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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24821 | |||||||||
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タイトル | Structure of photosystem I with bound ferredoxin from Synechococcus sp. PCC 7335 acclimated to far-red light | |||||||||
マップデータ | Sharpened map for Far-red light-acclimated PSI from Synechococcus sp. PCC 7335 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Photosystem I / Far-red light photoacclimation / Chlorophyll f / Ferredoxin / PsaF / PsaJ / PHOTOSYNTHESIS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 ...: / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å | |||||||||
データ登録者 | Gisriel CJ / Flesher DA | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022 タイトル: Structure of a photosystem I-ferredoxin complex from a marine cyanobacterium provides insights into far-red light photoacclimation. 著者: Christopher J Gisriel / David A Flesher / Gaozhong Shen / Jimin Wang / Ming-Yang Ho / Gary W Brudvig / Donald A Bryant / 要旨: Far-red light photoacclimation exhibited by some cyanobacteria allows these organisms to use the far-red region of the solar spectrum (700-800 nm) for photosynthesis. Part of this process includes ...Far-red light photoacclimation exhibited by some cyanobacteria allows these organisms to use the far-red region of the solar spectrum (700-800 nm) for photosynthesis. Part of this process includes the replacement of six photosystem I (PSI) subunits with isoforms that confer the binding of chlorophyll (Chl) f molecules that absorb far-red light (FRL). However, the exact sites at which Chl f molecules are bound are still challenging to determine. To aid in the identification of Chl f-binding sites, we solved the cryo-EM structure of PSI from far-red light-acclimated cells of the cyanobacterium Synechococcus sp. PCC 7335. We identified six sites that bind Chl f with high specificity and three additional sites that are likely to bind Chl f at lower specificity. All of these binding sites are in the core-antenna regions of PSI, and Chl f was not observed among the electron transfer cofactors. This structural analysis also reveals both conserved and nonconserved Chl f-binding sites, the latter of which exemplify the diversity in FRL-PSI among species. We found that the FRL-PSI structure also contains a bound soluble ferredoxin, PetF1, at low occupancy, which suggests that ferredoxin binds less transiently than expected according to the canonical view of ferredoxin-binding to facilitate electron transfer. We suggest that this may result from structural changes in FRL-PSI that occur specifically during FRL photoacclimation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24821.map.gz | 201.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24821-v30.xml emd-24821.xml | 28.1 KB 28.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24821_fsc.xml | 13.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24821.png | 67.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24821.cif.gz | 7.8 KB | ||
その他 | emd_24821_additional_1.map.gz | 169.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24821 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24821 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24821_validation.pdf.gz | 596.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24821_full_validation.pdf.gz | 595.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24821_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24821_validation.cif.gz | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24821 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24821 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24821.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map for Far-red light-acclimated PSI from Synechococcus sp. PCC 7335 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map for Far-red light-acclimated PSI from Synechococcus...
ファイル | emd_24821_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map for Far-red light-acclimated PSI from Synechococcus sp. PCC 7335 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Far-red light-acclimated Photosystem I from Synechococcus sp. PCC 7335
+超分子 #1: Far-red light-acclimated Photosystem I from Synechococcus sp. PCC 7335
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #3: PsaC
+分子 #4: Photosystem I 16 kDa polypeptide
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV
+分子 #6: PSI-F
+分子 #7: PsaI2
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #9: Photosystem I reaction center subunit PsaK
+分子 #10: PSI subunit V
+分子 #11: PsaM
+分子 #12: 2Fe-2S ferredoxin-type domain-containing protein
+分子 #13: CHLOROPHYLL A ISOMER
+分子 #14: CHLOROPHYLL A
+分子 #15: Chlorophyll F
+分子 #16: PHYLLOQUINONE
+分子 #17: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #18: BETA-CAROTENE
+分子 #19: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #20: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #21: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
+分子 #22: CHLORIDE ION
+分子 #23: CALCIUM ION
+分子 #24: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
+分子 #25: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |