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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22612 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Nsp15 H235A variant APO-state, dataset ii | |||||||||
マップデータ | SARS-CoV-2 Nsp15 H235A variant APO-state, dataset ii | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / snRNP Assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / : / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / copper ion binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Pillon MC / Stanley RE | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structures of the SARS-CoV-2 endoribonuclease Nsp15 reveal insight into nuclease specificity and dynamics. 著者: Monica C Pillon / Meredith N Frazier / Lucas B Dillard / Jason G Williams / Seda Kocaman / Juno M Krahn / Lalith Perera / Cassandra K Hayne / Jacob Gordon / Zachary D Stewart / Mack Sobhany / ...著者: Monica C Pillon / Meredith N Frazier / Lucas B Dillard / Jason G Williams / Seda Kocaman / Juno M Krahn / Lalith Perera / Cassandra K Hayne / Jacob Gordon / Zachary D Stewart / Mack Sobhany / Leesa J Deterding / Allen L Hsu / Venkata P Dandey / Mario J Borgnia / Robin E Stanley / 要旨: Nsp15, a uridine specific endoribonuclease conserved across coronaviruses, processes viral RNA to evade detection by host defense systems. Crystal structures of Nsp15 from different coronaviruses ...Nsp15, a uridine specific endoribonuclease conserved across coronaviruses, processes viral RNA to evade detection by host defense systems. Crystal structures of Nsp15 from different coronaviruses have shown a common hexameric assembly, yet how the enzyme recognizes and processes RNA remains poorly understood. Here we report a series of cryo-EM reconstructions of SARS-CoV-2 Nsp15, in both apo and UTP-bound states. The cryo-EM reconstructions, combined with biochemistry, mass spectrometry, and molecular dynamics, expose molecular details of how critical active site residues recognize uridine and facilitate catalysis of the phosphodiester bond. Mass spectrometry revealed the accumulation of cyclic phosphate cleavage products, while analysis of the apo and UTP-bound datasets revealed conformational dynamics not observed by crystal structures that are likely important to facilitate substrate recognition and regulate nuclease activity. Collectively, these findings advance understanding of how Nsp15 processes viral RNA and provide a structural framework for the development of new therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22612.map.gz | 27.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22612-v30.xml emd-22612.xml | 9.1 KB 9.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22612.png | 87.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22612 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22612 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22612.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 Nsp15 H235A variant APO-state, dataset ii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.899 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Nsp15 H235A variant APO-state, dataset i
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Nsp15 H235A variant APO-state, dataset i |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 Nsp15 H235A variant APO-state, dataset i
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Nsp15 H235A variant APO-state, dataset i / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Nsp15
分子 | 名称: Nsp15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
配列 | 文字列: GSHMLEENLY FQSLEMSLEN VAFNVVNKGH FDGQQGEVPV SIINN TVYT KVDGVDVELF ENKTTLPVNV AFELWAKRNI KPVPEVKILN NLGVDIAANT VIWDYKRDAP A HISTIGVC SMTDIAKKPT ETICAPLTVF FDGRVDGQVD LFRNARNGVL ITEGSVKGLQ ...文字列: GSHMLEENLY FQSLEMSLEN VAFNVVNKGH FDGQQGEVPV SIINN TVYT KVDGVDVELF ENKTTLPVNV AFELWAKRNI KPVPEVKILN NLGVDIAANT VIWDYKRDAP A HISTIGVC SMTDIAKKPT ETICAPLTVF FDGRVDGQVD LFRNARNGVL ITEGSVKGLQ PSVGPKQ AS LNGVTLIGEA VKTQFNYYKK VDGVVQQLPE TYFTQSRNLQ EFKPRSQMEI DFLELAMDEF IE RYKLEGY AFEHIVYGDF SHSQLGGLHL LIGLAKRFKE SPFELEDFIP MDSTVKNYFI TDAQTGSS K CVCSVIDLLL DDFVEIIKSQ DLSVVSKVVK VTIDYTEISF MLWCKDGHVE TFYPKLQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 433403 |