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万見
- PDB-8oif: Structure of the UBE1L activating enzyme bound to ISG15 and UBE2L6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oif
タイトルStructure of the UBE1L activating enzyme bound to ISG15 and UBE2L6
要素
  • Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7
  • Ubiquitin-like protein ISG15
  • Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / ubiquitin-like / ISG15 / interferon-stimulated genes / antiviral
機能・相同性
機能・相同性情報


ISG15 activating enzyme activity / ISG15 transferase activity / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / positive regulation of protein oligomerization / ISG15-protein conjugation / regulation of type II interferon production / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / protein localization to mitochondrion / response to type I interferon / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...ISG15 activating enzyme activity / ISG15 transferase activity / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / positive regulation of protein oligomerization / ISG15-protein conjugation / regulation of type II interferon production / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / protein localization to mitochondrion / response to type I interferon / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / negative regulation of viral genome replication / RSV-host interactions / ubiquitin conjugating enzyme activity / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of bone mineralization / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of erythrocyte differentiation / ubiquitin binding / integrin-mediated signaling pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Termination of translesion DNA synthesis / protein modification process / PKR-mediated signaling / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / response to virus / modification-dependent protein catabolic process / ISG15 antiviral mechanism / protein tag activity / positive regulation of type II interferon production / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Interferon alpha/beta signaling / integrin binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / defense response to virus / protein ubiquitination / defense response to bacterium / Amyloid fiber formation / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle ...Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / : / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / : / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6 / Ubiquitin-like protein ISG15 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Wallace, I. / Kheewoong, B. / Prabu, J.R. / Vollrath, R. / von Gronau, S. / Schulman, B.A. / Swatek, K.N.
資金援助 英国, ドイツ, European Union, 4件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00018/10 英国
Royal SocietyRGS_R2_222185 英国
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Insights into the ISG15 transfer cascade by the UBE1L activating enzyme.
著者: Iona Wallace / Kheewoong Baek / J Rajan Prabu / Ronnald Vollrath / Susanne von Gronau / Brenda A Schulman / Kirby N Swatek /
要旨: The attachment of the ubiquitin-like protein ISG15 to substrates by specific E1-E2-E3 enzymes is a well-established signalling mechanism of the innate immune response. Here, we present a 3.45 Å ...The attachment of the ubiquitin-like protein ISG15 to substrates by specific E1-E2-E3 enzymes is a well-established signalling mechanism of the innate immune response. Here, we present a 3.45 Å cryo-EM structure of a chemically trapped UBE1L-UBE2L6 complex bound to activated ISG15. This structure reveals the details of the first steps of ISG15 recognition and UBE2L6 recruitment by UBE1L (also known as UBA7). Taking advantage of viral effector proteins from severe acute respiratory coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and influenza B virus (IBV), we validate the structure and confirm the importance of the ISG15 C-terminal ubiquitin-like domain in the adenylation reaction. Moreover, biochemical characterization of the UBE1L-ISG15 and UBE1L-UBE2L6 interactions enables the design of ISG15 and UBE2L6 mutants with altered selectively for the ISG15 and ubiquitin conjugation pathways. Together, our study helps to define the molecular basis of these interactions and the specificity determinants that ensure the fidelity of ISG15 signalling during the antiviral response.
履歴
登録2023年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7
I: Ubiquitin-like protein ISG15
L: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,3744
ポリマ－147,0273
非ポリマー3471
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, In addition to gel filtration, the stoichiometry of the complex was confirmed by reducing the E1-E2 disulfide linkage and analysing the sample by SDS-PAGE.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area43890 Å2

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7 / Ubiquitin-activating enzyme 7 / D8 / Ubiquitin-activating enzyme E1 homolog


分子量: 111966.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA7, UBE1L, UBE2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P41226
#2: タンパク質 Ubiquitin-like protein ISG15 / Interferon-induced 15 kDa protein / Interferon-induced 17 kDa protein / IP17 / Ubiquitin cross- ...Interferon-induced 15 kDa protein / Interferon-induced 17 kDa protein / IP17 / Ubiquitin cross-reactive protein / hUCRP


分子量: 17147.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ISG15, G1P2, UCRP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05161
#3: タンパク質 Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme L6 / Retinoic acid-induced gene B protein / RIG-B / UbcH8 / ...E2 ubiquitin-conjugating enzyme L6 / Retinoic acid-induced gene B protein / RIG-B / UbcH8 / Ubiquitin carrier protein L6 / Ubiquitin-protein ligase L6


分子量: 17912.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2L6, UBCH8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14933, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Ternary complex consisting of UBE1L, UBE2L6, and full-length ISG15.COMPLEX#1-#30RECOMBINANT
2UBE2L6COMPLEX1RECOMBINANT
3ISG15COMPLEX1RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
32Escherichia coli (大腸菌)562
43Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3581364 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0026753
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5749287
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.033990
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381135
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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