+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32526 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of LY341495/NAM-bound mGlu3 | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of inactive mGlu3 bound to LY341495 and NAM. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 group II metabotropic glutamate receptor activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / calcium channel regulator activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / G protein-coupled receptor activity ...group II metabotropic glutamate receptor activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / calcium channel regulator activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / G protein-coupled receptor activity / presynaptic membrane / 遺伝子発現 / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / scaffold protein binding / postsynaptic membrane / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / 神経繊維 / glutamatergic synapse / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.71 Å | |||||||||
データ登録者 | Fang W / Yang F / Xu CJ / Ling SL / Lin L / Zhou YX / Sun WJ / Wang XM / Liu P / Rondard P ...Fang W / Yang F / Xu CJ / Ling SL / Lin L / Zhou YX / Sun WJ / Wang XM / Liu P / Rondard P / Pan S / Pin JP / Tian CL / Liu JF | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2022 タイトル: Structural basis of the activation of metabotropic glutamate receptor 3. 著者: Wei Fang / Fan Yang / Chanjuan Xu / Shenglong Ling / Li Lin / Yingxin Zhou / Wenjing Sun / Xiaomei Wang / Peng Liu / Philippe Rondard / Pan Shi / Jean-Philippe Pin / Changlin Tian / Jianfeng Liu / | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32526.map.gz | 79.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-32526-v30.xml emd-32526.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32526.png | 67.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32526 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32526 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32526.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryo-EM structure of inactive mGlu3 bound to LY341495 and NAM. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.01 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of mGlu3 bound with LY2794193
全体 | 名称: Cryo-EM structure of mGlu3 bound with LY2794193 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Cryo-EM structure of mGlu3 bound with LY2794193
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of mGlu3 bound with LY2794193 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 3
分子 | 名称: Metabotropic glutamate receptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 100.021695 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDENLYFQG LGDHNFLRRE IKIEGDLVLG GLFPINEKGT GTEECGRINE DRGIQRLEAM LFAIDEINK DDYLLPGVKL GVHILDTCSR DTYALEQSLE FVRASLTKVD EAEYMCPDGS YAIQENIPLL IAGVIGGSYS S VSIQVANL ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDENLYFQG LGDHNFLRRE IKIEGDLVLG GLFPINEKGT GTEECGRINE DRGIQRLEAM LFAIDEINK DDYLLPGVKL GVHILDTCSR DTYALEQSLE FVRASLTKVD EAEYMCPDGS YAIQENIPLL IAGVIGGSYS S VSIQVANL LRLFQIPQIS YASTSAKLSD KSRYDYFART VPPDFYQAKA MAEILRFFNW TYVSTVASEG DYGETGIEAF EQ EARLRNI CIATAEKVGR SNIRKSYDSV IRELLQKPNA RVVVLFMRSD DSRELIAAAS RANASFTWVA SDGWGAQESI IKG SEHVAY GAITLELASQ PVRQFDRYFQ SLNPYNNHRN PWFRDFWEQK FQCSLQNKRN HRRVCDKHLA IDSSNYEQES KIMF VVNAV YAMAHALHKM QRTLCPNTTK LCDAMKILDG KKLYKDYLLK INFTAPFNPN KDADSIVKFD TFGDGMGRYN VFNFQ NVGG KYSYLKVGHW AETLSLDVNS IHWSRNSVPT SQCSDPCAPN EMKNMQPGDV CCWICIPCEP YEYLADEFTC MDCGSG QWP TADLTGCYDL PEDYIRWEDA WAIGPVTIAC LGFMCTCMVV TVFIKHNNTP LVKASGRELC YILLFGVGLS YCMTFFF IA KPSPVICALR RLGLGSSFAI CYSALLTKTN CIARIFDGVK NGAQRPKFIS PSSQVFICLG LILVQIVMVS VWLILEAP G TRRYTLAEKR ETVILKCNVK DSSMLISLTY DVILVILCTV YAFKTRKCPE NFNEAKFIGF TMYTTCIIWL AFLPIFYVT SSDYRVQTTT MCISVSLSGF VVLGCLFAPK VHIILFQPQK NVVTHRLHLN RFSVSGTGTT YSQSSASTYV PTVCNGREVL DSTTSSL |
-分子 #2: 2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine
分子 | 名称: 2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: Z99 |
---|---|
分子量 | 理論値: 353.369 Da |
Chemical component information | ChemComp-Z99: |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 57.6 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 133783 |