[日本語] English
万見
- EMDB-16891: Structure of the UBE1L activating enzyme bound to ISG15 and UBE2L6 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16891
タイトルStructure of the UBE1L activating enzyme bound to ISG15 and UBE2L6
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex consisting of UBE1L, UBE2L6, and full-length ISG15.
    • 複合体: UBE2L6
    • 複合体: ISG15
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like protein ISG15
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATEアデニル酸
キーワードubiquitin-like (ユビキチン) / ISG15 / interferon-stimulated genes / antiviral (抗ウイルス薬) / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ISG15 activating enzyme activity / ISG15 transferase activity / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / positive regulation of protein oligomerization / ISG15-protein conjugation / regulation of type II interferon production / protein localization to mitochondrion / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / response to type I interferon / ユビキチン結合酵素 ...ISG15 activating enzyme activity / ISG15 transferase activity / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / positive regulation of protein oligomerization / ISG15-protein conjugation / regulation of type II interferon production / protein localization to mitochondrion / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / response to type I interferon / ユビキチン結合酵素 / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / ubiquitin conjugating enzyme activity / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of bone mineralization / ubiquitin ligase complex / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of erythrocyte differentiation / ubiquitin binding / integrin-mediated signaling pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Termination of translesion DNA synthesis / protein modification process / response to virus / modification-dependent protein catabolic process / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / PKR-mediated signaling / protein tag activity / ISG15 antiviral mechanism / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / integrin binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / defense response to virus / protein ubiquitination / defense response to bacterium / Amyloid fiber formation / 自然免疫系 / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular region / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle ...Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / : / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / ThiF/MoeB/HesA family / ユビキチン活性化酵素 / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / ユビキチン結合酵素 / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6 / Ubiquitin-like protein ISG15 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Wallace I / Kheewoong B / Prabu JR / Vollrath R / von Gronau S / Schulman BA / Swatek KN
資金援助 英国, ドイツ, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00018/10 英国
Royal SocietyRGS_R2_222185 英国
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Insights into the ISG15 transfer cascade by the UBE1L activating enzyme.
著者: Iona Wallace / Kheewoong Baek / J Rajan Prabu / Ronnald Vollrath / Susanne von Gronau / Brenda A Schulman / Kirby N Swatek /
要旨: The attachment of the ubiquitin-like protein ISG15 to substrates by specific E1-E2-E3 enzymes is a well-established signalling mechanism of the innate immune response. Here, we present a 3.45 Å ...The attachment of the ubiquitin-like protein ISG15 to substrates by specific E1-E2-E3 enzymes is a well-established signalling mechanism of the innate immune response. Here, we present a 3.45 Å cryo-EM structure of a chemically trapped UBE1L-UBE2L6 complex bound to activated ISG15. This structure reveals the details of the first steps of ISG15 recognition and UBE2L6 recruitment by UBE1L (also known as UBA7). Taking advantage of viral effector proteins from severe acute respiratory coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and influenza B virus (IBV), we validate the structure and confirm the importance of the ISG15 C-terminal ubiquitin-like domain in the adenylation reaction. Moreover, biochemical characterization of the UBE1L-ISG15 and UBE1L-UBE2L6 interactions enables the design of ISG15 and UBE2L6 mutants with altered selectively for the ISG15 and ubiquitin conjugation pathways. Together, our study helps to define the molecular basis of these interactions and the specificity determinants that ensure the fidelity of ISG15 signalling during the antiviral response.
履歴
登録2023年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月13日-
マップ公開2023年12月13日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_16891.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16891.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 288 pix.
= 245.146 Å		0.85 Å/pix.
x 288 pix.
= 245.146 Å		0.85 Å/pix.
x 288 pix.
= 245.146 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8512 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.024
最小 - 最大-0.050229788 - 0.10205519
平均 (標準偏差)0.00028231138 (±0.0026009008)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 245.1456 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_16891_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_16891_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_16891_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_16891_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Ternary complex consisting of UBE1L, UBE2L6, and full-length ISG15.

全体名称: Ternary complex consisting of UBE1L, UBE2L6, and full-length ISG15.
要素
  • 複合体: Ternary complex consisting of UBE1L, UBE2L6, and full-length ISG15.
    • 複合体: UBE2L6
    • 複合体: ISG15
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like protein ISG15
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATEアデニル酸

-
超分子 #1: Ternary complex consisting of UBE1L, UBE2L6, and full-length ISG15.

