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- EMDB-25153: Human Trio residues 1284-1959 in complex with Rac1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25153
タイトルHuman Trio residues 1284-1959 in complex with Rac1
マップデータTrioN-Rac1 complex
試料
  • 複合体: Human Trio residues 1284-1959 in complex with Rac1
    • タンパク質・ペプチド: Triple functional domain protein
    • タンパク質・ペプチド: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
  • リガンド: water水
機能・相同性
機能・相同性情報


cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / NADPH oxidase complex / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly ...cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / NADPH oxidase complex / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / engulfment of apoptotic cell / Inactivation of CDC42 and RAC1 / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cortical cytoskeleton organization / respiratory burst / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / ruffle organization / cell projection assembly / thioesterase binding / negative regulation of fibroblast migration / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases activate CIT / Nef and signal transduction / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / PCP/CE pathway / motor neuron axon guidance / RHO GTPases activate KTN1 / regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Azathioprine ADME / Activation of RAC1 / DCC mediated attractive signaling / positive regulation of cell-substrate adhesion / MET activates RAP1 and RAC1 / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / positive regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of fat cell differentiation / establishment or maintenance of cell polarity / regulation of cell size / DSCAM interactions / extrinsic component of membrane / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / small GTPase-mediated signal transduction / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / presynaptic active zone / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / RHOJ GTPase cycle / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of focal adhesion assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / CDC42 GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / RHOG GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RHOA GTPase cycle / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / anatomical structure morphogenesis / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / localization / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / positive regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / positive regulation of microtubule polymerization / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / actin filament polymerization / cell chemotaxis / substrate adhesion-dependent cell spreading / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell-matrix adhesion / 低分子量GTPアーゼ / neuron projection morphogenesis / G protein activity / positive regulation of endothelial cell migration / secretory granule membrane / VEGFR2 mediated vascular permeability / Signal transduction by L1 / cell projection / actin filament organization / 運動性 / RHO GTPases Activate Formins / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rho GDP/GTP exchange factor Kalirin/TRIO / : / : / SH3-RhoGEF linking unstructured region / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Spectrin repeat ...Rho GDP/GTP exchange factor Kalirin/TRIO / : / : / SH3-RhoGEF linking unstructured region / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / SH3ドメイン / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Rab subfamily of small GTPases / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / PH-like domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Triple functional domain protein / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Chen C-L / Ravala SK / Bandekar SJ / Cash J / Tesmer JJG
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA221289 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)F31CA224804 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: Structural/functional studies of Trio provide insights into its configuration and show that conserved linker elements enhance its activity for Rac1.
著者: Sumit J Bandekar / Chun-Liang Chen / Sandeep K Ravala / Jennifer N Cash / Larisa V Avramova / Mariya V Zhalnina / J Silvio Gutkind / Sheng Li / John J G Tesmer /
要旨: Trio is a large and highly conserved metazoan signaling scaffold that contains two Dbl family guanine nucleotide exchange factor (GEF) modules, TrioN and TrioC, selective for Rac and RhoA GTPases, ...Trio is a large and highly conserved metazoan signaling scaffold that contains two Dbl family guanine nucleotide exchange factor (GEF) modules, TrioN and TrioC, selective for Rac and RhoA GTPases, respectively. The GEF activities of TrioN and TrioC are implicated in several cancers, especially uveal melanoma. However, little is known about how these modules operate in the context of larger fragments of Trio. Here we show via negative stain electron microscopy that the N-terminal region of Trio is extended and could thus serve as a rigid spacer between the N-terminal putative lipid-binding domain and TrioN, whereas the C-terminal half of Trio seems globular. We found that regions C-terminal to TrioN enhance its Rac1 GEF activity and thus could play a regulatory role. We went on to characterize a minimal, well-behaved Trio fragment with enhanced activity, Trio, in complex with Rac1 using cryo-electron microscopy and hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry and found that the region conferring enhanced activity is disordered. Deletion of two different strongly conserved motifs in this region eliminated this enhancement, suggesting that they form transient intramolecular interactions that promote GEF activity. Because Dbl family RhoGEF modules have been challenging to directly target with small molecules, characterization of accessory Trio domains such as these may provide alternate routes for the development of therapeutics that inhibit Trio activity in human cancer.
履歴
登録2021年10月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月6日-
マップ公開2022年7月6日-
更新2022年8月24日-
現状2022年8月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25153.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25153.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TrioN-Rac1 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-3.8982356 - 6.2453713
平均 (標準偏差)-0.00026100618 (±0.10754663)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 216.00002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human Trio residues 1284-1959 in complex with Rac1

