[日本語] English
万見
- EMDB-32756: Cryo-EM structure of SARS-CoV spike receptor-binding domain in co... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32756
タイトルCryo-EM structure of SARS-CoV spike receptor-binding domain in complex with minke whale ACE2
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV spike receptor-binding domain in complex with minke whale ACE2
    • 複合体: minke whale ACE2
      • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzymeアンジオテンシン変換酵素
    • 複合体: SARS-CoV spike receptor-binding domain
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / Attachment and Entry / carboxypeptidase activity / 繊毛 / endocytosis involved in viral entry into host cell / metallopeptidase activity ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / Attachment and Entry / carboxypeptidase activity / 繊毛 / endocytosis involved in viral entry into host cell / metallopeptidase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell plasma membrane / virion membrane / タンパク質分解 / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
アンジオテンシン変換酵素 / スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Mammalia (哺乳類) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Li S / Han P / Qi J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB29010202 中国
引用ジャーナル: Natl Sci Rev / 年: 2022
タイトル: Cross-species recognition and molecular basis of SARS-CoV-2 and SARS-CoV binding to ACE2s of marine animals.
著者: Shihua Li / Ruirui Yang / Di Zhang / Pu Han / Zepeng Xu / Qian Chen / Runchu Zhao / Xin Zhao / Xiao Qu / Anqi Zheng / Liang Wang / Linjie Li / Yu Hu / Rong Zhang / Chao Su / Sheng Niu / ...著者: Shihua Li / Ruirui Yang / Di Zhang / Pu Han / Zepeng Xu / Qian Chen / Runchu Zhao / Xin Zhao / Xiao Qu / Anqi Zheng / Liang Wang / Linjie Li / Yu Hu / Rong Zhang / Chao Su / Sheng Niu / Yanfang Zhang / Jianxun Qi / Kefang Liu / Qihui Wang / George F Gao /
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has an extremely broad host range that includes hippopotami, which are phylogenetically closely related to whales. The cellular ACE2 ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has an extremely broad host range that includes hippopotami, which are phylogenetically closely related to whales. The cellular ACE2 receptor is one of the key determinants of the host range. Here, we found that ACE2s from several marine mammals and hippopotami could efficiently bind to the receptor-binding domain (RBD) of both SARS-CoV and SARS-CoV-2 and facilitate the transduction of SARS-CoV and SARS-CoV-2 pseudoviruses into ACE2-expressing cells. We further resolved the cryo-electron microscopy complex structures of the minke whale ACE2 and sea lion ACE2, respectively, bound to the RBDs, revealing that they have similar binding modes to human ACE2 when it comes to the SARS-CoV-2 RBD and SARS-CoV RBD. Our results indicate that marine mammals could potentially be new victims or virus carriers of SARS-CoV-2, which deserves further careful investigation and study. It will provide an early warning for the prospective monitoring of marine mammals.
履歴
登録2022年1月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月19日-
マップ公開2022年10月19日-
更新2022年10月19日-
現状2022年10月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_32756.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32756.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.669 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.23
最小 - 最大-1.5330484 - 2.222938
平均 (標準偏差)-0.0007171753 (±0.05300748)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 240.84001 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : SARS-CoV spike receptor-binding domain in complex with minke whal...

全体名称: SARS-CoV spike receptor-binding domain in complex with minke whale ACE2
要素
  • 複合体: SARS-CoV spike receptor-binding domain in complex with minke whale ACE2
    • 複合体: minke whale ACE2
      • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzymeアンジオテンシン変換酵素
    • 複合体: SARS-CoV spike receptor-binding domain
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
  • リガンド: ZINC ION

-
超分子 #1: SARS-CoV spike receptor-binding domain in complex with minke whal...

超分子名称: SARS-CoV spike receptor-binding domain in complex with minke whale ACE2
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mammalia (哺乳類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
超分子 #2: minke whale ACE2

超分子名称: minke whale ACE2 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293

-
超分子 #3: SARS-CoV spike receptor-binding domain

超分子名称: SARS-CoV spike receptor-binding domain / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

-
分子 #1: Angiotensin-converting enzyme

分子名称: Angiotensin-converting enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
由来(天然)生物種: Mammalia (哺乳類)
分子量理論値: 85.789805 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSGSFWLLLS LVAVTAAQST TEEQAKTFLQ KFDHEAEDLS YRSSLASWNY NTNITDENVQ KMNAARAKWS AFYEEQSRIA KTYPLEEIQ NLTLKRQLQA LQQSGTSVLS ADKSKRLNTI LNTMSTIYSS GKVLDPNTQE YLVLEPGLDD IMENSEDYNR R LWAWEGWR ...文字列:
MSGSFWLLLS LVAVTAAQST TEEQAKTFLQ KFDHEAEDLS YRSSLASWNY NTNITDENVQ KMNAARAKWS AFYEEQSRIA KTYPLEEIQ NLTLKRQLQA LQQSGTSVLS ADKSKRLNTI LNTMSTIYSS GKVLDPNTQE YLVLEPGLDD IMENSEDYNR R LWAWEGWR AEVGKQLRPF YEEYVVLENE MARANNYEDY GDYWRGDYEV TGADGYDYSR NQLIADVERT FAEIKPLYEQ LH AYVRAKL MDAYPSRISP TGCLPAHLLG DMWGRFWTNL YPLTVPFGEK PSIDVTKEMQ NQSWDAKRIF KEAEKFFVSI GLP NMTQEF WVNSMLTEPG DGRKVVCHPT AWDLGKGDFR IKMCTKVTMD DFLTAHHEMG HIQYDMAYAT QPFLLRNGAN EGFH EAVGE IMSLSAATPH YLKALGLLPP DFYEDNVTEI NFLLKQALQI VGTLPFTYML EKWRWMVFKG EIPKEQWMQK WWEMK REIV GVVEPLPHDE TYCDPACLFH VAEDYSFIRY YTRTIYQFQF HEALCQTAKH EGPLYKCDIS NSTEAGQRLL QMLHLG KSE PWTLALENIV GVKTMDVKPL LNYFEPLLTW LKEQNRNSPV GWSTDWTPYS DQSIKVRISL KSALGEKAYE WNDNEMY LF QSSVAYAMRE YFSKVRNETI PFGEKDVWVS DLKPRISFNF FVTTPKNVSD IIPRTEVEEA IRMSRGRIND AFRLDDNS L EFLGIQPTLG PPYEPPVT

-
分子 #2: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
分子量理論値: 21.624326 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NLCPFGEVFN ATKFPSVYAW ERKKISNCVA DYSVLYNSTF FSTFKCYGVS ATKLNDLCFS NVYADSFVVK GDDVRQIAPG QTGVIADYN YKLPDDFMGC VLAWNTRNID ATSTGNYNYK YRYLRHGKLR PFERDISNVP FSPDGKPCTP PALNCYWPLN D YGFYTTTG ...文字列:
NLCPFGEVFN ATKFPSVYAW ERKKISNCVA DYSVLYNSTF FSTFKCYGVS ATKLNDLCFS NVYADSFVVK GDDVRQIAPG QTGVIADYN YKLPDDFMGC VLAWNTRNID ATSTGNYNYK YRYLRHGKLR PFERDISNVP FSPDGKPCTP PALNCYWPLN D YGFYTTTG IGYQPYRVVV LSFEGSLEVL FQ

-
分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 146539
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る