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万見
- EMDB-30463: Human origin recognition complex 1-5 State II -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30463
タイトルHuman origin recognition complex 1-5 State II
マップデータhsORC1-5-state2
試料
  • 複合体: Human Origin Recognition Complex 1-5
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 1複製起点認識複合体
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 2複製起点認識複合体
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 3複製起点認識複合体
  • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 4複製起点認識複合体
  • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 5複製起点認識複合体
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードDNA replication initiation / Origin recognition complex (ORC) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / autoinhibition conformation / REPLICATION (DNA複製)
機能・相同性
機能・相同性情報


polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / 複製起点認識複合体 / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / inner kinetochore / nuclear origin of replication recognition complex / nuclear pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex / neural precursor cell proliferation / mitotic DNA replication checkpoint signaling ...polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / 複製起点認識複合体 / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / inner kinetochore / nuclear origin of replication recognition complex / nuclear pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex / neural precursor cell proliferation / mitotic DNA replication checkpoint signaling / G1/S-Specific Transcription / DNA replication origin binding / regulation of DNA replication / DNA replication initiation / protein polymerization / Activation of the pre-replicative complex / glial cell proliferation / ヘテロクロマチン / Activation of ATR in response to replication stress / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / DNA複製 / chromosome, telomeric region / nuclear body / nucleotide binding / 中心体 / chromatin binding / クロマチン / 核小体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal / CDC6, C terminal winged helix domain / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 ...Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal / CDC6, C terminal winged helix domain / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / AAA ATPase domain / Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex, subunit 2 / AAA lid domain / AAA lid domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain / BAH domain profile. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Cheng J / Li N
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508904 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020
タイトル: Structural insight into the assembly and conformational activation of human origin recognition complex.
著者: Jiaxuan Cheng / Ningning Li / Xiaohan Wang / Jiazhi Hu / Yuanliang Zhai / Ning Gao /
要旨: The function of the origin recognition complex (ORC) in DNA replication is highly conserved in recognizing and marking the initiation sites. The detailed molecular mechanisms by which human ORC is ...The function of the origin recognition complex (ORC) in DNA replication is highly conserved in recognizing and marking the initiation sites. The detailed molecular mechanisms by which human ORC is reconfigured into a state competent for origin association remain largely unknown. Here, we present structural characterizations of human ORC1-5 and ORC2-5 assemblies. ORC2-5 exhibits a tightly autoinhibited conformation with the winged-helix domain of ORC2 completely blocking the central DNA-binding channel. The binding of ORC1 partially relieves the autoinhibitory effect of ORC2-5 through remodeling ORC2-WHD, which makes ORC2-WHD away from the central channel creating a still autoinhibited but more dynamic structure. In particular, the AAA+ domain of ORC1 is highly flexible to sample a variety of conformations from inactive to potentially active states. These results provide insights into the detailed mechanisms regulating the autoinhibition of human ORC and its subsequent activation for DNA binding.
履歴
登録2020年8月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月6日-
マップ公開2021年1月6日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ctf
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30463.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30463.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈hsORC1-5-state2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.6572 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.12918782 - 0.25786933
平均 (標準偏差)0.001447863 (±0.010452694)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 248.58 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.65721.65721.6572
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z248.580248.580248.580
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-0.1290.2580.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human Origin Recognition Complex 1-5

全体名称: Human Origin Recognition Complex 1-5
要素
  • 複合体: Human Origin Recognition Complex 1-5
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 1複製起点認識複合体
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 2複製起点認識複合体
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 3複製起点認識複合体
  • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 4複製起点認識複合体
  • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 5複製起点認識複合体
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Human Origin Recognition Complex 1-5

超分子名称: Human Origin Recognition Complex 1-5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Origin recognition complex subunit 1

