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万見
- EMDB-1534: EcoKI type I RM methyltransferase with DNA mimic Ocr. Negative st... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1534
タイトルEcoKI type I RM methyltransferase with DNA mimic Ocr. Negative stain 3D.
マップデータNegative stain EM reconstruction of M.EcoKI-Ocr (Two different models submitted to PDB: 2Y7C, 2Y7H)
試料
  • 試料: E. coli M.EcoKI (M2S1) bound to dimeric ocr from T7 phage
  • タンパク質・ペプチド: HsdS
  • タンパク質・ペプチド: HsdM
  • タンパク質・ペプチド: 0.3 gene
キーワードEcoKI / methyltransferase / type I restriction / Ocr / HsdS / HsdM / T7
機能・相同性
機能・相同性情報


type I site-specific deoxyribonuclease complex / protein binding / symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response ...type I site-specific deoxyribonuclease complex / protein binding / symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
B-form DNA mimic Ocr / DNA mimic ocr / Protein Ocr / Protein Ocr / : / Type I restriction modification DNA specificity domain superfamily / Type I restriction modification DNA specificity domain / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / Type I restriction enzyme EcoKI-like, methylase subunit, N-terminal domain superfamily / HsdM N-terminal domain ...B-form DNA mimic Ocr / DNA mimic ocr / Protein Ocr / Protein Ocr / : / Type I restriction modification DNA specificity domain superfamily / Type I restriction modification DNA specificity domain / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / Type I restriction enzyme EcoKI-like, methylase subunit, N-terminal domain superfamily / HsdM N-terminal domain / Type I restriction modification DNA specificity domain / Type I restriction modification DNA specificity domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Ocr / Type I restriction enzyme EcoKI specificity subunit / Type I restriction enzyme EcoKI methylase subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Kennaway CK / Obarska-Kosinska A / White JH / Tuszynska I / Cooper LP / Bujnicki JM / Trinick J / Dryden DTF
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2009
タイトル: The structure of M.EcoKI Type I DNA methyltransferase with a DNA mimic antirestriction protein.
著者: Christopher K Kennaway / Agnieszka Obarska-Kosinska / John H White / Irina Tuszynska / Laurie P Cooper / Janusz M Bujnicki / John Trinick / David T F Dryden /
要旨: Type-I DNA restriction-modification (R/M) systems are important agents in limiting the transmission of mobile genetic elements responsible for spreading bacterial resistance to antibiotics. EcoKI, a ...Type-I DNA restriction-modification (R/M) systems are important agents in limiting the transmission of mobile genetic elements responsible for spreading bacterial resistance to antibiotics. EcoKI, a Type I R/M enzyme from Escherichia coli, acts by methylation- and sequence-specific recognition, leading to either methylation of DNA or translocation and cutting at a random site, often hundreds of base pairs away. Consisting of one specificity subunit, two modification subunits, and two DNA translocase/endonuclease subunits, EcoKI is inhibited by the T7 phage antirestriction protein ocr, a DNA mimic. We present a 3D density map generated by negative-stain electron microscopy and single particle analysis of the central core of the restriction complex, the M.EcoKI M(2)S(1) methyltransferase, bound to ocr. We also present complete atomic models of M.EcoKI in complex with ocr and its cognate DNA giving a clear picture of the overall clamp-like operation of the enzyme. The model is consistent with a large body of experimental data on EcoKI published over 40 years.
履歴
登録2008年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年7月8日-
マップ公開2009年4月1日-
更新2011年2月4日-
現状2011年2月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2y7c
  • 表面レベル: 4.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2y7h
  • 表面レベル: 4.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1534.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1534.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 422.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM reconstruction of M.EcoKI-Ocr (Two different models submitted to PDB: 2Y7C, 2Y7H)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.125 Å
密度
表面レベル登録者による: 6.41 / ムービー #1: 4.05
最小 - 最大-3.13662 - 13.363099999999999
平均 (標準偏差)-0.104744 (±2.51747)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-24-24-24
サイズ484848
Spacing484848
セルA=B=C: 150 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.1253.1253.125
M x/y/z484848
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z150.000150.000150.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-75-75-74
NX/NY/NZ150150150
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-24-24-24
NC/NR/NS484848
D min/max/mean-3.13713.363-0.105

