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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31882 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | The mouse nucleosome structure containing H3mm18 aided by PL2-6 scFv | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Nucleosome containing H3mm18 aided by PL2-6 scFv | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | complex / chromatin / nucleosome / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Inhibition of DNA recombination at telomere / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / G2/M DNA damage checkpoint / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / HDMs demethylate histones / Cleavage of the damaged purine / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Condensation of Prophase Chromosomes ...Inhibition of DNA recombination at telomere / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / G2/M DNA damage checkpoint / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / HDMs demethylate histones / Cleavage of the damaged purine / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Condensation of Prophase Chromosomes / Metalloprotease DUBs / HDACs deacetylate histones / PRC2 methylates histones and DNA / Processing of DNA double-strand break ends / HATs acetylate histones / UCH proteinases / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / PKMTs methylate histone lysines / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RMTs methylate histone arginines / Estrogen-dependent gene expression / Ub-specific processing proteases / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / nucleosomal DNA binding / heterochromatin formation / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Hirai S / Takizawa Y | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 12件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022 タイトル: Unusual nucleosome formation and transcriptome influence by the histone H3mm18 variant. 著者: Seiya Hirai / Kosuke Tomimatsu / Atsuko Miyawaki-Kuwakado / Yoshimasa Takizawa / Tetsuro Komatsu / Taro Tachibana / Yutaro Fukushima / Yasuko Takeda / Lumi Negishi / Tomoya Kujirai / Masako ...著者: Seiya Hirai / Kosuke Tomimatsu / Atsuko Miyawaki-Kuwakado / Yoshimasa Takizawa / Tetsuro Komatsu / Taro Tachibana / Yutaro Fukushima / Yasuko Takeda / Lumi Negishi / Tomoya Kujirai / Masako Koyama / Yasuyuki Ohkawa / Hitoshi Kurumizaka / 要旨: Histone H3mm18 is a non-allelic H3 variant expressed in skeletal muscle and brain in mice. However, its function has remained enigmatic. We found that H3mm18 is incorporated into chromatin in cells ...Histone H3mm18 is a non-allelic H3 variant expressed in skeletal muscle and brain in mice. However, its function has remained enigmatic. We found that H3mm18 is incorporated into chromatin in cells with low efficiency, as compared to H3.3. We determined the structures of the nucleosome core particle (NCP) containing H3mm18 by cryo-electron microscopy, which revealed that the entry/exit DNA regions are drastically disordered in the H3mm18 NCP. Consistently, the H3mm18 NCP is substantially unstable in vitro. The forced expression of H3mm18 in mouse myoblast C2C12 cells markedly suppressed muscle differentiation. A transcriptome analysis revealed that the forced expression of H3mm18 affected the expression of multiple genes, and suppressed a group of genes involved in muscle development. These results suggest a novel gene expression regulation system in which the chromatin landscape is altered by the formation of unusual nucleosomes with a histone variant, H3mm18, and provide important insight into understanding transcription regulation by chromatin. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31882.map.gz | 2.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31882-v30.xml emd-31882.xml | 18.1 KB 18.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31882_fsc.xml | 7.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31882.png | 187.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31882.cif.gz | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31882 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31882 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31882_validation.pdf.gz | 436.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31882_full_validation.pdf.gz | 436.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31882_validation.xml.gz | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31882_validation.cif.gz | 12.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31882 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31882 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31882.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Nucleosome containing H3mm18 aided by PL2-6 scFv | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The mouse nucleosome containing H3mm18 aided by PL2-6 scFv
全体 | 名称: The mouse nucleosome containing H3mm18 aided by PL2-6 scFv |
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要素 |
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-超分子 #1: The mouse nucleosome containing H3mm18 aided by PL2-6 scFv
超分子 | 名称: The mouse nucleosome containing H3mm18 aided by PL2-6 scFv タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Histone H3mm18
分子 | 名称: Histone H3mm18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 15.350842 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSHMARTKQT ARKSTGDKAP RKQLATKAAR KSAPSTGGVK KPHCYRPGTV ALREIRSYQK SSELLIRKLP FQRLVLEIAQ DFKTDLCFQ SAAIGALQEA SEAYLVGLFE DTNLCAIHAK RVTIMPKDTQ LAGYICRECA |
-分子 #2: Histone H4
分子 | 名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 11.676703 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSHMSGRGKG GKGLGKGGAK RHRKVLRDNI QGITKPAIRR LARRGGVKRI SGLIYEETRG VLKVFLENVI RDAVTYTEHA KRKTVTAMD VVYALKRQGR TLYGFGG UniProtKB: Histone H4 |
-分子 #3: Histone H2A type 1-B
分子 | 名称: Histone H2A type 1-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 14.447825 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSHMSGRGKQ GGKARAKAKT RSSRAGLQFP VGRVHRLLRK GNYSERVGAG APVYLAAVLE YLTAEILELA GNAARDNKKT RIIPRHLQL AIRNDEELNK LLGRVTIAQG GVLPNIQAVL LPKKTESHHK AKGK UniProtKB: Histone H2A type 1-B |
-分子 #4: Histone H2B type 3-A
分子 | 名称: Histone H2B type 3-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 14.307559 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSHMPEPSRS TPAPKKGSKK AITKAQKKDG KKRKRGRKES YSIYVYKVLK QVHPDTGISS KAMGIMNSFV NDIFERIASE ASRLAHYNK RSTITSREVQ TAVRLLLPGE LAKHAVSEGT KAVTKYTSSK UniProtKB: H2B.U histone 2 |
-分子 #5: DNA (126-MER)
分子 | 名称: DNA (126-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 44.520383 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DG) (DA)(DT) |
-分子 #6: DNA (126-MER)
分子 | 名称: DNA (126-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 44.99166 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC) ...文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG) (DA)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 58.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |