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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18332 | |||||||||
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タイトル | B. subtilis ApdA-stalled ribosomal complex | |||||||||
マップデータ | Postprocessed final map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Stalling / Nascent chain / elongation arrest / regulation (規制) / RIBOSOME (リボソーム) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of rRNA processing / 核様体 / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...positive regulation of rRNA processing / 核様体 / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Amycolatopsis japonica (バクテリア) / Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Morici M / Wilson DN | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: RAPP-containing arrest peptides induce translational stalling by short circuiting the ribosomal peptidyltransferase activity. 著者: Martino Morici / Sara Gabrielli / Keigo Fujiwara / Helge Paternoga / Bertrand Beckert / Lars V Bock / Shinobu Chiba / Daniel N Wilson / 要旨: Arrest peptides containing RAPP (ArgAlaProPro) motifs have been discovered in both Gram-positive and Gram-negative bacteria, where they are thought to regulate expression of important protein ...Arrest peptides containing RAPP (ArgAlaProPro) motifs have been discovered in both Gram-positive and Gram-negative bacteria, where they are thought to regulate expression of important protein localization machinery components. Here we determine cryo-EM structures of ribosomes stalled on RAPP arrest motifs in both Bacillus subtilis and Escherichia coli. Together with molecular dynamics simulations, our structures reveal that the RAPP motifs allow full accommodation of the A-site tRNA, but prevent the subsequent peptide bond from forming. Our data support a model where the RAP in the P-site interacts and stabilizes a single hydrogen atom on the Pro-tRNA in the A-site, thereby preventing an optimal geometry for the nucleophilic attack required for peptide bond formation to occur. This mechanism to short circuit the ribosomal peptidyltransferase activity is likely to operate for the majority of other RAPP-like arrest peptides found across diverse bacterial phylogenies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18332.map.gz | 55.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18332-v30.xml emd-18332.xml | 68.9 KB 68.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_18332.png | 42.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18332.cif.gz | 13.1 KB | ||
その他 | emd_18332_additional_1.map.gz emd_18332_additional_2.map.gz emd_18332_half_map_1.map.gz emd_18332_half_map_2.map.gz | 224.9 MB 100.1 MB 225.3 MB 225.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18332 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18332 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18332.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed final map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Preprocessed map
ファイル | emd_18332_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Preprocessed map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Filtered 3D-refined map based on local resolution as...
ファイル | emd_18332_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Filtered 3D-refined map based on local resolution as calculated by Bsoft | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1
ファイル | emd_18332_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2
ファイル | emd_18332_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : B. subtilis ApdA-stalled ribosomal complex
+超分子 #1: B. subtilis ApdA-stalled ribosomal complex
+分子 #1: 50S ribosomal protein L32
+分子 #2: 50S ribosomal protein L33 1
+分子 #3: 50S ribosomal protein L34
+分子 #4: 50S ribosomal protein L35
+分子 #5: 50S ribosomal protein L36
+分子 #6: Large ribosomal subunit protein bL31-A
+分子 #9: 50S ribosomal protein L2
+分子 #10: 50S ribosomal protein L3
+分子 #11: 50S ribosomal protein L4
+分子 #12: 50S ribosomal protein L5
+分子 #13: Large ribosomal subunit protein uL6
+分子 #14: 50S ribosomal protein L13
+分子 #15: 50S ribosomal protein L14
+分子 #16: 50S ribosomal protein L15
+分子 #17: 50S ribosomal protein L16
+分子 #18: 50S ribosomal protein L17
+分子 #19: 50S ribosomal protein L18
+分子 #20: 50S ribosomal protein L19
+分子 #21: Large ribosomal subunit protein bL20
+分子 #22: 50S ribosomal protein L21
+分子 #23: 50S ribosomal protein L22
+分子 #24: Large ribosomal subunit protein uL23
+分子 #25: 50S ribosomal protein L24
+分子 #26: Large ribosomal subunit protein bL27
+分子 #27: 50S ribosomal protein L28
+分子 #28: 50S ribosomal protein L29
+分子 #29: Large ribosomal subunit protein uL30
+分子 #31: 30S ribosomal protein S5
+分子 #32: 30S ribosomal protein S11
+分子 #33: 30S ribosomal protein S12
+分子 #34: 30S ribosomal protein S15
+分子 #35: 30S ribosomal protein S17
+分子 #36: 30S ribosomal protein S20
+分子 #39: Small ribosomal subunit protein uS3
+分子 #40: Small ribosomal subunit protein uS7
+分子 #41: 30S ribosomal protein S9
+分子 #42: 30S ribosomal protein S10
+分子 #43: 30S ribosomal protein S13
+分子 #44: 30S ribosomal protein S14
+分子 #45: 30S ribosomal protein S19
+分子 #46: 30S ribosomal protein S8
+分子 #47: 30S ribosomal protein S18
+分子 #48: 30S ribosomal protein S6
+分子 #49: ApdA nascent chain
+分子 #7: 23S rRNA
+分子 #8: 5S rRNA
+分子 #30: 16S rRNA
+分子 #37: Pro-tRNA
+分子 #38: mRNA
+分子 #50: ZINC ION
+分子 #51: MAGNESIUM ION
+分子 #52: POTASSIUM ION
+分子 #53: PROLINE
+分子 #54: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 75.6 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL In silico モデル: An unpublished map from our group was initially low-pass filtered and used as model, since the biology was analogous |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 142978 |