超分子名称: Ternary complex consisting of UBE1L, UBE2L6, and full-length ISG15.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #2: UBE2L6

超分子名称: UBE2L6 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #3: ISG15

超分子名称: ISG15 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7

分子名称: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 111.966234 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GSMDALDASK LLDEELYSRQ LYVLGSPAMQ RIQGARVLVS GLQGLGAEVA KNLVLMGVGS LTLHDPHPTC WSDLAAQFLL SEQDLERSR AEASQELLAQ LNRAVQVVVH TGDITEDLLL DFQVVVLTAA KLEEQLKVGT LCHKHGVCFL AADTRGLVGQ L FCDFGEDF ...文字列:
GSMDALDASK LLDEELYSRQ LYVLGSPAMQ RIQGARVLVS GLQGLGAEVA KNLVLMGVGS LTLHDPHPTC WSDLAAQFLL SEQDLERSR AEASQELLAQ LNRAVQVVVH TGDITEDLLL DFQVVVLTAA KLEEQLKVGT LCHKHGVCFL AADTRGLVGQ L FCDFGEDF TVQDPTEAEP LTAAIQHISQ GSPGILTLRK GANTHYFRDG DLVTFSGIEG MVELNDCDPR SIHVREDGSL EI GDTTTFS RYLRGGAITE VKRPKTVRHK SLDTALLQPH VVAQSSQEVH HAHCLHQAFC ALHKFQHLHG RPPQPWDPVD AET VVGLAR DLEPLKRTEE EPLEEPLDEA LVRTVALSSA GVLSPMVAML GAVAAQEVLK AISRKFMPLD QWLYFDALDC LPED GELLP SPEDCALRGS RYDGQIAVFG AGFQEKLRRQ HYLLVGAGAI GCELLKVFAL VGLGAGNSGG LTVVDMDHIE RSNLS RQFL FRSQDVGRPK AEVAAAAARG LNPDLQVIPL TYPLDPTTEH IYGDNFFSRV DGVAAALDSF QARRYVAARC THYLKP LLE AGTSGTWGSA TVFMPHVTEA YRAPASAAAS EDAPYPVCTV RYFPSTAEHT LQWARHEFEE LFRLSAETIN HHQQAHT SL ADMDEPQTLT LLKPVLGVLR VRPQNWQDCV AWALGHWKLC FHYGIKQLLR HFPPNKVLED GTPFWSGPKQ CPQPLEFD T NQDTHLLYVL AAANLYAQMH GLPGSQDWTA LRELLKLLPQ PDPQQMAPIF ASNLELASAS AEFGPEQQKE LNKALEVWS VGPPLKPLMF EKDDDSNFHV DFVVAAASLR CQNYGIPPVN RAQSKRIVGQ IIPAIATTTA AVAGLLGLEL YKVVSGPRPR SAFRHSYLH LAENYLIRYM PFAPAIQTFH HLKWTSWDRL KVPAGQPERT LESLLAHLQE QHGLRVRILL HGSALLYAAG W SPEKQAQH LPLRVTELVQ QLTGQAPAPG QRVLVLELSC EGDDEDTAFP PLHYEL

UniProtKB: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7

-
分子 #2: Ubiquitin-like protein ISG15

分子名称: Ubiquitin-like protein ISG15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.147637 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGWDLTVKML AGNEFQVSLS SSMSVSELKA QITQKIGVHA FQQRLAVHPS GVALQDRVPL ASQGLGPGST VLLVVDKSDE PLSILVRNN KGRSSTYEVR LTQTVAHLKQ QVSGLEGVQD DLFWLTFEGK PLEDQLPLGE YGLKPLSTVF MNLRLRGG

UniProtKB: Ubiquitin-like protein ISG15

-
分子 #3: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6

分子名称: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ユビキチン結合酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.912719 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GPMMASMRVV KELEDLQKKP PPYLRNLSSD DANVLVWHAL LLPDQPPYHL KAFNLRISFP PEYPFKPPMI KFTTKIYHPN VDENGQICL PIISSENWKP STKTSQVLEA LNVLVNRPNI REPLRMDLAD LLTQNPELFR KNAEEFTLRF GVDRPS

UniProtKB: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6

-
分子 #4: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: AMP
分子量理論値: 347.221 Da
Chemical component information

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / AMP*YM / アデニル酸

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3581364
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る