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- EMDB-20432: Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C5 portal vertex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20432
タイトルKaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C5 portal vertex structure
マップデータ
試料Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス):
virusウイルス / (Capsid vertex component ...) x 2 / Large tegument protein deneddylase / Major capsid protein / (Triplex capsid protein ...) x 2 / Small capsomere-interacting protein
機能・相同性
機能・相同性情報


T=16 icosahedral viral capsid / icosahedral viral capsid / viral tegument / 染色体 / viral capsid assembly / viral release from host cell / viral genome packaging / modulation by virus of host protein ubiquitination / thiol-dependent ubiquitin-specific protease activity => GO:0004843 / ubiquitinyl hydrolase 1 ...T=16 icosahedral viral capsid / icosahedral viral capsid / viral tegument / 染色体 / viral capsid assembly / viral release from host cell / viral genome packaging / modulation by virus of host protein ubiquitination / thiol-dependent ubiquitin-specific protease activity => GO:0004843 / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / ウイルス / カプシド / viral penetration into host nucleus / host cell cytoplasm / viral entry into host cell / エンベロープ (ウイルス) / structural molecule activity / viral process / host cell nucleus / DNA binding
Herpesvirus major capsid protein / Gammaherpesvirus capsid / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus UL25 / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Large tegument protein deneddylase / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Herpesvirus capsid protein 2
Capsid vertex component 2 / Capsid vertex component 2 / Capsid vertex component 1 / Triplex capsid protein 1 / Small capsomere-interacting protein / Triplex capsid protein 1 / Major capsid protein / Large tegument protein deneddylase / Small capsomere-interacting protein / Triplex capsid protein 2 ...Capsid vertex component 2 / Capsid vertex component 2 / Capsid vertex component 1 / Triplex capsid protein 1 / Small capsomere-interacting protein / Triplex capsid protein 1 / Major capsid protein / Large tegument protein deneddylase / Small capsomere-interacting protein / Triplex capsid protein 2 / Capsid vertex component 1 / Triplex capsid protein 2
生物種Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) / HHV-8 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Gong D / Dai X / Jih J / Liu YT / Bi GQ / Sun R / Zhou ZH
資金援助 米国, 中国, 14件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)1S10RR23057 米国
Other government2016YFA0400900 中国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE028583 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE025567 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE027901 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA091791 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA177322 米国
Other government2017YFA0505300 中国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE023591 米国
引用ジャーナル: Cell / : 2019
タイトル: DNA-Packing Portal and Capsid-Associated Tegument Complexes in the Tumor Herpesvirus KSHV.
著者: Danyang Gong / Xinghong Dai / Jonathan Jih / Yun-Tao Liu / Guo-Qiang Bi / Ren Sun / Z Hong Zhou /
要旨: Assembly of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) begins at a bacteriophage-like portal complex that nucleates formation of an icosahedral capsid with capsid-associated tegument complexes ...Assembly of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) begins at a bacteriophage-like portal complex that nucleates formation of an icosahedral capsid with capsid-associated tegument complexes (CATCs) and facilitates translocation of an ∼150-kb dsDNA genome, followed by acquisition of a pleomorphic tegument and envelope. Because of deviation from icosahedral symmetry, KSHV portal and tegument structures have largely been obscured in previous studies. Using symmetry-relaxed cryo-EM, we determined the in situ structure of the KSHV portal and its interactions with surrounding capsid proteins, CATCs, and the terminal end of KSHV's dsDNA genome. Our atomic models of the portal and capsid/CATC, together with visualization of CATCs' variable occupancy and alternate orientation of CATC-interacting vertex triplexes, suggest a mechanism whereby the portal orchestrates procapsid formation and asymmetric long-range determination of CATC attachment during DNA packaging prior to pleomorphic tegumentation/envelopment. Structure-based mutageneses confirm that a triplex deep binding groove for CATCs is a hotspot that holds promise for antiviral development.
構造検証レポートPDB-ID: 6ppb

簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2019年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月31日-
マップ公開2019年9月11日-
更新2019年11月27日-
現状2019年11月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図(高さに従い着色)
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6ppb
  • 表面レベル: 0.018
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6ppb
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20432.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 395.52 Å
1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 395.52 Å
1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 395.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.013647928 - 0.019545255
平均 (標準偏差)0.0008784352 (±0.0020793662)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 395.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z395.520395.520395.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0520.0840.002

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添付データ

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ハーフマップ: None

ファイルemd_20432_half_map_1.map
注釈None
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: None

ファイルemd_20432_half_map_2.map
注釈None
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 Human gammaherpesvirus 8

全体名称: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) / 構成要素数: 8

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構成要素 #1: ウイルス, Human gammaherpesvirus 8

ウイルス名称: Human gammaherpesvirus 8Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus
クラス: VIRION / 中空か: No / エンベロープを持つか: Yes / 単離: STRAIN
生物種生物種: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
: BAC16
由来(天然)宿主: Homo sapiens (ヒト)
殻 #1要素名: Capsid / 直径: 1250.0 Å / T番号(三角分割数): 16

+
構成要素 #2: タンパク質, Capsid vertex component 1

タンパク質名称: Capsid vertex component 1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 49.586555 kDa
由来生物種: HHV-8 (ヘルペスウイルス) / : GK18

+
構成要素 #3: タンパク質, Capsid vertex component 2

タンパク質名称: Capsid vertex component 2 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 61.494383 kDa
由来生物種: HHV-8 (ヘルペスウイルス) / : GK18

+
構成要素 #4: タンパク質, Large tegument protein deneddylase

タンパク質名称: Large tegument protein deneddylase / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 290.024844 kDa
由来生物種: HHV-8 (ヘルペスウイルス) / : GK18

+
構成要素 #5: タンパク質, Major capsid protein

タンパク質名称: Major capsid protein / 個数: 4 / 組換発現: No
分子量理論値: 153.574188 kDa
由来生物種: HHV-8 (ヘルペスウイルス) / : GK18

+
構成要素 #6: タンパク質, Triplex capsid protein 1

タンパク質名称: Triplex capsid protein 1 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 36.37484 kDa
由来生物種: HHV-8 (ヘルペスウイルス) / : GK18

+
構成要素 #7: タンパク質, Triplex capsid protein 2

タンパク質名称: Triplex capsid protein 2 / 個数: 4 / 組換発現: No
分子量理論値: 34.278473 kDa
由来生物種: HHV-8 (ヘルペスウイルス) / : GK18

+
構成要素 #8: タンパク質, Small capsomere-interacting protein

タンパク質名称: Small capsomere-interacting protein / 個数: 4 / 組換発現: No
分子量理論値: 18.597824 kDa
由来生物種: HHV-8 (ヘルペスウイルス) / : GK18

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.4
凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 温度: 298 K
詳細: The sample was manually blotted and frozen with a homemade plunger..

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 25 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 14000.0 X (nominal), 24271.0 X (calibrated) / Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER / 温度: ( - 79.0 K)
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 8007 / サンプリングサイズ: 2.5 µm

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C5 (5回回転対称) / 投影像の数: 39773
3次元再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / ソフトウェア: RELION / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築

モデリング #1当てはまり具合の基準: Correlation coefficient / 精密化に使用した空間: REAL / 温度因子: 177.4
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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