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万見- EMDB-20054: Cryo-EM structure of YenTcA in the pore state determined in liposomes -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20054 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of YenTcA in the pore state determined in liposomes | |||||||||
マップデータ | em-volume_P1 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Yersinia entomophaga (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Landsberg MJ / Piper SJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structures of the pore-forming A subunit from the Yersinia entomophaga ABC toxin. 著者: Sarah J Piper / Lou Brillault / Rosalba Rothnagel / Tristan I Croll / Joseph K Box / Irene Chassagnon / Sebastian Scherer / Kenneth N Goldie / Sandra A Jones / Femke Schepers / Lauren Hartley- ...著者: Sarah J Piper / Lou Brillault / Rosalba Rothnagel / Tristan I Croll / Joseph K Box / Irene Chassagnon / Sebastian Scherer / Kenneth N Goldie / Sandra A Jones / Femke Schepers / Lauren Hartley-Tassell / Thomas Ve / Jason N Busby / Julie E Dalziel / J Shaun Lott / Ben Hankamer / Henning Stahlberg / Mark R H Hurst / Michael J Landsberg / 要旨: ABC toxins are pore-forming virulence factors produced by pathogenic bacteria. YenTcA is the pore-forming and membrane binding A subunit of the ABC toxin YenTc, produced by the insect pathogen ...ABC toxins are pore-forming virulence factors produced by pathogenic bacteria. YenTcA is the pore-forming and membrane binding A subunit of the ABC toxin YenTc, produced by the insect pathogen Yersinia entomophaga. Here we present cryo-EM structures of YenTcA, purified from the native source. The soluble pre-pore structure, determined at an average resolution of 4.4 Å, reveals a pentameric assembly that in contrast to other characterised ABC toxins is formed by two TcA-like proteins (YenA1 and YenA2) and decorated by two endochitinases (Chi1 and Chi2). We also identify conformational changes that accompany membrane pore formation by visualising YenTcA inserted into liposomes. A clear outward rotation of the Chi1 subunits allows for access of the protruding translocation pore to the membrane. Our results highlight structural and functional diversity within the ABC toxin subfamily, explaining how different ABC toxins are capable of recognising diverse hosts. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20054.map.gz | 27.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20054-v30.xml emd-20054.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20054_fsc.xml | 17.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20054.png | 51 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20054 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20054 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20054_validation.pdf.gz | 78.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20054_full_validation.pdf.gz | 77.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20054_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20054 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20054 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20054.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | em-volume_P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.72 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Yersinia entomphaga toxin complex subunit A (YenTcA) in the pore ...
