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- EMDB-16007: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16007
タイトルCryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CIII membrane domain)
マップデータ
試料
  • 複合体: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CIII membrane domain)
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 11種
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / 液胞 / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / 色素体 / respiratory electron transport chain / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding ...respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / 液胞 / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / 色素体 / respiratory electron transport chain / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / ミトコンドリア内膜 / electron transfer activity / heme binding / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain ...Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / シトクロムb / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
シトクロムb / Cytochrome b-c1 complex subunit 6-1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske-1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / Cytochrome c1 2, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8-1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / thale cress (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Klusch N / Kuehlbrandt W
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the respiratory I + III supercomplex from Arabidopsis thaliana at 2 Å resolution.
著者: Niklas Klusch / Maximilian Dreimann / Jennifer Senkler / Nils Rugen / Werner Kühlbrandt / Hans-Peter Braun /
要旨: Protein complexes of the mitochondrial respiratory chain assemble into respiratory supercomplexes. Here we present the high-resolution electron cryo-microscopy structure of the Arabidopsis ...Protein complexes of the mitochondrial respiratory chain assemble into respiratory supercomplexes. Here we present the high-resolution electron cryo-microscopy structure of the Arabidopsis respiratory supercomplex consisting of complex I and a complex III dimer, with a total of 68 protein subunits and numerous bound cofactors. A complex I-ferredoxin, subunit B14.7 and P9, a newly defined subunit of plant complex I, mediate supercomplex formation. The component complexes stabilize one another, enabling new detailed insights into their structure. We describe (1) an interrupted aqueous passage for proton translocation in the membrane arm of complex I; (2) a new coenzyme A within the carbonic anhydrase module of plant complex I defining a second catalytic centre; and (3) the water structure at the proton exit pathway of complex III with a co-purified ubiquinone in the Q site. We propose that the main role of the plant supercomplex is to stabilize its components in the membrane.
履歴
登録2022年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2023年2月1日-
現状2023年2月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16007.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16007.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 68.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.573 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-3.6454554 - 10.97669
平均 (標準偏差)1.10598766e-13 (±0.28790298)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin337198214
サイズ285249254
Spacing254285249
セルA: 145.542 Å / B: 163.30501 Å / C: 142.677 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_16007_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16007_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16007_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CIII memb...

全体名称: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CIII membrane domain)
要素
  • 複合体: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CIII membrane domain)
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bシトクロムb
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske-1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1 2, heme protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8-1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6-1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14,18-PENTAENYL)-[1,4]BENZOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINEホスファチジルエタノールアミン
  • リガンド: UBIQUINONE-7ユビキノン
  • リガンド: 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CIII memb...

超分子名称: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CIII membrane domain)
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 44.310609 KDa
配列文字列: MTIRNQRFSL LKQPISSTLN QHLVDYPTPS NLSYWWGFGS LAGICLVIQI VTGVFLAMHY TPHVDLAFNS VEHIMRDVEG GWLLRYMHA NGASMFFIVV YLHIFRGLYY ASYSSPREFV WCLGVVIFLL MIVTAFIGYV LPWGQMSFWG ATVITSLASA I PVVGDTIV ...文字列:
MTIRNQRFSL LKQPISSTLN QHLVDYPTPS NLSYWWGFGS LAGICLVIQI VTGVFLAMHY TPHVDLAFNS VEHIMRDVEG GWLLRYMHA NGASMFFIVV YLHIFRGLYY ASYSSPREFV WCLGVVIFLL MIVTAFIGYV LPWGQMSFWG ATVITSLASA I PVVGDTIV TWLWGGFSVD NATLNRFFSL HYLLPFILVG ASLLHLAALH QYGSNNPLGV HSEMDKIAFY PYFYVKDLVG WV AFAIFFS IWIFYAPNVL GHPDNYIPAN PMSTPPHIVP EWYFLPIYAI LRSIPDKAGG VAAIALVFIC LLALPFFKSM YVR SSSFRP IYQGMFWLLL ADCLLLGWIG CQPVEAPFVT IGQISSLVFF LFFAITPILG RVGRGIPNSY TDETDHT

