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万見
- EMDB-2073: Structure of the dengue virus glycoprotein non-structural protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2073
タイトルStructure of the dengue virus glycoprotein non-structural protein 1 by electron microscopy and single-particle analysis
マップデータ3D reconstruction of recombinant DENV-2 sNS1 protein
試料
  • 試料: Secreted form of DENV-2 NS1
  • タンパク質・ペプチド: Non structural protein 1
キーワードFlavivirus / Dengue (デング熱) / NS1 / glycoprotein (糖タンパク質)
機能・相同性Flavivirus non-structural protein NS1
機能・相同性情報
生物種Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Muller DA / Landsberg MJ / Bletchly C / Rothnagel R / Waddington L / Hankamer B / Young PR
引用ジャーナル: J Gen Virol / 年: 2012
タイトル: Structure of the dengue virus glycoprotein non-structural protein 1 by electron microscopy and single-particle analysis.
著者: David A Muller / Michael J Landsberg / Cheryl Bletchly / Rosalba Rothnagel / Lynne Waddington / Ben Hankamer / Paul R Young /
要旨: The flavivirus non-structural protein 1 (NS1) is a glycoprotein that is secreted as a soluble hexameric complex during the course of natural infection. Growing evidence indicates that this secreted ...The flavivirus non-structural protein 1 (NS1) is a glycoprotein that is secreted as a soluble hexameric complex during the course of natural infection. Growing evidence indicates that this secreted form of NS1 (sNS1) plays a significant role in immune evasion and modulation during infection. Attempts to determine the crystal structure of NS1 have been unsuccessful to date and relatively little is known about the macromolecular organization of the sNS1 hexamer. Here, we have applied single-particle analysis to images of baculovirus-derived recombinant dengue 2 virus NS1 obtained by electron microscopy to determine its 3D structure to a resolution of 23 Å. This structure reveals a barrel-like organization of the three dimeric units that comprise the hexamer and provides further insights into the overall organization of oligomeric sNS1.
履歴
登録2012年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年4月17日-
マップ公開2012年4月17日-
更新2012年4月17日-
現状2012年4月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2073.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2073.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of recombinant DENV-2 sNS1 protein
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.04 / ムービー #1: 1.04
最小 - 最大-3.1992631 - 6.28529167
平均 (標準偏差)0.02490416 (±0.49955314)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-135-135-135
サイズ108108108
Spacing108108108
セルA=B=C: 200.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.861.861.86
M x/y/z108108108
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z200.880200.880200.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ128128168
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-135-135-135
NC/NR/NS108108108
D min/max/mean-3.1996.2850.025

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Secreted form of DENV-2 NS1

全体名称: Secreted form of DENV-2 NS1
要素
  • 試料: Secreted form of DENV-2 NS1
  • タンパク質・ペプチド: Non structural protein 1

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超分子 #1000: Secreted form of DENV-2 NS1

超分子名称: Secreted form of DENV-2 NS1 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Monodisperse sample as assessed by SEC / 集合状態: Homohexamer / Number unique components: 1
分子量理論値: 246 KDa

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分子 #1: Non structural protein 1

分子名称: Non structural protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: NS1 / コピー数: 6 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) / 別称: Dengue virus 2 / 細胞中の位置: Secreted
分子量理論値: 41 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾) / 組換プラスミド: pFastBac
配列InterPro: Flavivirus non-structural protein NS1

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris, 300 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein washed with an aqueous solution of 2% (w/v) uranyl acetate for 30 seconds.
グリッド詳細: 400 mesh copper grid with thin carbon support, glow discharged
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 68000
試料ステージ試料ホルダー: FEI single tilt room temperature / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
温度平均: 295 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 93,000 times magnification
日付2003年9月17日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 40 / 平均電子線量: 60 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8

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画像解析

最終 2次元分類クラス数: 174
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, EMAN, XMIPP
詳細: An exhaustive evaluation of point symmetry was performed as described in the associated manuscript
使用した粒子像数: 3523
詳細Particles selected semi-automatically using the SWARM-PS software

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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