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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30041 | ||||||||||||
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タイトル | ACE2-B0AT1 complex, open conformation | ||||||||||||
マップデータ | cryo-EM map of ACE2-B0AT1 complex, open conformation | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective SLC6A19 causes Hartnup disorder (HND) / Defective SLC6A19 causes Hartnup disorder (HND) / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / symporter activity / amino acid transport / positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 ...Defective SLC6A19 causes Hartnup disorder (HND) / Defective SLC6A19 causes Hartnup disorder (HND) / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / symporter activity / amino acid transport / positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / sodium ion transmembrane transport / angiotensin maturation / maternal process involved in female pregnancy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / Attachment and Entry / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / ウイルスのライフサイクル / blood vessel diameter maintenance / response to nutrient / regulation of transmembrane transporter activity / brush border membrane / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / 繊毛 / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endocytic vesicle membrane / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / apical plasma membrane / 小胞体 / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yan RH / Zhang YY / Li YN / Xia L / Zhou Q | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2. 著者: Renhong Yan / Yuanyuan Zhang / Yaning Li / Lu Xia / Yingying Guo / Qiang Zhou / 要旨: Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) is the cellular receptor for severe acute respiratory syndrome-coronavirus (SARS-CoV) and the new coronavirus (SARS-CoV-2) that is causing the serious ...Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) is the cellular receptor for severe acute respiratory syndrome-coronavirus (SARS-CoV) and the new coronavirus (SARS-CoV-2) that is causing the serious coronavirus disease 2019 (COVID-19) epidemic. Here, we present cryo-electron microscopy structures of full-length human ACE2 in the presence of the neutral amino acid transporter BAT1 with or without the receptor binding domain (RBD) of the surface spike glycoprotein (S protein) of SARS-CoV-2, both at an overall resolution of 2.9 angstroms, with a local resolution of 3.5 angstroms at the ACE2-RBD interface. The ACE2-BAT1 complex is assembled as a dimer of heterodimers, with the collectrin-like domain of ACE2 mediating homodimerization. The RBD is recognized by the extracellular peptidase domain of ACE2 mainly through polar residues. These findings provide important insights into the molecular basis for coronavirus recognition and infection. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30041.map.gz | 85.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30041-v30.xml emd-30041.xml | 12.5 KB 12.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30041.png | 51.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30041 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30041 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30041.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo-EM map of ACE2-B0AT1 complex, open conformation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ACE2-B0AT1 complex
全体 | 名称: ACE2-B0AT1 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: ACE2-B0AT1 complex
超分子 | 名称: ACE2-B0AT1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1
分子 | 名称: Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 73.289359 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RVRLVLPNPG LDARIPSLAE LETIEQEEAS SRPKWDNKAQ YMLTCLGFCV GLGNVWRFPY LCQSHGGGA FMIPFLILLV LEGIPLLYLE FAIGQRLRRG SLGVWSSIHP ALKGLGLASM LTSFMVGLYY NTIISWIMWY L FNSFQEPL ...文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RVRLVLPNPG LDARIPSLAE LETIEQEEAS SRPKWDNKAQ YMLTCLGFCV GLGNVWRFPY LCQSHGGGA FMIPFLILLV LEGIPLLYLE FAIGQRLRRG SLGVWSSIHP ALKGLGLASM LTSFMVGLYY NTIISWIMWY L FNSFQEPL PWSDCPLNEN QTGYVDECAR SSPVDYFWYR ETLNISTSIS DSGSIQWWML LCLACAWSVL YMCTIRGIET TG KAVYITS TLPYVVLTIF LIRGLTLKGA TNGIVFLFTP NVTELAQPDT WLDAGAQVFF SFSLAFGGLI SFSSYNSVHN NCE KDSVIV SIINGFTSVY VAIVVYSVIG FRATQRYDDC FSTNILTLIN GFDLPEGNVT QENFVDMQQR CNASDPAAYA QLVF QTCDI NAFLSEAVEG TGLAFIVFTE AITKMPLSPL WSVLFFIMLF CLGLSSMFGN MEGVVVPLQD LRVIPPKWPK EVLTG LICL GTFLIGFIFT LNSGQYWLSL LDSYAGSIPL LIIAFCEMFS VVYVYGVDRF NKDIEFMIGH KPNIFWQVTW RVVSPL LML IIFLFFFVVE VSQELTYSIW DPGYEEFPKS QKISYPNWVY VVVVIVAGVP SLTIPGYAIY KLIRNHCQKP GDHQGLV ST LSTASMNGDL KY |
-分子 #2: Angiotensin-converting enzyme 2
分子 | 名称: Angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: アンジオテンシン変換酵素2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 93.756062 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MRSSSSWLLL SLVAVTAAWS HPQFEKQSTI EEQAKTFLDK FNHEAEDLFY QSSLASWNYN TNITEENVQN MNNAGDKWSA FLKEQSTLA QMYPLQEIQN LTVKLQLQAL QQNGSSVLSE DKSKRLNTIL NTMSTIYSTG KVCNPDNPQE CLLLEPGLNE I MANSLDYN ...文字列: MRSSSSWLLL SLVAVTAAWS HPQFEKQSTI EEQAKTFLDK FNHEAEDLFY QSSLASWNYN TNITEENVQN MNNAGDKWSA FLKEQSTLA QMYPLQEIQN LTVKLQLQAL QQNGSSVLSE DKSKRLNTIL NTMSTIYSTG KVCNPDNPQE CLLLEPGLNE I MANSLDYN ERLWAWESWR SEVGKQLRPL YEEYVVLKNE MARANHYEDY GDYWRGDYEV NGVDGYDYSR GQLIEDVEHT FE EIKPLYE HLHAYVRAKL MNAYPSYISP IGCLPAHLLG DMWGRFWTNL YSLTVPFGQK PNIDVTDAMV DQAWDAQRIF KEA EKFFVS VGLPNMTQGF WENSMLTDPG NVQKAVCHPT AWDLGKGDFR ILMCTKVTMD DFLTAHHEMG HIQYDMAYAA QPFL LRNGA NEGFHEAVGE IMSLSAATPK HLKSIGLLSP DFQEDNETEI NFLLKQALTI VGTLPFTYML EKWRWMVFKG EIPKD QWMK KWWEMKREIV GVVEPVPHDE TYCDPASLFH VSNDYSFIRY YTRTLYQFQF QEALCQAAKH EGPLHKCDIS NSTEAG QKL FNMLRLGKSE PWTLALENVV GAKNMNVRPL LNYFEPLFTW LKDQNKNSFV GWSTDWSPYA DQSIKVRISL KSALGDK AY EWNDNEMYLF RSSVAYAMRQ YFLKVKNQMI LFGEEDVRVA NLKPRISFNF FVTAPKNVSD IIPRTEVEKA IRMSRSRI N DAFRLNDNSL EFLGIQPTLG PPNQPPVSIW LIVFGVVMGV IVVGIVILIF TGIRDRKKKN KARSGENPYA SIDISKGEN NPGFQNTDDV QTSF |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2.14) / 使用した粒子像数: 143857 |