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分子 #2: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske-1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske-1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 29.645584 KDa
配列文字列: MLRVAGRRLF SVSQRSSTAT SFVVSRDHTL SDGGGDSSSA PRSLPSADLS SYHRSLIRGF SSQVLAQGNE IGFGSEVPAT VEAVKTPNS KIVYDDHNHE RYPPGDPSKR AFAYFVLSGG RFVYASVLRL LVLKLIVSMS ASKDVLALAS LEVDLGSIEP G TTVTVKWR ...文字列:
MLRVAGRRLF SVSQRSSTAT SFVVSRDHTL SDGGGDSSSA PRSLPSADLS SYHRSLIRGF SSQVLAQGNE IGFGSEVPAT VEAVKTPNS KIVYDDHNHE RYPPGDPSKR AFAYFVLSGG RFVYASVLRL LVLKLIVSMS ASKDVLALAS LEVDLGSIEP G TTVTVKWR GKPVFIRRRT EDDIKLANSV DVGSLRDPQE DSVRVKNPEW LVVVGVCTHL GCIPLPNAGD YGGWFCPCHG SH YDISGRI RKGPAPYNLE VPTYSFLEEN KLLIG

+
分子 #3: Cytochrome c1 2, heme protein, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c1 2, heme protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 33.728238 KDa
配列文字列: MVGGGVIRQL LRRKLHSQSV ATPVLSWLSS KKANEDAGSA GLRAFALMGA GITGLLSFST VASADEAEHG LECPNYPWPH EGILSSYDH ASIRRGHQVY QQVCASCHSM SLISYRDLVG VAYTEEEAKA MAAEIEVVDG PNDEGEMFTR PGKLSDRLPE P YSNESAAR ...文字列:
MVGGGVIRQL LRRKLHSQSV ATPVLSWLSS KKANEDAGSA GLRAFALMGA GITGLLSFST VASADEAEHG LECPNYPWPH EGILSSYDH ASIRRGHQVY QQVCASCHSM SLISYRDLVG VAYTEEEAKA MAAEIEVVDG PNDEGEMFTR PGKLSDRLPE P YSNESAAR FANGGAYPPD LSLVTKARHN GQNYVFALLT GYRDPPAGIS IREGLHYNPY FPGGAIAMPK MLNDEAVEYE DG TPATEAQ MGKDVVSFLS WAAEPEMEER KLMGFKWIFL LSLALLQAAY YRRLKWSVLK SRKLVLDVVN

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分子 #4: Cytochrome b-c1 complex subunit 8-1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8-1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 8.517977 KDa
配列文字列:
MGKQPVKLKA VVYALSPFQQ KIMTGLWKDL PEKIHHKVSE NWISATLLVT PVVGTYWYAQ YFKEQEKLEH RF

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit 6-1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6-1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 7.997315 KDa
配列文字列:
MADDEVVDPK KYLEESCKPK CVKPLLEYQA CVKRIQGDDS GHKHCTGQYF DYWQCIDKCV APKLFAKLK

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 8.461634 KDa
配列文字列:
MEYAARRNQK GAFEGFYKLI MRRNSVYVTF IIAGAFFGER AVDYGVHKLW ERNNVGKRYE DISVLGQRPV EE

+
分子 #7: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 5.980947 KDa
配列文字列:
MAGTSGLLNA VKPKIQTIDI QAAAGWGIAA AAGAIWVVQP FGWIKKTFID PPPTEEK

+
分子 #8: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 6 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

+
分子 #9: 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14...

分子名称: 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14,18-PENTAENYL)-[1,4]BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: UQ5
分子量理論値: 522.758 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ5:
2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14,18-PENTAENYL)-[1,4]BENZOQUINONE / ユビキノン5

+
分子 #10: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 6 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸 / ホスファチジン酸

+
分子 #11: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: PGT
分子量理論値: 751.023 Da
Chemical component information

ChemComp-PGT:
(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #12: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 7 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM / Cardiolipin

+
分子 #13: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5...

分子名称: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 5 / 式: PC7
分子量理論値: 763.1 Da
Chemical component information

ChemComp-PC7:
(7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / リン脂質*YM / ホスファチジルコリン

+
分子 #14: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #15: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 3 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

+
分子 #16: UBIQUINONE-7

分子名称: UBIQUINONE-7 / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: UQ7
分子量理論値: 658.992 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ7:
UBIQUINONE-7 / 3-メチル-5,6-ジメトキシ-2-(3,7,11,15,19,23,27-ヘプタメチル-2,6,10,14,18,2(以下略)

+
分子 #17: 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl...

分子名称: 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside
タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: Q7G
分子量理論値: 1.165315 KDa
Chemical component information

ChemComp-Q7G:
2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside

+
分子 #18: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 744 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.18 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 215000
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 1215138
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

11878

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用した粒子像数: 213993
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: Coot (ver. 0.9.5)
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8bel:
Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CIII membrane domain)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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