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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3148 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of chikungunya virus in complex with neutralizing antibody Fab 4J21 | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of CHIKV VLP in complex with Fab molecules | |||||||||
試料 |
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キーワード | chikungunya virus (チクングニア熱) / neutralizing antibody Fab | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Long F / Fong RH / Austin SK / Chen Z / Klose T / Fokine A / Liu Y / Porta J / Sapparapu G / Akahata W ...Long F / Fong RH / Austin SK / Chen Z / Klose T / Fokine A / Liu Y / Porta J / Sapparapu G / Akahata W / Doranz BJ / Crowe JE / Diamond MS / Rossmann MG | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015 タイトル: Cryo-EM structures elucidate neutralizing mechanisms of anti-chikungunya human monoclonal antibodies with therapeutic activity. 著者: Feng Long / Rachel H Fong / Stephen K Austin / Zhenguo Chen / Thomas Klose / Andrei Fokine / Yue Liu / Jason Porta / Gopal Sapparapu / Wataru Akahata / Benjamin J Doranz / James E Crowe / ...著者: Feng Long / Rachel H Fong / Stephen K Austin / Zhenguo Chen / Thomas Klose / Andrei Fokine / Yue Liu / Jason Porta / Gopal Sapparapu / Wataru Akahata / Benjamin J Doranz / James E Crowe / Michael S Diamond / Michael G Rossmann / 要旨: Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes severe acute and chronic disease in humans. Although highly inhibitory murine and human monoclonal antibodies (mAbs) have ...Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes severe acute and chronic disease in humans. Although highly inhibitory murine and human monoclonal antibodies (mAbs) have been generated, the structural basis of their neutralizing activity remains poorly characterized. Here, we determined the cryo-EM structures of chikungunya virus-like particles complexed with antibody fragments (Fab) of two highly protective human mAbs, 4J21 and 5M16, that block virus fusion with host membranes. Both mAbs bind primarily to sites within the A and B domains, as well as to the B domain's β-ribbon connector of the viral glycoprotein E2. The footprints of these antibodies on the viral surface were consistent with results from loss-of-binding studies using an alanine scanning mutagenesis-based epitope mapping approach. The Fab fragments stabilized the position of the B domain relative to the virus, particularly for the complex with 5M16. This finding is consistent with a mechanism of neutralization in which anti-CHIKV mAbs that bridge the A and B domains impede movement of the B domain away from the underlying fusion loop on the E1 glycoprotein and therefore block the requisite pH-dependent fusion of viral and host membranes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3148.map.gz | 244.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3148-v30.xml emd-3148.xml | 11 KB 11 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd-3148-4J21_500by500.tif | 1.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3148 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3148 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3148.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 300.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of CHIKV VLP in complex with Fab molecules | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with human...
全体 | 名称: Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with human neutralizing antibody Fab 4J21 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with human...
超分子 | 名称: Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with human neutralizing antibody Fab 4J21 タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: one Fab binds to one envelope protein on the surface of virus Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: Chikungunya virus
超分子 | 名称: Chikungunya virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Chikungunya VLP / NCBI-ID: 37124 / 生物種: Chikungunya virus / Sci species strain: strain 37997 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Chikungunya VLP |
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宿主 | 生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 別称: INVERTEBRATES |
Host system | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: FreeStyle 293-F |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 4 |
-分子 #1: Fab 4J21
分子 | 名称: Fab 4J21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 240 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: hybridoma |
分子量 | 実験値: 50 KDa / 理論値: 50 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: PBS |
グリッド | 詳細: 400 mesh ultrathin holey carbon copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 110 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 6 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 60553 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 37000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
日付 | 2014年7月18日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 120 / 平均電子線量: 22 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: JSPR / 使用した粒子像数: 3149 |
詳細 | The particles were mannually selected using the program EMAN2. |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: EMFit |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |