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- EMDB-25584: Structure of the larger diameter PSMalpha3 nanotube -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25584
タイトルStructure of the larger diameter PSMalpha3 nanotube
マップデータ
試料
  • 複合体: Nanotube assembly of PSMalpha3
    • タンパク質・ペプチド: Phenol-soluble modulin PSM-alpha-3
キーワードnanotubes (カーボンナノチューブ) / amyloid (アミロイド) / cross-alpha / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性Phenol-soluble modulin alpha peptide / Phenol-soluble modulin alpha peptide family / killing of cells of another organism / Phenol-soluble modulin PSM-alpha-3
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Kreutzberger MA / Wang S
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1534317 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122510 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Phenol-soluble modulins PSMα3 and PSMβ2 form nanotubes that are cross-α amyloids.
著者: Mark A B Kreutzberger / Shengyuan Wang / Leticia C Beltran / Abraham Tuachi / Xiaobing Zuo / Edward H Egelman / Vincent P Conticello /
要旨: Phenol-soluble modulins (PSMs) are peptide-based virulence factors that play significant roles in the pathogenesis of staphylococcal strains in community-associated and hospital-associated infections. ...Phenol-soluble modulins (PSMs) are peptide-based virulence factors that play significant roles in the pathogenesis of staphylococcal strains in community-associated and hospital-associated infections. In addition to cytotoxicity, PSMs display the propensity to self-assemble into fibrillar species, which may be mediated through the formation of amphipathic conformations. Here, we analyze the self-assembly behavior of two PSMs, PSMα3 and PSMβ2, which are derived from peptides expressed by methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), a significant human pathogen. In both cases, we observed the formation of a mixture of self-assembled species including twisted filaments, helical ribbons, and nanotubes, which can reversibly interconvert in vitro. Cryo–electron microscopy structural analysis of three PSM nanotubes, two derived from PSMα3 and one from PSMβ2, revealed that the assemblies displayed remarkably similar structures based on lateral association of cross-α amyloid protofilaments. The amphipathic helical conformations of PSMα3 and PSMβ2 enforced a bilayer arrangement within the protofilaments that defined the structures of the respective PSMα3 and PSMβ2 nanotubes. We demonstrate that, similar to amyloids based on cross-β protofilaments, cross-α amyloids derived from these PSMs display polymorphism, not only in terms of the global morphology (e.g., twisted filament, helical ribbon, and nanotube) but also with respect to the number of protofilaments within a given peptide assembly. These results suggest that the folding landscape of PSM derivatives may be more complex than originally anticipated and that the assemblies are able to sample a wide range of supramolecular structural space.
履歴
登録2021年11月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月18日-
マップ公開2022年5月18日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25584.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25584.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.011
最小 - 最大-0.014202658 - 0.029274873
平均 (標準偏差)0.0003935274 (±0.0022351183)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 432.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nanotube assembly of PSMalpha3

全体名称: Nanotube assembly of PSMalpha3
要素
  • 複合体: Nanotube assembly of PSMalpha3
    • タンパク質・ペプチド: Phenol-soluble modulin PSM-alpha-3

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超分子 #1: Nanotube assembly of PSMalpha3

超分子名称: Nanotube assembly of PSMalpha3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / Synthetically produced: Yes

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分子 #1: Phenol-soluble modulin PSM-alpha-3

分子名称: Phenol-soluble modulin PSM-alpha-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 2.611149 KDa
配列文字列:
MEFVAKLFKF FKDLLGKFLG NN

UniProtKB: Phenol-soluble modulin PSM-alpha-3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5i55

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.13 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -26.83 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C7 (7回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 27093

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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