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E. coli M.EcoKI (M2S1) bound to dimeric ocr from T7 phage

全体名称: E. coli M.EcoKI (M2S1) bound to dimeric ocr from T7 phage
要素
  • 試料: E. coli M.EcoKI (M2S1) bound to dimeric ocr from T7 phage
  • タンパク質・ペプチド: HsdS
  • タンパク質・ペプチド: HsdM
  • タンパク質・ペプチド: 0.3 gene

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超分子 #1000: E. coli M.EcoKI (M2S1) bound to dimeric ocr from T7 phage

超分子名称: E. coli M.EcoKI (M2S1) bound to dimeric ocr from T7 phage
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: stained with 1pc uranyl acetate / 集合状態: HsdS-(HsdM)2-(ocr)2 / Number unique components: 5
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: HsdS

分子名称: HsdS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: EcoKI specificity subunit / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 細胞中の位置: Cytoplasmic
分子量理論値: 51.4 KDa
配列GO: protein binding
InterPro: Type I restriction modification DNA specificity domain

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分子 #2: HsdM

分子名称: HsdM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: EcoKI methylase subunit / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 59.3 KDa
配列GO: protein binding / InterPro: DNA methylase, adenine-specific

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分子 #3: 0.3 gene

分子名称: 0.3 gene / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: ocr, 0.3 gene, from T7 phage / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: phage T7
分子量理論値: 13.8 KDa
配列InterPro: Protein Ocr

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.050 mg/mL
緩衝液pH: 4.7 / 詳細: 20mM Tris-Cl, 100 mM NaCl,
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Protein was adsorbed onto UV treated carbon for 2 mins, blotted, then 1% uranyl acetate solution was applied for 1 min then blotted, twice.
グリッド詳細: 400 mesh copper
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡JEOL 1200EX
温度平均: 294 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Corrected at 80,000x
詳細Customised JEOL 1200 EX microscope, low dose mode.
日付2008年2月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.25 µm / 実像数: 12 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 14
電子線加速電圧: 80 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.87 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.275 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry / 試料ホルダーモデル: OTHER

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電子顕微鏡法 #2

Microscopy ID2
顕微鏡JEOL 1200EX
温度平均: 294 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Corrected at 80,000x
詳細Customised JEOL 1200 EX microscope, low dose mode.
日付2008年2月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.25 µm / 実像数: 12 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 14
電子線加速電圧: 80 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.87 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.275 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

詳細The particles were selected using boxer in autobox mode.
CTF補正詳細: Filtered at 1st zero
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, IMAGIC
詳細: Final map calculated from combined datasets taken at 50,000x and 40,000.
使用した粒子像数: 17807
最終 角度割当詳細: EMAN
最終 2次元分類クラス数: 600

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1s7z


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Situs
詳細Protocol: Rigid body. atomic model of whole complex (M2,S1,ocr2) fitted as single rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-2y7c:
Atomic model of the Ocr-bound methylase complex from the Type I restriction-modification enzyme EcoKI (M2S1). Based on fitting into EM map 1534.

PDB-2y7h:
Atomic model of the DNA-bound methylase complex from the Type I restriction-modification enzyme EcoKI (M2S1). Based on fitting into EM map 1534.

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1yf2


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Situs
詳細Protocol: Rigid body. HsdS homology model based on 1yf2 used. Atomic model of whole complex (M2,S1,ocr2) fitted as single rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-2y7c:
Atomic model of the Ocr-bound methylase complex from the Type I restriction-modification enzyme EcoKI (M2S1). Based on fitting into EM map 1534.

PDB-2y7h:
Atomic model of the DNA-bound methylase complex from the Type I restriction-modification enzyme EcoKI (M2S1). Based on fitting into EM map 1534.

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

2ar0


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G / Chain - #7 - Chain ID: H
ソフトウェア名称: Situs
詳細Protocol: Rigid body. Modified version of hsdM pdb used with alternative chain trace. Atomic model of whole complex (M2,S1,ocr2) fitted as single rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-2y7c:
Atomic model of the Ocr-bound methylase complex from the Type I restriction-modification enzyme EcoKI (M2S1). Based on fitting into EM map 1534.

PDB-2y7h:
Atomic model of the DNA-bound methylase complex from the Type I restriction-modification enzyme EcoKI (M2S1). Based on fitting into EM map 1534.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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