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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2992 | |||||||||
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タイトル | Structure of a pre-catalytic retroviral Intasome bound to a human nucleosome | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of a pre-catalytic Intasome/Nucleosome complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | retroviral integration / integrase (インテグラーゼ) / nucleosome (ヌクレオソーム) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / virion component / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / virion component / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / タンパク質分解 / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Renault L / Maskell D / Cherepanov P / Costa A | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2015 タイトル: Structural basis for retroviral integration into nucleosomes. 著者: Daniel P Maskell / Ludovic Renault / Erik Serrao / Paul Lesbats / Rishi Matadeen / Stephen Hare / Dirk Lindemann / Alan N Engelman / Alessandro Costa / Peter Cherepanov / 要旨: Retroviral integration is catalysed by a tetramer of integrase (IN) assembled on viral DNA ends in a stable complex, known as the intasome. How the intasome interfaces with chromosomal DNA, which ...Retroviral integration is catalysed by a tetramer of integrase (IN) assembled on viral DNA ends in a stable complex, known as the intasome. How the intasome interfaces with chromosomal DNA, which exists in the form of nucleosomal arrays, is currently unknown. Here we show that the prototype foamy virus (PFV) intasome is proficient at stable capture of nucleosomes as targets for integration. Single-particle cryo-electron microscopy reveals a multivalent intasome-nucleosome interface involving both gyres of nucleosomal DNA and one H2A-H2B heterodimer. While the histone octamer remains intact, the DNA is lifted from the surface of the H2A-H2B heterodimer to allow integration at strongly preferred superhelix location ±3.5 positions. Amino acid substitutions disrupting these contacts impinge on the ability of the intasome to engage nucleosomes in vitro and redistribute viral integration sites on the genomic scale. Our findings elucidate the molecular basis for nucleosome capture by the viral DNA recombination machinery and the underlying nucleosome plasticity that allows integration. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2992.map.gz | 3.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2992-v30.xml emd-2992.xml | 10.7 KB 10.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_2992_fsc.xml | 6.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_2992.png | 1.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2992 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2992 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2992.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of a pre-catalytic Intasome/Nucleosome complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PFV intasome in complex with D02 nucleosome
全体 | 名称: PFV intasome in complex with D02 nucleosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: PFV intasome in complex with D02 nucleosome
超分子 | 名称: PFV intasome in complex with D02 nucleosome / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 390 KDa / 理論値: 390 KDa |
-分子 #1: Intasome
分子 | 名称: Intasome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 集合状態: Heterodimer of 2 Nucleoprotein complexes (Intasome: 4 proteins + two 19bp DNA, Nucleosome: 8 proteins + 145bp DNA) 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
分子量 | 実験値: 399 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET |
配列 | UniProtKB: Pro-Pol polyprotein |
-分子 #2: Nucleosome
分子 | 名称: Nucleosome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 集合状態: Heterodimer of 2 Nucleoprotein complexes (Intasome: 4 proteins + two 19bp DNA, Nucleosome: 8 proteins + 145bp DNA) 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pet |
-分子 #3: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 3 / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.45 / 詳細: 320 mM NaCl, 25 mM BisTris propane-HCl |
グリッド | 詳細: 400 mesh C-flat copper grids CF-1/1 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 101 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 手法: The sample was incubated for 1 minute on the grid and blotted for 3.8 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 104500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
日付 | 2013年10月8日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 932 / 平均電子線量: 40 e/Å2 / ビット/ピクセル: 32 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |