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- EMDB-21390: Structure of nevanimibe-bound human tetrameric ACAT1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21390
タイトルStructure of nevanimibe-bound human tetrameric ACAT1
マップデータ
試料
  • 細胞: ACAT1
    • タンパク質・ペプチド: Sterol O-acyltransferase 1
  • リガンド: OLEIC ACIDオレイン酸
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
  • リガンド: nevanimibe
  • リガンド: COENZYME A補酵素A
  • リガンド: S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (9Z)-octadec-9-enethioate (non-preferred name)
キーワードcholesterol (コレステロール) / cholesteryl ester / acyltransferase (アシルトランスフェラーゼ) / MBOAT / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol O-acyltransferase / sterol O-acyltransferase activity / cholesterol O-acyltransferase activity / cholesterol storage / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / very-low-density lipoprotein particle assembly / low-density lipoprotein particle clearance / fatty-acyl-CoA binding / LDL clearance / cholesterol efflux ...sterol O-acyltransferase / sterol O-acyltransferase activity / cholesterol O-acyltransferase activity / cholesterol storage / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / very-low-density lipoprotein particle assembly / low-density lipoprotein particle clearance / fatty-acyl-CoA binding / LDL clearance / cholesterol efflux / cholesterol binding / macrophage derived foam cell differentiation / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Sterol O-acyltransferase, metazoa / Sterol O-acyltransferase, ACAT/DAG/ARE types / Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT / MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family
類似検索 - ドメイン・相同性
Sterol O-acyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å
データ登録者Li X / Long T
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structure of nevanimibe-bound tetrameric human ACAT1.
著者: Tao Long / Yingyuan Sun / Abdirahman Hassan / Xiaofeng Qi / Xiaochun Li /
要旨: Cholesterol is an essential component of mammalian cell membranes, constituting up to 50% of plasma membrane lipids. By contrast, it accounts for only 5% of lipids in the endoplasmic reticulum (ER). ...Cholesterol is an essential component of mammalian cell membranes, constituting up to 50% of plasma membrane lipids. By contrast, it accounts for only 5% of lipids in the endoplasmic reticulum (ER). The ER enzyme sterol O-acyltransferase 1 (also named acyl-coenzyme A:cholesterol acyltransferase, ACAT1) transfers a long-chain fatty acid to cholesterol to form cholesteryl esters that coalesce into cytosolic lipid droplets. Under conditions of cholesterol overload, ACAT1 maintains the low cholesterol concentration of the ER and thereby has an essential role in cholesterol homeostasis. ACAT1 has also been implicated in Alzheimer's disease, atherosclerosis and cancers. Here we report a cryo-electron microscopy structure of human ACAT1 in complex with nevanimibe, an inhibitor that is in clinical trials for the treatment of congenital adrenal hyperplasia. The ACAT1 holoenzyme is a tetramer that consists of two homodimers. Each monomer contains nine transmembrane helices (TMs), six of which (TM4-TM9) form a cavity that accommodates nevanimibe and an endogenous acyl-coenzyme A. This cavity also contains a histidine that has previously been identified as essential for catalytic activity. Our structural data and biochemical analyses provide a physical model to explain the process of cholesterol esterification, as well as details of the interaction between nevanimibe and ACAT1, which may help to accelerate the development of ACAT1 inhibitors to treat related diseases.
履歴
登録2020年2月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月18日-
マップ公開2020年5月13日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0094
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6vum
  • 表面レベル: 0.0094
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21390.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21390.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0094 / ムービー #1: 0.0094
最小 - 最大-0.04810978 - 0.07537887
平均 (標準偏差)0.00015065777 (±0.002037241)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 274.89 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8330.8330.833
M x/y/z330330330
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z274.890274.890274.890
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS330330330
D min/max/mean-0.0480.0750.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ACAT1

全体名称: ACAT1
要素
  • 細胞: ACAT1
    • タンパク質・ペプチド: Sterol O-acyltransferase 1
  • リガンド: OLEIC ACIDオレイン酸
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
  • リガンド: nevanimibe
  • リガンド: COENZYME A補酵素A
  • リガンド: S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (9Z)-octadec-9-enethioate (non-preferred name)

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超分子 #1: ACAT1

超分子名称: ACAT1 / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sterol O-acyltransferase 1

分子名称: Sterol O-acyltransferase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: sterol O-acyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.80125 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVGEEKMSLR NRLSKSRENP EEDEDQRNPA KESLETPSNG RIDIKQLIAK KIKLTAEAEE LKPFFMKEVG SHFDDFVTNL IEKSASLDN GGCALTTFSV LEGEKNNHRA KDLRAPPEQG KIFIARRSLL DELLEVDHIR TIYHMFIALL ILFILSTLVV D YIDEGRLV ...文字列:
MVGEEKMSLR NRLSKSRENP EEDEDQRNPA KESLETPSNG RIDIKQLIAK KIKLTAEAEE LKPFFMKEVG SHFDDFVTNL IEKSASLDN GGCALTTFSV LEGEKNNHRA KDLRAPPEQG KIFIARRSLL DELLEVDHIR TIYHMFIALL ILFILSTLVV D YIDEGRLV LEFSLLSYAF GKFPTVVWTW WIMFLSTFSV PYFLFQHWAT GYSKSSHPLI RSLFHGFLFM IFQIGVLGFG PT YVVLAYT LPPASRFIII FEQIRFVMKA HSFVRENVPR VLNSAKEKSS TVPIPTVNQY LYFLFAPTLI YRDSYPRNPT VRW GYVAMK FAQVFGCFFY VYYIFERLCA PLFRNIKQEP FSARVLVLCV FNSILPGVLI LFLTFFAFLH CWLNAFAEML RFGD RMFYK DWWNSTSYSN YYRTWNVVVH DWLYYYAYKD FLWFFSKRFK SAAMLAVFAV SAVVHEYALA VCLSFFYPVL FVLFM FFGM AFNFIVNDSR KKPIWNVLMW TSLFLGNGVL LCFYSQEWYA RQHCPLKNPT FLDYVRPRSW TCRYVFDYKD DDDK

UniProtKB: Sterol O-acyltransferase 1

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分子 #2: OLEIC ACID

分子名称: OLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: OLA
分子量理論値: 282.461 Da
Chemical component information

ChemComp-OLA:
OLEIC ACID / オレイン酸 / オレイン酸

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分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

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分子 #4: nevanimibe

分子名称: nevanimibe / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ROV
分子量理論値: 421.618 Da
Chemical component information

ChemComp-ROV:
nevanimibe / PD-132301

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分子 #5: COENZYME A

分子名称: COENZYME A / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: COA
分子量理論値: 767.534 Da
Chemical component information

ChemComp-COA:
COENZYME A / CoA / 補酵素A

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分子 #6: S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydrox...

分子名称: S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza- ...名称: S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (9Z)-octadec-9-enethioate (non-preferred name)
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: 3VV
分子量理論値: 1.03198 KDa
Chemical component information

ChemComp-3VV:
S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (9Z)-octadec-9-enethioate (non-preferred name) / オレオイルCoA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 263839

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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