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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23567 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Spike protein bound to neutralising nanobodies WNb2 and WNb10 (C3 symmetry) | |||||||||
マップデータ | Postprocessed map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Vicugna pacos (アルパカ) / evere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Pymm P / Tham W-H / Glukhova A | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Nanobody cocktails potently neutralize SARS-CoV-2 D614G N501Y variant and protect mice. 著者: Phillip Pymm / Amy Adair / Li-Jin Chan / James P Cooney / Francesca L Mordant / Cody C Allison / Ester Lopez / Ebene R Haycroft / Matthew T O'Neill / Li Lynn Tan / Melanie H Dietrich / Damien ...著者: Phillip Pymm / Amy Adair / Li-Jin Chan / James P Cooney / Francesca L Mordant / Cody C Allison / Ester Lopez / Ebene R Haycroft / Matthew T O'Neill / Li Lynn Tan / Melanie H Dietrich / Damien Drew / Marcel Doerflinger / Michael A Dengler / Nichollas E Scott / Adam K Wheatley / Nicholas A Gherardin / Hariprasad Venugopal / Deborah Cromer / Miles P Davenport / Raelene Pickering / Dale I Godfrey / Damian F J Purcell / Stephen J Kent / Amy W Chung / Kanta Subbarao / Marc Pellegrini / Alisa Glukhova / Wai-Hong Tham / 要旨: Neutralizing antibodies are important for immunity against SARS-CoV-2 and as therapeutics for the prevention and treatment of COVID-19. Here, we identified high-affinity nanobodies from alpacas ...Neutralizing antibodies are important for immunity against SARS-CoV-2 and as therapeutics for the prevention and treatment of COVID-19. Here, we identified high-affinity nanobodies from alpacas immunized with coronavirus spike and receptor-binding domains (RBD) that disrupted RBD engagement with the human receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) and potently neutralized SARS-CoV-2. Epitope mapping, X-ray crystallography, and cryo-electron microscopy revealed two distinct antigenic sites and showed two neutralizing nanobodies from different epitope classes bound simultaneously to the spike trimer. Nanobody-Fc fusions of the four most potent nanobodies blocked ACE2 engagement with RBD variants present in human populations and potently neutralized both wild-type SARS-CoV-2 and the N501Y D614G variant at concentrations as low as 0.1 nM. Prophylactic administration of either single nanobody-Fc or as mixtures reduced viral loads by up to 10-fold in mice infected with the N501Y D614G SARS-CoV-2 virus. These results suggest a role for nanobody-Fc fusions as prophylactic agents against SARS-CoV-2. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23567.map.gz | 257.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23567-v30.xml emd-23567.xml | 19.8 KB 19.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_23567_fsc.xml | 14.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_23567.png | 155.1 KB | ||
その他 | emd_23567_additional_1.map.gz emd_23567_half_map_1.map.gz emd_23567_half_map_2.map.gz | 218.4 MB 218.9 MB 219.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23567 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23567 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23567_validation.pdf.gz | 479.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23567_full_validation.pdf.gz | 479.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23567_validation.xml.gz | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23567 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23567 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23567.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: map after Refine3D
ファイル | emd_23567_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | map after Refine3D | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-volume 1
ファイル | emd_23567_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-volume 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-volume 2
ファイル | emd_23567_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-volume 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Spike protein bound to neutralising nan...
全体 | 名称: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Spike protein bound to neutralising nanobodies WNb2 and WNb10 (C3 symmetry) |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Spike protein bound to neutralising nan...
