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- EMDB-20431: Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C1 portal vertex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20431
タイトルKaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C1 portal vertex reconstruction
マップデータ
試料Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス):
virusウイルス
生物種Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Gong D / Dai X / Jih J / Liu YT / Bi GQ / Sun R / Zhou ZH
資金援助 米国, 中国, 14件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Center for Research Resources1S10RR23057 米国
Other government2016YFA0400900 中国
National Science Foundation (United States)DBI-1338135 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences1U24GM116792 米国
National Science Foundation (United States)DMR-1548924 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesGM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial ResearchDE028583 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial ResearchDE025567 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesAI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial ResearchDE027901 米国
National Institutes of Health/National Cancer InstituteCA091791 米国
National Institutes of Health/National Cancer InstituteCA177322 米国
Other government2017YFA0505300 中国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial ResearchDE023591 米国
引用ジャーナル: Cell / : 2019
タイトル: DNA-Packing Portal and Capsid-Associated Tegument Complexes in the Tumor Herpesvirus KSHV.
著者: Danyang Gong / Xinghong Dai / Jonathan Jih / Yun-Tao Liu / Guo-Qiang Bi / Ren Sun / Z Hong Zhou /
要旨: Assembly of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) begins at a bacteriophage-like portal complex that nucleates formation of an icosahedral capsid with capsid-associated tegument complexes ...Assembly of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) begins at a bacteriophage-like portal complex that nucleates formation of an icosahedral capsid with capsid-associated tegument complexes (CATCs) and facilitates translocation of an ∼150-kb dsDNA genome, followed by acquisition of a pleomorphic tegument and envelope. Because of deviation from icosahedral symmetry, KSHV portal and tegument structures have largely been obscured in previous studies. Using symmetry-relaxed cryo-EM, we determined the in situ structure of the KSHV portal and its interactions with surrounding capsid proteins, CATCs, and the terminal end of KSHV's dsDNA genome. Our atomic models of the portal and capsid/CATC, together with visualization of CATCs' variable occupancy and alternate orientation of CATC-interacting vertex triplexes, suggest a mechanism whereby the portal orchestrates procapsid formation and asymmetric long-range determination of CATC attachment during DNA packaging prior to pleomorphic tegumentation/envelopment. Structure-based mutageneses confirm that a triplex deep binding groove for CATCs is a hotspot that holds promise for antiviral development.
履歴
登録2019年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月31日-
マップ公開2019年9月11日-
更新2019年9月18日-
現状2019年9月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(高さに従い着色)
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20431.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 395.52 Å
1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 395.52 Å
1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 395.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.026351929 - 0.031206857
平均 (標準偏差)0.0015685144 (±0.0036134275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 395.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z395.520395.520395.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0250.0430.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Human gammaherpesvirus 8

全体名称: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) / 構成要素数: 1

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構成要素 #1: ウイルス, Human gammaherpesvirus 8

ウイルス名称: Human gammaherpesvirus 8Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus
クラス: VIRION / 中空か: No / エンベロープを持つか: Yes / 単離: STRAIN
生物種生物種: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
: BAC16
由来(天然)宿主: Homo sapiens (ヒト)
殻 #1要素名: Capsid / 直径: 1250.0 Å / T番号(三角分割数): 16

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.4
凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 温度: 298 K
詳細: The sample was manually blotted and frozen with a homemade plunger..

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 25 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 14000.0 X (nominal), 24271.0 X (calibrated) / Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER / 温度: ( - 79.0 K)
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 8007 / サンプリングサイズ: 2.5 µm

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 39073
3次元再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / ソフトウェア: RELION / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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