[日本語] English
万見
- EMDB-2095: Cryo-electron microscopy reconstruction of doublecortin-stabilise... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2095
タイトルCryo-electron microscopy reconstruction of doublecortin-stabilised microtubules in absence of kinesin
マップデータReconstruction of doublecortin-stabilised microtubules in absence of kinesin
試料
  • 試料: Doublecortin-stabilised microtubules
  • タンパク質・ペプチド: tubulin alpha-1D chain
  • タンパク質・ペプチド: doublecortin
  • タンパク質・ペプチド: tubulin beta-2B chain
キーワードdoublecortin / microtubule (微小管) / Microtubule-Associated Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


axoneme assembly / Neurofascin interactions / positive regulation of axon guidance / microtubule associated complex / microtubule-based process / central nervous system development / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / neuron migration / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...axoneme assembly / Neurofascin interactions / positive regulation of axon guidance / microtubule associated complex / microtubule-based process / central nervous system development / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / neuron migration / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / retina development in camera-type eye / mitotic cell cycle / nervous system development / microtubule binding / 微小管 / 細胞骨格 / hydrolase activity / neuron projection / intracellular signal transduction / protein heterodimerization activity / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Neuronal migration protein doublecortin, chordata / : / Doublecortin / Doublecortin domain profile. / Domain in the Doublecortin (DCX) gene product / Doublecortin domain / Doublecortin domain / Doublecortin domain superfamily / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin ...Neuronal migration protein doublecortin, chordata / : / Doublecortin / Doublecortin domain profile. / Domain in the Doublecortin (DCX) gene product / Doublecortin domain / Doublecortin domain / Doublecortin domain superfamily / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuronal migration protein doublecortin / Tubulin alpha-1D chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 8.3 Å
データ登録者Liu JS / Schubert CR / Fu X / Fourniol FJ / Jaiswal JK / Houdusse A / Stultz CM / Moores CA / Walsh CA
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2012
タイトル: Molecular basis for specific regulation of neuronal kinesin-3 motors by doublecortin family proteins.
著者: Judy S Liu / Christian R Schubert / Xiaoqin Fu / Franck J Fourniol / Jyoti K Jaiswal / Anne Houdusse / Collin M Stultz / Carolyn A Moores / Christopher A Walsh /
要旨: Doublecortin (Dcx) defines a growing family of microtubule (MT)-associated proteins (MAPs) involved in neuronal migration and process outgrowth. We show that Dcx is essential for the function of ...Doublecortin (Dcx) defines a growing family of microtubule (MT)-associated proteins (MAPs) involved in neuronal migration and process outgrowth. We show that Dcx is essential for the function of Kif1a, a kinesin-3 motor protein that traffics synaptic vesicles. Neurons lacking Dcx and/or its structurally conserved paralogue, doublecortin-like kinase 1 (Dclk1), show impaired Kif1a-mediated transport of Vamp2, a cargo of Kif1a, with decreased run length. Human disease-associated mutations in Dcx's linker sequence (e.g., W146C, K174E) alter Kif1a/Vamp2 transport by disrupting Dcx/Kif1a interactions without affecting Dcx MT binding. Dcx specifically enhances binding of the ADP-bound Kif1a motor domain to MTs. Cryo-electron microscopy and subnanometer-resolution image reconstruction reveal the kinesin-dependent conformational variability of MT-bound Dcx and suggest a model for MAP-motor crosstalk on MTs. Alteration of kinesin run length by MAPs represents a previously undiscovered mode of control of kinesin transport and provides a mechanism for regulation of MT-based transport by local signals.
履歴
登録2012年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年5月17日-
マップ公開2012年8月15日-
更新2012年9月26日-
現状2012年9月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4atu
  • 表面レベル: 1.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4atu
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

2095-image.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2095.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of doublecortin-stabilised microtubules in absence of kinesin
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.6 / ムービー #1: 1.6
最小 - 最大-8.86061192 - 12.475532530000001
平均 (標準偏差)0.57322699 (±2.0084734)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin506675
サイズ4185101
Spacing4185101
セルA: 238.0 Å / B: 114.799995 Å / C: 282.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z8541101
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z238.000114.800282.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ128128168
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS665075
NC/NR/NS8541101
D min/max/mean-8.86112.4760.573

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Doublecortin-stabilised microtubules

全体名称: Doublecortin-stabilised microtubules
要素
  • 試料: Doublecortin-stabilised microtubules
  • タンパク質・ペプチド: tubulin alpha-1D chain
  • タンパク質・ペプチド: doublecortin
  • タンパク質・ペプチド: tubulin beta-2B chain

-
超分子 #1000: Doublecortin-stabilised microtubules

超分子名称: Doublecortin-stabilised microtubules / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 13-protofilament microtubule / Number unique components: 3

-
分子 #1: tubulin alpha-1D chain

分子名称: tubulin alpha-1D chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: heterodimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: cattle / 組織: brain / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 50 KDa
配列InterPro: Alpha tubulin

-
分子 #2: doublecortin

分子名称: doublecortin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: DCX / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 40 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換プラスミド: pFastBac
配列InterPro: Doublecortin domain

-
分子 #3: tubulin beta-2B chain

分子名称: tubulin beta-2B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 集合状態: heterodimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: cattle / 組織: brain / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 50 KDa
配列InterPro: Beta tubulin, autoregulation binding site

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

緩衝液pH: 6.8
詳細: 20mM PIPES, 1mM EGTA, 3mM MgCl2, 1mM TCEP, 0.5mM GTP
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo-EM
グリッド詳細: 300 mesh lacey carbon grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
温度平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification
日付2010年10月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / 平均電子線量: 17 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正詳細: done with FREALIGN
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.2 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 27.7 °
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER, FREALIGN
詳細: A sub-selection of approximately 146,000 tubulin dimers (75% of total dataset) went into the final reconstruction
詳細Particles were aligned using Spider and Frealign (Sindelar and Downing, 2010)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2xrp


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G / Chain - #7 - Chain ID: H
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross correlation
得られたモデル

PDB-4atu:
Human doublecortin N-DC repeat plus linker, and tubulin (2XRP) docked into an 8A cryo-EM map of doublecortin-stabilised microtubules reconstructed in absence of kinesin

-
原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1mjd

ソフトウェア名称: Chimera, Flex-EM
詳細Protocol: flexible fitting. The EM map was zoned around the doublecortin density. The N-DC atomic model (1MJD model 11, aa 38-150) was extended at its C-terminus (aa 151-156) using Chimera. Flexible fitting was performed into the zoned around EM map. The core DC domain (aa 53-129) and the docked W146 region (aa 145-146) were treated as a single rigid body.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: cross correlation
得られたモデル

PDB-4atu:
Human doublecortin N-DC repeat plus linker, and tubulin (2XRP) docked into an 8A cryo-EM map of doublecortin-stabilised microtubules reconstructed in absence of kinesin

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る