分子名称: Origin recognition complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 97.499867 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAHYPTRLKT RKTYSWVGRP LLDRKLHYQT YREMCVKTEG CSTEIHIQIG QFVLIEGDDD ENPYVAKLLE LFEDDSDPPP KKRARVQWF VRFCEVPACK RHLLGRKPGA QEIFWYDYPA CDSNINAETI IGLVRVIPLA PKDVVPTNLK NEKTLFVKLS W NEKKFRPL ...文字列:
MAHYPTRLKT RKTYSWVGRP LLDRKLHYQT YREMCVKTEG CSTEIHIQIG QFVLIEGDDD ENPYVAKLLE LFEDDSDPPP KKRARVQWF VRFCEVPACK RHLLGRKPGA QEIFWYDYPA CDSNINAETI IGLVRVIPLA PKDVVPTNLK NEKTLFVKLS W NEKKFRPL SSELFAELNK PQESAAKCQK PVRAKSKSAE SPSWTPAEHV AKRIESRHSA SKSRQTPTHP LTPRARKRLE LG NLGNPQM SQQTSCASLD SPGRIKRKVA FSEITSPSKR SQPDKLQTLS PALKAPEKTR ETGLSYTEDD KKASPEHRII LRT RIAASK TIDIREERTL TPISGGQRSS VVPSVILKPE NIKKRDAKEA KAQNEATSTP HRIRRKSSVL TMNRIRQQLR FLGN SKSDQ EEKEILPAAE ISDSSSDEEE ASTPPLPRRA PRTVSRNLRS SLKSSLHTLT KVPKKSLKPR TPRCAAPQIR SRSLA AQEP ASVLEEARLR LHVSAVPESL PCREQEFQDI YNFVESKLLD HTGGCMYISG VPGTGKTATV HEVIRCLQQA AQANDV PPF QYIEVNGMKL TEPHQVYVQI LQKLTGQKAT ANHAAELLAK QFCTRGSPQE TTVLLVDELD LLWTHKQDIM YNLFDWP TH KEARLVVLAI ANTMDLPERI MMNRVSSRLG LTRMCFQPYT YSQLQQILRS RLKHLKAFED DAIQLVARKV AALSGDAR R CLDICRRATE ICEFSQQKPD SPGLVTIAHS MEAVDEMFSS SYITAIKNSS VLEQSFLRAI LAEFRRSGLE EATFQQIYS QHVALCRMEG LPYPTMSETM AVCSHLGSCR LLLVEPSRND LLLRVRLNVS QDDVLYALKD E

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 1

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分子 #2: Origin recognition complex subunit 2

分子名称: Origin recognition complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.063375 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSKPELKEDK MLEVHFVGDD DVLNHILDRE GGAKLKKERA QLLVNPKKII KKPEYDLEED DQEVLKDQNY VEIMGRDVQE SLKNGSATG GGNKVYSFQN RKHSEKMAKL ASELAKTPQK SVSFSLKNDP EITINVPQSS KGHSASDKVQ PKNNDKSEFL S TAPRSLRK ...文字列:
MSKPELKEDK MLEVHFVGDD DVLNHILDRE GGAKLKKERA QLLVNPKKII KKPEYDLEED DQEVLKDQNY VEIMGRDVQE SLKNGSATG GGNKVYSFQN RKHSEKMAKL ASELAKTPQK SVSFSLKNDP EITINVPQSS KGHSASDKVQ PKNNDKSEFL S TAPRSLRK RLIVPRSHSD SESEYSASNS EDDEGVAQEH EEDTNAVIFS QKIQAQNRVV SAPVGKETPS KRMKRDKTSD LV EEYFEAH SSSKVLTSDR TLQKLKRAKL DQQTLRNLLS KVSPSFSAEL KQLNQQYEKL FHKWMLQLHL GFNIVLYGLG SKR DLLERF RTTMLQDSIH VVINGFFPGI SVKSVLNSIT EEVLDHMGTF RSILDQLDWI VNKFKEDSSL ELFLLIHNLD SQML RGEKS QQIIGQLSSL HNIYLIASID HLNAPLMWDH AKQSLFNWLW YETTTYSPYT EETSYENSLL VKQSGSLPLS SLTHV LRSL TPNARGIFRL LIKYQLDNQD NPSYIGLSFQ DFYQQCREAF LVNSDLTLRA QLTEFRDHKL IRTKKGTDGV EYLLIP VDN GTLTDFLEKE EEEA

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 2

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分子 #3: Origin recognition complex subunit 3