全体名称: Human Trio residues 1284-1959 in complex with Rac1
要素
  • 複合体: Human Trio residues 1284-1959 in complex with Rac1
    • タンパク質・ペプチド: Triple functional domain protein
    • タンパク質・ペプチド: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Human Trio residues 1284-1959 in complex with Rac1

超分子名称: Human Trio residues 1284-1959 in complex with Rac1 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta (DE3) pLysS

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分子 #1: Triple functional domain protein

分子名称: Triple functional domain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 75.592969 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAEEKRKSA RRKEFIMAEL IQTEKAYVRD LRECMDTYLW EMTSGVEEIP PGIVNKELII FGNMQEIYEF HNNIFLKELE KYEQLPEDV GHCFVTWADK FQMYVTYCKN KPDSTQLILE HAGSYFDEIQ QRHGLANSIS SYLIKPVQRI TKYQLLLKEL L TCCEEGKG ...文字列:
SNAEEKRKSA RRKEFIMAEL IQTEKAYVRD LRECMDTYLW EMTSGVEEIP PGIVNKELII FGNMQEIYEF HNNIFLKELE KYEQLPEDV GHCFVTWADK FQMYVTYCKN KPDSTQLILE HAGSYFDEIQ QRHGLANSIS SYLIKPVQRI TKYQLLLKEL L TCCEEGKG EIKDGLEVML SVPKRANDAM HLSMLEGFDE NIESQGELIL QESFQVWDPK TLIRKGRERH LFLFEMSLVF SK EVKDSSG RSKYLYKSKL FTSELGVTEH VEGDPCKFAL WVGRTPTSDN KIVLKASSIE NKQDWIKHIR EVIQERTIHL KGA LKEPIH IPKTAPATRQ KGRRDGEDLD SQGDGSSQPD TISIASRTSQ NTLDSDKLSG GCELTVVIHD FTACNSNELT IRRG QTVEV LERPHDKPDW CLVRTTDRSP AAEGLVPCGS LCIAHSRSSM EMEGIFNHKD SLSVSSNDAS PPASVASLQP HMIGA QSSP GPKRPGNTLR KWLTSPVRRL SSGKADGHVK KLAHKHKKSR EVRKSADAGS QKDSDDSAAT PQDETVEERG RNEGLS SGT LSKSSSSGMQ SCGEEEGEEG ADAVPLPPPM AIQQHSLLQP DSQDDKASSR LLVRPTSSET PSAAELVSAI EELVKSK MA LEDRPSSLLV DQGDSSSPSF NPSDNSLLSS SSPIDEM

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分子 #2: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1

分子名称: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.811453 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GEFMQAIKCV VVGDGAVGKT CLLISYTTNA FPGEYIPTVF DNYSANVMVD GKPVNLGLWD TAGQEDYDRL RPLSYPQTDV FLICFSLVS PASFENVRAK WYPEVRHHCP NTPIILVGTK LDLRDDKDTI EKLKEKKLTP ITYPQGLAMA KEIGAVKYLE C SALTQRGL ...文字列:
GEFMQAIKCV VVGDGAVGKT CLLISYTTNA FPGEYIPTVF DNYSANVMVD GKPVNLGLWD TAGQEDYDRL RPLSYPQTDV FLICFSLVS PASFENVRAK WYPEVRHHCP NTPIILVGTK LDLRDDKDTI EKLKEKKLTP ITYPQGLAMA KEIGAVKYLE C SALTQRGL KTVFDEAIRA VLCPPPVKKR KRKCLLL

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 24 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4S(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)
200.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
2.0 mMC4H10O2S2dithiothreitolジチオトレイトール
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force 10.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
アライメント法Coma free - Residual tilt: 0.01 mrad
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 実像数: 2817 / 平均露光時間: 3.12 sec. / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
詳細: 3514 movies were initially collected. After motion correction and CTF estimation, 697 micrographs were rejected due to poor CTF fitting.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab-initio model generated from cryoSPARC
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 922202
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

2nz8

chain_id: A

2nz8

chain_id: B
詳細The initial model was generated from the pdb structure (2NZ8) using the SWISS-MODEL server and rigid-body fitted using Chimera. Several runs of structure refinement were done using the coot and phenix real-space refinement.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7sj4:
Human Trio residues 1284-1959 in complex with Rac1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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