超分子 | 名称: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Spike protein bound to neutralising nanobodies WNb2 and WNb10 (C3 symmetry) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: neutralising nanobodies WNb2 and WNb10
超分子 | 名称: neutralising nanobodies WNb2 and WNb10 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Vicugna pacos (アルパカ) |
-超分子 #3: SARS-CoV-2 Spike protein
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Spike protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: evere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-分子 #1: SARS-CoV-2 Spike protein
分子 | 名称: SARS-CoV-2 Spike protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
配列 | 文字列: MGGEGLRASP RRRPLLPLQP RGCPRGDGCL RGGRGRAGFG FWRVTGGSSA SANHVHAFFF FLQLLGNVLV VVLSHHFGKE LRPSQAEFGT ATMFVFLVLL PLVSSQCVNL TTRTQLPPAY TNSFTRGVYY PDKVFRSSVL HSTQDLFLPF FSNVTWFHAI HVSGTNGTKR ...文字列: MGGEGLRASP RRRPLLPLQP RGCPRGDGCL RGGRGRAGFG FWRVTGGSSA SANHVHAFFF FLQLLGNVLV VVLSHHFGKE LRPSQAEFGT ATMFVFLVLL PLVSSQCVNL TTRTQLPPAY TNSFTRGVYY PDKVFRSSVL HSTQDLFLPF FSNVTWFHAI HVSGTNGTKR FDNPVLPFND GVYFASTEKS NIIRGWIFGT TLDSKTQSLL IVNNATNVVI KVCEFQFCND PFLGVYYHKN NKSWMESEFR VYSSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QTLLALHRSY LTPGDSSSGW TAGAAAYYVG YLQPRTFLLK YNENGTITDA VDCALDPLSE TKCTLKSFTV EKGIYQTSNF RVQPTESIVR FPNITNLCPF GEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSASFSTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIRGDEVR QIAPGQTGKI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NNLDSKVGGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGST PCNGVEGFNC YFPLQSYGFQ PTNGVGYQPY RVVVLSFELL HAPATVCGPK KSTNLVKNKC VNFNFNGLTG TGVLTESNKK FLPFQQFGRD IADTTDAVRD PQTLEILDIT PCSFGGVSVI TPGTNTSNQV AVLYQDVNCT EVPVAIHADQ LTPTWRVYST GSNVFQTRAG CLIGAEHVNN SYECDIPIGA GICASYQTQT NSPGSASSVA SQSIIAYTMS LGAENSVAYS NNSIAIPTNF TISVTTEILP VSMTKTSVDC TMYICGDSTE CSNLLLQYGS FCTQLNRALT GIAVEQDKNT QEVFAQVKQI YKTPPIKDFG GFNFSQILPD PSKPSKRSPI EDLLFNKVTL ADAGFIKQYG DCLGDIAARD LICAQKFNGL TVLPPLLTDE MIAQYTSALL AGTITSGWTF GAGPALQIPF PMQMAYRFNG IGVTQNVLYE NQKLIANQFN SAIGKIQDSL SSTPSALGKL QDVVNQNAQA LNTLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RVDFCGKGYH LMSFPQSAPH GVVFLHVTYV PAQEKNFTTA PAICHDGKAH FPREGVFVSN GTHWFVTQRN FYEPQIITTD NTFVSGNCDV VIGIVNNTVY DPLQPELDSF KEELDKYFKN HTSPDVDLGD ISGINASVVN IQKEIDRLNE VAKNLNESLI DLQELGKYEQ GSGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVLLSTFLG RSLEVLFQGP GHHHHHHHHS AWSHPQFEKG GGSGGGGSGG SAWSHPQFEK |
-分子 #2: Wnb2
分子 | 名称: Wnb2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: Vicugna pacos (アルパカ) |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAVSGFTLD YYAIGWFRQA PGKEREGVSC ISSSGGNTKY ADSVKGRFTA SRDNAKNTFY LQMNSLKPED TAVYYCAAIA ATYYSGSYYF QCPHDGMDYW GKGTQVTVSS |
-分子 #3: Wnb10
分子 | 名称: Wnb10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: Vicugna pacos (アルパカ) |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFR RYLMGWARQV PGKGLEWVSG IYSDGSTYYA DSVKGRFTIS RDNAKNTVYL QMNSLKPEDT AVYYCAKDRM DGSTWPERDF GSWGQGTQVT VSS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 55.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |