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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20684 | |||||||||
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タイトル | Average of the distal basal body from bovine respiratory cilia | |||||||||
マップデータ | Average of the distal basal body from bovine respiratory cilia | |||||||||
試料 |
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生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 32.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Greenan GA / Vale RD / Agard DA | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2020 タイトル: Electron cryotomography of intact motile cilia defines the basal body to axoneme transition. 著者: Garrett A Greenan / Ronald D Vale / David A Agard / 要旨: Cells use motile cilia to generate force in the extracellular space. The structure of a cilium can be classified into three subdomains: the intracellular basal body (BB) that templates cilium ...Cells use motile cilia to generate force in the extracellular space. The structure of a cilium can be classified into three subdomains: the intracellular basal body (BB) that templates cilium formation, the extracellular axoneme that generates force, and the transition zone (TZ) that bridges them. While the BB is composed of triplet microtubules (TMTs), the axoneme is composed of doublet microtubules (DMTs), meaning the cilium must convert between different microtubule geometries. Here, we performed electron cryotomography to define this conversion, and our reconstructions reveal identifying structural features of the BB, TZ, and axoneme. Each region is distinct in terms of microtubule number and geometry, microtubule inner proteins, and microtubule linkers. TMT to DMT conversion occurs within the BB, and microtubule geometry changes to axonemal by the end of the TZ, followed by the addition of axoneme-specific components essential for cilium motility. Our results provide the highest-resolution images of the motile cilium to date and reveal how BBs template axonemes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20684.map.gz | 1.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20684-v30.xml emd-20684.xml | 7.9 KB 7.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20684.png | 38.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20684 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20684 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20684_validation.pdf.gz | 78 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20684_full_validation.pdf.gz | 77.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20684_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20684 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20684 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20684.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Average of the distal basal body from bovine respiratory cilia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 8.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Nascent axoneme from bovine respiratory epithelial cells
全体 | 名称: Nascent axoneme from bovine respiratory epithelial cells |
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要素 |
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-超分子 #1: Nascent axoneme from bovine respiratory epithelial cells
超分子 | 名称: Nascent axoneme from bovine respiratory epithelial cells タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / Organelle: cilium |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 15 second blot. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 0.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 1447 |
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抽出 | トモグラム数: 21 / 使用した粒子像数: 9450 |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |