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万見
- EMDB-1729: 70S Ribosome and Human U4U6U5 tri-snRNP Determined by Cryo-Random... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1729
タイトル70S Ribosome and Human U4U6U5 tri-snRNP Determined by Cryo-Random Conical Tilt
マップデータThis is a weighted average cryo-RCT structure of human U4U6U5 tri-snRNP.
試料
  • 試料: Human U4U6U5 tri-snRNP
  • 細胞器官・細胞要素: U4U6U5 tri-snRNP
キーワードtri-snRNP (核内低分子リボ核タンパク質) / wRCT / cryo-RCT
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Sander B / Golas MM / Luhrmann R / Stark H
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: An approach for de novo structure determination of dynamic molecular assemblies by electron cryomicroscopy.
著者: Bjoern Sander / Monika M Golas / Reinhard Lührmann / Holger Stark /
要旨: Single-particle electron cryomicroscopy is a powerful method for three-dimensional (3D) structure determination of macromolecular assemblies. Here we address the challenge of determining a 3D ...Single-particle electron cryomicroscopy is a powerful method for three-dimensional (3D) structure determination of macromolecular assemblies. Here we address the challenge of determining a 3D structure in the absence of reference models. The 3D structures are determined by alignment and weighted averaging of densities obtained by native cryo random conical tilt (RCT) reconstructions including consideration of missing data. Our weighted averaging scheme (wRCT) offers advantages for potentially heterogeneous 3D densities of low signal-to-noise ratios. Sets of aligned RCT structures can also be analyzed by multivariate statistical analysis (MSA) to provide insights into snapshots of the assemblies. The approach is used to compute 3D structures of the Escherichia coli 70S ribosome and the human U4/U6.U5 tri-snRNP under vitrified unstained cryo conditions, and to visualize by 3D MSA the L7/L12 stalk of the 70S ribosome and states of tri-snRNP. The approach thus combines de novo 3D structure determination with an analysis of compositional and conformational heterogeneity.
履歴
登録2010年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年6月11日-
マップ公開2010年6月16日-
更新2010年6月16日-
現状2010年6月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1729.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1729.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a weighted average cryo-RCT structure of human U4U6U5 tri-snRNP.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7 Å/pix.
x 80 pix.
= 560. Å		7 Å/pix.
x 80 pix.
= 560. Å		7 Å/pix.
x 80 pix.
= 560. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012 / ムービー #1: 0.012
最小 - 最大-0.107227 - 0.163595
平均 (標準偏差)0.000690125 (±0.00918173)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-40-40-40
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 560 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z777
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z560.000560.000560.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-40-40-40
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.1070.1640.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human U4U6U5 tri-snRNP

全体名称: Human U4U6U5 tri-snRNP
要素
  • 試料: Human U4U6U5 tri-snRNP
  • 細胞器官・細胞要素: U4U6U5 tri-snRNP

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超分子 #1000: Human U4U6U5 tri-snRNP

超分子名称: Human U4U6U5 tri-snRNP / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / Number unique components: 1

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超分子 #1: U4U6U5 tri-snRNP

超分子名称: U4U6U5 tri-snRNP / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: tri-snRNP / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
電子線加速電圧: 160 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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