全体 | 名称: Yersinia entomphaga toxin complex subunit A (YenTcA) in the pore form in liposomes |
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要素 |
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-超分子 #1: Yersinia entomphaga toxin complex subunit A (YenTcA) in the pore ...
超分子 | 名称: Yersinia entomphaga toxin complex subunit A (YenTcA) in the pore form in liposomes タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア) / 株: MH96 |
分子量 | 理論値: 2.08 MDa |
-分子 #1: YenA1
分子 | 名称: YenA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア) |
配列 | 文字列: MDKYNNYSNV IKNKSSISPL LAAAAKIEPE ITVLSSASKS NRSQYSQSLA DTLLGLGYRS IFDIAKVSR QRFIKRHDES LLGNGAVIFD KAVSMANQVL QKYRKNRLEK SNSPLVPQTS S STDASSES QTNKLPEYNQ LFPEPWDNFC RPGAIEALDS PASYLLDLYK ...文字列: MDKYNNYSNV IKNKSSISPL LAAAAKIEPE ITVLSSASKS NRSQYSQSLA DTLLGLGYRS IFDIAKVSR QRFIKRHDES LLGNGAVIFD KAVSMANQVL QKYRKNRLEK SNSPLVPQTS S STDASSES QTNKLPEYNQ LFPEPWDNFC RPGAIEALDS PASYLLDLYK FIQSVELDGS NQ ARKLETR RADIPKLSLD NDALYKEVTA LSIVNDVLSG SAREYIDQSG QADKAVNQIL GDT HFPFTL PYSLPTQQIN KGLGASNIEL GTVIQRVDPQ FSWNTTQEKY NQVLLAYTQL SSEQ IALLS LPDVFTQNFL TQTELSAGYL SASTTEILAE KDLSRHGYIV KAADNIKGPT QLVEH SDAS YDVIELTCTN QAKETITVKL RGENIITYQR TKARMVPFDN SSPFSRQLKL TFVAED NPS LGNLDKGPYF ANMDIYAAEW VRENVSSETM VSRPFLTMTY RIAIAKAGAS LEELQPE AD AFFINNFGLS AEDSSQLVKL VAFGDQTGSK AEEIESLLSC GENLPIVSPN VIFANPIF G SYFNDEPFPA PYHFGGVYIN AHQRNAMTII RAEGGREIQS LSNFRLERLN RFIRLQRWL DLPSHQLDLL LTSVMQADAD NSQQEITEPV LKSLGLFRHL NLQYKITPEI FSSWLYQLTP FAVSGEIAF FDRIFNREQL FDQPFILDGG SFTYLDAKGS DAKSVKQLCA GLNISAVTFQ F IAPLVQSA LGLEAGTLVR SFEVVSSLYR LVSIPQTFGL STEDGLILMN ILTDEMGYLA KQ PAFDDKQ TQDKDFLSII LKMEALSAWL TKNNLTPASL ALLLGVTRLA VVPTNNMVTF FKG IANGLS ENVCLTTDDF QRQELEGADW WTLLSTNQVI DDMGLVLDIH PVWGKSDEEM LMEK IQSIG VSNDNNTLSI IVQILIQAKN AQENLLSQTI SAEYGVERSV VPLQLRWLGS NVYSV LNQV LNNTPTDISS IVPKLSELTY SLLIYTQLIN SLKLNKEFIF LRLTQPNWLG LTQPKL STQ LSLPEIYLIT CYQDWVVNAN KNEDSIHEYL EFANIKKTEA EKTLVDNSEK CAELLAE IL AWDAGEILKA ASLLGLNPPQ ATNVFEIDWI RRLQTLSEKT MISTEYLWQM GDLTENSE F SLKEGVGEAV MAALKAQGDS DNV |
-分子 #2: YenA2
分子 | 名称: YenA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア) |
配列 | 文字列: MSNSIEAKLQ EDLRDALVDY YLGQIVPNSK DFTNLRSTIK NVDDLYDHLL LDTQVSAKVI TSRLSLVTQ SVQQYINRIA LNLEPGLSIN QQEATDWEEF ANRYGYWAAN QQLRMFPEIY V DPTLRLTK TEFFFQLESA LNQGKLTDDV AQKAVLGYLN NFEEVSNLEI ...