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万見
- EMDB-1524: Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome and EF4(LepA)... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1524
タイトルComplex of elongating Escherichia coli 70S ribosome and EF4(LepA)-GMPPNP
マップデータComplex of elongating Escherichia coli 70S ribosome and EF4(LepA)-GMPPNP
試料
  • 試料: Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome (2tRNAs) and EF4(LepA)-GMPPNP
  • 複合体: 70S ribosomeリボソーム
  • タンパク質・ペプチド: EF4(LepA)
  • RNA: A-tRNA
  • RNA: P-tRNA
キーワードribosome (リボソーム) / translation (翻訳 (生物学)) / LepA / EF4
機能・相同性
機能・相同性情報


: / response to pH / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / ribosomal small subunit binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / translation elongation factor activity ...: / response to pH / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / ribosomal small subunit binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / translation elongation factor activity / translational termination / response to salt stress / response to cold / positive regulation of RNA splicing / positive regulation of translation / maintenance of translational fidelity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Elongation factor 4 / GTP-binding protein LepA, C-terminal / Elongation factor 4, domain IV / LepA, C-terminal domain superfamily / GTP-binding protein LepA C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. ...Elongation factor 4 / GTP-binding protein LepA, C-terminal / Elongation factor 4, domain IV / LepA, C-terminal domain superfamily / GTP-binding protein LepA C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Small GTP-binding protein domain / Ribosomal protein S12 signature. / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Elongation factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.9 Å
データ登録者Connell SR / Topf M / Qin Y / Wilson DN / Mielke T / Fucini P / Nierhaus KH / Spahn CMT
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2008
タイトル: A new tRNA intermediate revealed on the ribosome during EF4-mediated back-translocation.
著者: Sean R Connell / Maya Topf / Yan Qin / Daniel N Wilson / Thorsten Mielke / Paola Fucini / Knud H Nierhaus / Christian M T Spahn /
要旨: EF4 (LepA) is an almost universally conserved translational GTPase in eubacteria. It seems to be essential under environmental stress conditions and has previously been shown to back-translocate the ...EF4 (LepA) is an almost universally conserved translational GTPase in eubacteria. It seems to be essential under environmental stress conditions and has previously been shown to back-translocate the tRNAs on the ribosome, thereby reverting the canonical translocation reaction. In the current work, EF4 was directly visualized in the process of back-translocating tRNAs by single-particle cryo-EM. Using flexible fitting methods, we built a model of ribosome-bound EF4 based on the cryo-EM map and a recently published unbound EF4 X-ray structure. The cryo-EM map establishes EF4 as a noncanonical elongation factor that interacts not only with the elongating ribosome, but also with the back-translocated tRNA in the A-site region, which is present in a previously unseen, intermediate state and deviates markedly from the position of a canonical A-tRNA. Our results, therefore, provide insight into the underlying structural principles governing back-translocation.
履歴
登録2008年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年6月10日-
マップ公開2009年4月1日-
更新2014年4月16日-
現状2014年4月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3deg
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3deg
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

source_400_1...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1524.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome and EF4(LepA)-GMPPNP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
2.52 Å/pix.
x 150 pix.
= 378. Å		2.52 Å/pix.
x 150 pix.
= 378. Å		2.52 Å/pix.
x 150 pix.
= 378. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.52 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-5.05751 - 11.5594
平均 (標準偏差)0.00000000080912 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-75-75-74
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 378 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.522.522.52
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z378.000378.000378.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-75-75-74
NX/NY/NZ150150150
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-75-75-74
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-5.05811.5590.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome (2tRNAs) and ...

全体名称: Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome (2tRNAs) and EF4(LepA)-GMPPNP
要素
  • 試料: Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome (2tRNAs) and EF4(LepA)-GMPPNP
  • 複合体: 70S ribosomeリボソーム
  • タンパク質・ペプチド: EF4(LepA)
  • RNA: A-tRNA
  • RNA: P-tRNA

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超分子 #1000: Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome (2tRNAs) and ...

超分子名称: Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome (2tRNAs) and EF4(LepA)-GMPPNP
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 4
分子量理論値: 2.6 MDa

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超分子 #1: 70S ribosome

超分子名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 70S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: EF4(LepA)

分子名称: EF4(LepA) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET14b

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分子 #2: A-tRNA

分子名称: A-tRNA / タイプ: rna / ID: 2 / Name.synonym: A-tRNA / 分類: TRANSFER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #3: P-tRNA

分子名称: P-tRNA / タイプ: rna / ID: 3 / Name.synonym: P-tRNA / 分類: TRANSFER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液詳細: 20 mM HEPES-KOH (pH 7.6), 4.5 mM Mg(CH3COO)2, 150 mM NH4CH3COO, 4 mM B-mercaptoethanol, 2 mM spermidine, and 0.05 mM spermine
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: vitrobot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.7 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Defocus groups
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: spider / 使用した粒子像数: 41294

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2i2p
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: SITUS
詳細Protocol: Rigid Body. the subunit was fitted using situs
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3deg:
Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome and EF4(LepA)-GMPPNP

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2i2t
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: SITUS
詳細Protocol: Rigid Body. the subunit was fitted using situs
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3deg:
Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome and EF4(LepA)-GMPPNP

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

3cb4

ソフトウェア名称: Mod-EM and Flex-EM
詳細Protocol: Rigid Body and flexible fitting. the protein was first rigidly fit with Mod-EM and then flexibly fit with Flex-EM
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation
得られたモデル

PDB-3deg:
Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome and EF4(LepA)-GMPPNP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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