分子名称: Origin recognition complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.365055 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MATSSMSKGC FVFKPNSKKR KISLPIEDYF NKGKNEPEDS KLRFETYQLI WQQMKSENER LQEELNKNLF DNLIEFLQKS HSGFQKNSR DLGGQIKLRE IPTAALVLGV NVTDHDLTFG SLTEALQNNV TPYVVSLQAK DCPDMKHFLQ KLISQLMDCC V DIKSKEEE ...文字列:
MATSSMSKGC FVFKPNSKKR KISLPIEDYF NKGKNEPEDS KLRFETYQLI WQQMKSENER LQEELNKNLF DNLIEFLQKS HSGFQKNSR DLGGQIKLRE IPTAALVLGV NVTDHDLTFG SLTEALQNNV TPYVVSLQAK DCPDMKHFLQ KLISQLMDCC V DIKSKEEE SVHVTQRKTH YSMDSLSSWY MTVTQKTDPK MLSKKRTTSS QWQSPPVVVI LKDMESFATK VLQDFIIISS QH LHEFPLI LIFGIATSPI IIHRLLPHAV SSLLCIELFQ SLSCKEHLTT VLDKLLLTTQ FPFKINEKVL QVLTNIFLYH DFS VQNFIK GLQLSLLEHF YSQPLSVLCC NLPEAKRRIN FLSNNQCENI RRLPSFRRYV EKQASEKQVA LLTNERYLKE ETQL LLENL HVYHMNYFLV LRCLHKFTSS LPKYPLGRQI RELYCTCLEK NIWDSEEYAS VLQLLRMLAK DELMTILEKC FKVFK SYCE NHLGSTAKRI EEFLAQFQSL DETKEEEDAS GSQPKGLQKT DLYHLQKSLL EMKELRRSKK QTKFEVLREN VVNFID CLV REYLLPPETQ PLHEVVYFSA AHALREHLNA APRIALHTAL NNPYYYLKNE ALKSEEGCIP NIAPDICIAY KLHLECS RL INLVDWSEAF ATVVTAAEKM DANSATSEEM NEIIHARFIR AVSELELLGF IKPTKQKTDH VARLTWGGC

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 3

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分子 #4: Origin recognition complex subunit 4

分子名称: Origin recognition complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.443266 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSSRKSKSNS LIHTECLSQV QRILRERFCR QSPHSNLFGV QVQYKHLSEL LKRTALHGES NSVLIIGPRG SGKTMLINHA LKELMEIEE VSENVLQVHL NGLLQINDKI ALKEITRQLN LENVVGDKVF GSFAENLSFL LEALKKGDRT SSCPVIFILD E FDLFAHHK ...文字列:
MSSRKSKSNS LIHTECLSQV QRILRERFCR QSPHSNLFGV QVQYKHLSEL LKRTALHGES NSVLIIGPRG SGKTMLINHA LKELMEIEE VSENVLQVHL NGLLQINDKI ALKEITRQLN LENVVGDKVF GSFAENLSFL LEALKKGDRT SSCPVIFILD E FDLFAHHK NQTLLYNLFD ISQSAQTPIA VIGLTCRLDI LELLEKRVKS RFSHRQIHLM NSFGFPQYVK IFKEQLSLPA EF PDKVFAE KWNENVQYLS EDRSVQEVLQ KHFNISKNLR SLHMLLMLAL NRVTASHPFM TAVDLMEASQ LCSMDSKANI VHG LSVLEI CLIIAMKHLN DIYEEEPFNF QMVYNEFQKF VQRKAHSVYN FEKPVVMKAF EHLQQLELIK PMERTSGNSQ REYQ LMKLL LDNTQIMNAL QKYPNCPTDV RQWATSSLSW L

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 4

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分子 #5: Origin recognition complex subunit 5

分子名称: Origin recognition complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.349934 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPHLENVVLC RESQVSILQS LFGERHHFSF PSIFIYGHTA SGKTYVTQTL LKTLELPHVF VNCVECFTLR LLLEQILNKL NHLSSSEDG CSTEITCETF NDFVRLFKQV TTAENLKDQT VYIVLDKAEY LRDMEANLLP GFLRLQELAD RNVTVLFLSE I VWEKFRPN ...文字列:
MPHLENVVLC RESQVSILQS LFGERHHFSF PSIFIYGHTA SGKTYVTQTL LKTLELPHVF VNCVECFTLR LLLEQILNKL NHLSSSEDG CSTEITCETF NDFVRLFKQV TTAENLKDQT VYIVLDKAEY LRDMEANLLP GFLRLQELAD RNVTVLFLSE I VWEKFRPN TGCFEPFVLY FPDYSIGNLQ KILSHDHPPE YSADFYAAYI NILLGVFYTV CRDLKELRHL AVLNFPKYCE PV VKGEASE RDTRKLWRNI EPHLKKAMQT VYLREISSSQ WEKLQKDDTD PGQLKGLSAH THVELPYYSK FILIAAYLAS YNP ARTDKR FFLKHHGKIK KTNFLKKHEK TSNHLLGPKP FPLDRLLAIL YSIVDSRVAP TANIFSQITS LVTLQLLTLV GHDD QLDGP KYKCTVSLDF IRAIARTVNF DIIKYLYDFL

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 5

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分子 #6: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 627000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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