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- EMDB-2816: Electron cryoEM structure of lactococcal siphophage 1358 virion -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2816
タイトルElectron cryoEM structure of lactococcal siphophage 1358 virion
マップデータ
試料Capsid of phage 1358:
virusウイルス
キーワードLactococcus lactis / Siphoviridae (サイフォウイルス科) / electron microscopy (電子顕微鏡) / 1358 phage / capsid (カプシド)
生物種Lactococcus phage 1358 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16 Å
データ登録者Spinelli S / Bebeacua C / Orlov I / Tremblay D / Klaholz B / Moineau S / Cambillau C
引用ジャーナル: J Virol / : 2014
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of lactococcal siphophage 1358 virion.
著者: Silvia Spinelli / Cecilia Bebeacua / Igor Orlov / Denise Tremblay / Bruno P Klaholz / Sylvain Moineau / Christian Cambillau /
要旨: Lactococcus lactis, a Gram(+) lactic acid-producing bacterium used for the manufacture of several fermented dairy products, is subject to infection by diverse virulent tailed phages, leading to ...Lactococcus lactis, a Gram(+) lactic acid-producing bacterium used for the manufacture of several fermented dairy products, is subject to infection by diverse virulent tailed phages, leading to industrial fermentation failures. This constant viral risk has led to a sustained interest in the study of their biology, diversity, and evolution. Lactococcal phages now constitute a wide ensemble of at least 10 distinct genotypes within the Caudovirales order, many of them belonging to the Siphoviridae family. Lactococcal siphophage 1358, currently the only member of its group, displays a noticeably high genomic similarity to some Listeria phages as well as a host range limited to a few L. lactis strains. These genomic and functional characteristics stimulated our interest in this phage. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the complete 1358 virion. Phage 1358 exhibits noteworthy features, such as a capsid with dextro handedness and protruding decorations on its capsid and tail. Observations of the baseplate of virion particles revealed at least two conformations, a closed and an open, activated form. Functional assays uncovered that the adsorption of phage 1358 to its host is Ca(2+) independent, but this cation is necessary to complete its lytic cycle. Taken together, our results provide the complete structural picture of a unique lactococcal phage and expand our knowledge on the complex baseplate of phages of the Siphoviridae family.
Importance: Phages of Lactococcus lactis are investigated mainly because they are sources of milk fermentation failures in the dairy industry. Despite the availability of several antiphage measures, ...Importance: Phages of Lactococcus lactis are investigated mainly because they are sources of milk fermentation failures in the dairy industry. Despite the availability of several antiphage measures, new phages keep emerging in this ecosystem. In this study, we provide the cryo-electron microscopy reconstruction of a unique lactococcal phage that possesses genomic similarity to particular Listeria phages and has a host range restricted to only a minority of L. lactis strains. The capsid of phage 1358 displays the almost unique characteristic of being dextro handed. Its capsid and tail exhibit decorations that we assigned to nonspecific sugar binding modules. We observed the baseplate of 1358 in two conformations, a closed and an open form. We also found that the adsorption to its host, but not infection, is Ca(2+) independent. Overall, this study advances our understanding of the adhesion mechanisms of siphophages.
履歴
登録2014年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年12月24日-
マップ公開2016年2月17日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.004
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.004
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2816.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.92 Å/pix.
x 240 pix.
= 460.8 Å
1.92 Å/pix.
x 240 pix.
= 460.8 Å
1.92 Å/pix.
x 240 pix.
= 460.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.92 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.004 / ムービー #1: 0.004
最小 - 最大-0.00000352 - 0.03249559
平均 (標準偏差)0.00081323 (±0.00288972)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin636363
Dimensions240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 460.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.921.921.92
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z460.800460.800460.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS636363
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0000.0320.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Capsid of phage 1358

全体名称: Capsid of phage 1358 / 詳細: The sample contains the whole phage. / 構成要素数: 1 / オリゴマーの状態: icosahedral

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構成要素 #1: ウイルス, Lactococcus phage 1358

ウイルス名称: Lactococcus phage 1358 / クラス: OTHER / 中空か: No / エンベロープを持つか: No / 単離: SPECIES
生物種生物種: Lactococcus phage 1358 (ファージ)
由来(天然)宿主: Lactoccocus lactis / 宿主のカテゴリ: BACTERIA(EUBACTERIA)
殻 #1要素名: T7 / 直径: 600 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液緩衝液: Phage Buffer / pH: 7.4
凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 手法: Blot for 3 seconds before plunging. / 詳細: cryo plunge-freezing

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TECNAI F30 / 日付: 2012年9月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 10 e/Å2 / 照射モード: SPOT SCAN
レンズ倍率: 59000 X (nominal)
非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification.
Cs: 2.2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 1000 - 3500 nm / エネルギーフィルター: FEI
試料ホルダモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
カメラ検出器: FEI EAGLE (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 200 / サンプリングサイズ: 16 µm / ビット深度: 16

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: I (正20面体型対称) / 投影像の数: 9211
詳細: capsid reconstructed using a Maximum Likelihood Approach.
3次元再構成アルゴリズム: Maximum Likelihood / ソフトウェア: EMAN2, SPIDER, Xmipp / CTF補正: Images / 解像度: 16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5, gold-standard

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

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