文字列: MSNSIEAKLQ EDLRDALVDY YLGQIVPNSK DFTNLRSTIK NVDDLYDHLL LDTQVSAKVI TSRLSLVTQ SVQQYINRIA LNLEPGLSIN QQEATDWEEF ANRYGYWAAN QQLRMFPEIY V DPTLRLTK TEFFFQLESA LNQGKLTDDV AQKAVLGYLN NFEEVSNLEI IAGYQDGIDI EN DKTYFVA RTRMQPYRYF WRSLDASQRN ANSQELYPTA WSEWKAISVP LENVANGIVR PIM MDNRLY ISWFEVAEEK ETDSDGNIIV SGRYRTKIRL AHLGFDGVWS SGTTLREEVL ADQM EEMIA VVDRMEDEPR LALVAFKEMS ESWDVVFSYI CDSMLIESSN LPTTTHPPKP GDGDK GLSD LDDYGANLVW FYLHETANGG KAEYKQLILY PVIINRDWPI ELDKTHQGDF GTVDDF TLN SNYTGDELSL YLQSSSTYKY DFSKSKNIIY GIWKEDANNN RCWLNYKLLT PEDYEPQ IN ATLVMCDKGD VNIITGFSLP NGGVDAGGKI KVTLRVGKKL RDKFQIKQFS QTQYLQFP E ASSADVWYIG KQIRLNTLFA KELIGKASRS LDLVLSWETQ NSRLEEAILG GAAELIDLD GANGIYFWEL FFHMPFMVSW RFNVEQRYED ANRWVKYLFN PFECEDEPAL LLGKPPYWNS RPLVDEPFK GYSLTQPSDP DAIAASDPIH YRKAVFNFLT KNIIDQGDME YRKLQPSART L ARLSYSTA SSLLGRRPDV QLTSFWQPLT LEDASYKTDS EIRAIEMQSQ PLTFEPVVHD QT MSAVDND IFMYPMNNEL RGLWDRIENR IYNLRHNLTL DGKEINMDLY DSSISPRGLM KQR YQRVVT ARNASKMNFK VPNYRFEPML NRSKSGVETL IQFGSTLLSL LERKDSLSFD AYQM IQSGD LYRFSIDLQQ QDIDINKASL EALQVSKQSA QDRYDHFKEL YDENISSTEQ KVIEL QSQA ANSLLMAQGM RTAAAALDVI PNIYGLAVGG SHWGAPLNAA AEIIMIKYQA DSSKSE SLS VSESYRRRRQ EWELQYKQAE WEVNSVEQQI NLQNMQIKAA NKRLEQVEAQ QQQAMAL LD YFSERFTNES LYTWLISQLS SLYLQAYDAV LSLCLSAEAS LLYELNLGEQ SFVGGGGW N DLYQGLMAGE TLKLALMRME RVYVEQNSRR QEITKTISLK ALLGESWPAE LNKLKQKTP INFNLEEQIF VEDYQELYQR RIKSVSVSLP MLVGPYEDVC AQLTQTSSSY STRADLKTVE NMLTKRTFA DTPHLVRSIQ PNQQISLSTG VNDSGLFMLN FDDERFLPFE GSGVDSSWRL Q FTNLKQNL DSLNDVILHV KYTAAIGSST FSQGVRKILA NINNDE |
-分子 #3: Chi1
分子 | 名称: Chi1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア) |
配列 | 文字列: MEKEEKSNLI YDKDPGYVWD NKNECEGAAE ETYQELNYEP SISADKLTWT PTRLAKTVFN TYEDDDDFN VLCYFTDWSQ YDPRIINKEI RDTGGRSADI LRLNTPDGRP FKRLIYSFGG L IGDKKYSA DGNASIAVRL GVATDPDDAI ANHKGKTIPV DPDGAVLASI ...文字列: MEKEEKSNLI YDKDPGYVWD NKNECEGAAE ETYQELNYEP SISADKLTWT PTRLAKTVFN TYEDDDDFN VLCYFTDWSQ YDPRIINKEI RDTGGRSADI LRLNTPDGRP FKRLIYSFGG L IGDKKYSA DGNASIAVRL GVATDPDDAI ANHKGKTIPV DPDGAVLASI NCGFTKWEAG DA NERYNQE KAKGLLGGFR LLHEADKELE FSLSIGGWSM SGLFSEIAKD EILRTNFVEG IKD FFQRFP MFSHLDIDWE YPGSIGAGNP NSPDDGANFA ILIQQITDAK ISNLKGISIA SSAD PAKID AANIPALMDA GVTGINLMTY DFFTLGDGKL SHHTNIYRDP SDVYSKYSID DAVTH LIDE KKVDPKAIFI GYAGYTRNAK NATITTSIPS EEALKGTYTD ANQTLGSFEY SVLEWT DII CHYMDFEKGE GRNGYKLVHD KVAKADYLYS EATKVFISLD TPRSVRDKGR YVKDKGL GG LFIWSGDQDN GILTNAAHEG LKRRIKNKVI DMTPFYLDSD EELPTYTEPA EPQCEACN I K |
-分子 #4: Chi2
分子 | 名称: Chi2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア) |
配列 | 文字列: MVNKYTYTSS KAMSDISDVI GEPLAAWDSQ VGGRVFNVIF DGKVYTNTYW VERWQVPGIG SSDGNPHNA WKFVRAATAD EINKIGNPTT ADVKPTENIP SPILVEDKYT EETYSRPDVN F KEDGSQGN LSYTATRVCA PMYNHYVGDK TKPKLSAYIT DWCQYDARLD ...文字列: MVNKYTYTSS KAMSDISDVI GEPLAAWDSQ VGGRVFNVIF DGKVYTNTYW VERWQVPGIG SSDGNPHNA WKFVRAATAD EINKIGNPTT ADVKPTENIP SPILVEDKYT EETYSRPDVN F KEDGSQGN LSYTATRVCA PMYNHYVGDK TKPKLSAYIT DWCQYDARLD GGGSKEEERG RG FDLATLM QNPATYDRLI FSFLGICGDI GNKSKKVQEV WDGWNAQAPS LGLPQIGKGH IVP LDPYGD LGTARNVGLP PESADTSIES GTFLPYYQQN RAAGLLGGLR ELQKKAHAMG HKLD LAFSI GGWSLSSYFS ALAENPDERR VFVASVVDFF VRFPMFSCVD IDWEYPGGGG DEGNI SSDK DGENYVLLIK ELRSALDSRF GYSNRKEISI ACSGVKAKLK KSNIDQLVAN GLDNIY LMS YDFFGTIWAD YIGHHTNLYS PKDPGEQELF DLSAEAAIDY LHNELGIPME KIHLGYA NY GRSAVGGDLT TRQYTKNGPA LGTMENGAPE FFDIVKNYMD AEHSLSMGKN GFVLMTDT N ADADFLFSEA KGHFISLDTP RTVKQKGEYA AKNKLGGVFS WSGDQDCGLL ANAAREGLG YVADSNQETI DMGPLYNPGK EIYLKSISEI KSK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |