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- EMDB-1769: Perforin Pore -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1769
タイトルPerforin Pore
マップデータcryo EM reconstruction of perforin pore with 20 fold symmetry (Related to EM entries 1772 and 1773)
試料
  • 試料: Perforin pores on liposomes
  • タンパク質・ペプチド: Perforinパーフォリン
キーワードMACPF-CDC superfamily / pore-forming proteins (膜孔形成毒素)
機能・相同性Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 28.5 Å
データ登録者Lukoyanova N / Law RHP / Voskoboinik I / Caradoc-Davies TT / Baran K / Dunstone MA / D'Angelo ME / Orlova EV / Coulibaly F / Verschoor S ...Lukoyanova N / Law RHP / Voskoboinik I / Caradoc-Davies TT / Baran K / Dunstone MA / D'Angelo ME / Orlova EV / Coulibaly F / Verschoor S / Browne KA / Ciccone A / Kuiper MJ / Bird PI / Trapani JA / Whisstock JC / Saibil HR
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: The structural basis for membrane binding and pore formation by lymphocyte perforin.
著者: Ruby H P Law / Natalya Lukoyanova / Ilia Voskoboinik / Tom T Caradoc-Davies / Katherine Baran / Michelle A Dunstone / Michael E D'Angelo / Elena V Orlova / Fasséli Coulibaly / Sandra ...著者: Ruby H P Law / Natalya Lukoyanova / Ilia Voskoboinik / Tom T Caradoc-Davies / Katherine Baran / Michelle A Dunstone / Michael E D'Angelo / Elena V Orlova / Fasséli Coulibaly / Sandra Verschoor / Kylie A Browne / Annette Ciccone / Michael J Kuiper / Phillip I Bird / Joseph A Trapani / Helen R Saibil / James C Whisstock /
要旨: Natural killer cells and cytotoxic T lymphocytes accomplish the critically important function of killing virus-infected and neoplastic cells. They do this by releasing the pore-forming protein ...Natural killer cells and cytotoxic T lymphocytes accomplish the critically important function of killing virus-infected and neoplastic cells. They do this by releasing the pore-forming protein perforin and granzyme proteases from cytoplasmic granules into the cleft formed between the abutting killer and target cell membranes. Perforin, a 67-kilodalton multidomain protein, oligomerizes to form pores that deliver the pro-apoptopic granzymes into the cytosol of the target cell. The importance of perforin is highlighted by the fatal consequences of congenital perforin deficiency, with more than 50 different perforin mutations linked to familial haemophagocytic lymphohistiocytosis (type 2 FHL). Here we elucidate the mechanism of perforin pore formation by determining the X-ray crystal structure of monomeric murine perforin, together with a cryo-electron microscopy reconstruction of the entire perforin pore. Perforin is a thin 'key-shaped' molecule, comprising an amino-terminal membrane attack complex perforin-like (MACPF)/cholesterol dependent cytolysin (CDC) domain followed by an epidermal growth factor (EGF) domain that, together with the extreme carboxy-terminal sequence, forms a central shelf-like structure. A C-terminal C2 domain mediates initial, Ca(2+)-dependent membrane binding. Most unexpectedly, however, electron microscopy reveals that the orientation of the perforin MACPF domain in the pore is inside-out relative to the subunit arrangement in CDCs. These data reveal remarkable flexibility in the mechanism of action of the conserved MACPF/CDC fold and provide new insights into how related immune defence molecules such as complement proteins assemble into pores.
履歴
登録2010年7月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年9月24日-
マップ公開2010年11月3日-
更新2010年11月16日-
現状2010年11月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1769image.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1769.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo EM reconstruction of perforin pore with 20 fold symmetry (Related to EM entries 1772 and 1773)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.2 Å/pix.
x 150 pix.
= 330. Å		2.2 Å/pix.
x 150 pix.
= 330. Å		2.2 Å/pix.
x 150 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007 / ムービー #1: 0.007
最小 - 最大-0.0255626 - 0.0517069
平均 (標準偏差)0.00199938 (±0.00765263)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 330 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.22.22.2
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z330.000330.000330.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-0.0260.0520.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Perforin pores on liposomes

全体名称: Perforin pores on liposomes
要素
  • 試料: Perforin pores on liposomes
  • タンパク質・ペプチド: Perforinパーフォリン

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超分子 #1000: Perforin pores on liposomes

超分子名称: Perforin pores on liposomes / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Pores heterogeneous in size (15-25 nm) and symmetry (18-28 subunits)
集合状態: 20-mer / Number unique components: 1

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分子 #1: Perforin

分子名称: Perforin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Perforin / コピー数: 20 / 集合状態: 20-mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列InterPro: Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.005 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 0.15M NaCl, 1mM CaCl2, 20mM Hepes
グリッド詳細: 300, 400 lacey copper grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot
手法: liposomes were applied to neg. glow discharged grids first, then protein solution was added. Grids were left inside Vitrobot equilibrated at 37C for 1-2 min for pore formaition. Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.424 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.807 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry LN2 cooled, single tilt / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000x magnification
日付2007年4月23日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 260 / 平均電子線量: 20 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Estimated with CTFFIND3, then phases flipped for each particle
最終 2次元分類クラス数: 10
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C20 (20回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic, Spider
詳細: 20-fold symmetrised reconstruction. Hand of the map has not been determined
使用した粒子像数: 59
詳細Image regions containing the pores with small surrounding areas of membrane were selected manually using EMAN-Boxer software

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3nsj

ソフトウェア名称: UCSF Chimera
詳細fitting was done manually
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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