRSS CT INWPGES GAWYTGFIIY TFILGFLVPL TIICLCYLFI IIKVKSSGIR VGSSKRKKSE KKVTRMVSIV VAVFIFCWLP FYI FNVSSV SMAISPTPAL KGMFDFVVVL TYANSCANPI LYAFLSDNFK KSFQNVLCLV KVSGTDDGER SDSKQDKSRL NETT ETQRT VFTLEDFVGD WEQTAAYNLD QVLEQGGVSS LLQNLAVSVT PIQRIVRSGE NALKIDIHVI IPYEGLSADQ MAQIE EVFK VVYPVDDHHF KVILPYGTLV IDGVTPNMLN YFGRPYEGIA VFDGKKITVT GTLWNGNKII DERLITPDGS MLFRVT INS

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.472082 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVGAQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHESM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCS TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 38.975578 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI ...文字列:
MHHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI VTSSGDTTCA LWDIETGQQT TTFTGHTGDV MSLSLAPDTR LFVSGACDAS AKLWDVREGM CRQTFTGHES DI NAICFFP NGNAFATGSD DATCRLFDLR ADQELMTYSH DNIICGITSV SFSKSGRLLL AGYDDFNCNV WDALKADRAG VLA GHDNRV SCLGVTDDGM AVATGSWDSF LKIWNGSS

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

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分子 #5: ScFv16

分子名称: ScFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus (クマネズミ属)
分子量理論値: 32.768484 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFDVQ LVESGGGLVQ PGGSRKLSCS ASGFAFSSFG MHWVRQAPEK GLEWVAYIS SGSGTIYYAD TVKGRFTISR DDPKNTLFLQ MTSLRSEDTA MYYCVRSIYY YGSSPFDFWG QGTTLTVSSG G GGSGGGGS ...文字列:
MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFDVQ LVESGGGLVQ PGGSRKLSCS ASGFAFSSFG MHWVRQAPEK GLEWVAYIS SGSGTIYYAD TVKGRFTISR DDPKNTLFLQ MTSLRSEDTA MYYCVRSIYY YGSSPFDFWG QGTTLTVSSG G GGSGGGGS GGGGSSDIVM TQATSSVPVT PGESVSISCR SSKSLLHSNG NTYLYWFLQR PGQSPQLLIY RMSNLASGVP DR FSGSGSG TAFTLTISRL EAEDVGVYYC MQHLEYPLTF GAGTKLELVD ENLYFQGASH HHHHHHH

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分子 #6: Octreotide

分子名称: Octreotide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.022263 KDa
配列文字列:
(DPN)CF(DTR)KTC(THO)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION回折 / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Alphafold
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 666575

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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