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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1511 | |||||||||
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タイトル | COPII coat | |||||||||
マップデータ | This is a reconstruction of a COPII coat comprised of Sec13-31 and Sec23-24. | |||||||||
試料 |
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キーワード | vesicle trafficking / COPII / icosidodecahedron / secretory pathway / endoplasmic reticulum / automation | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 43.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Stagg SM / LaPointe P / Razvi A / Gurkan C / Potter CS / Carragher B / Balch WE | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2008 タイトル: Structural basis for cargo regulation of COPII coat assembly. 著者: Scott M Stagg / Paul LaPointe / Abbas Razvi / Cemal Gürkan / Clinton S Potter / Bridget Carragher / William E Balch / 要旨: Using cryo-electron microscopy, we have solved the structure of an icosidodecahedral COPII coat involved in cargo export from the endoplasmic reticulum (ER) coassembled from purified cargo adaptor ...Using cryo-electron microscopy, we have solved the structure of an icosidodecahedral COPII coat involved in cargo export from the endoplasmic reticulum (ER) coassembled from purified cargo adaptor Sec23-24 and Sec13-31 lattice-forming complexes. The coat structure shows a tetrameric assembly of the Sec23-24 adaptor layer that is well positioned beneath the vertices and edges of the Sec13-31 lattice. Fitting the known crystal structures of the COPII proteins into the density map reveals a flexible hinge region stemming from interactions between WD40 beta-propeller domains present in Sec13 and Sec31 at the vertices. The structure shows that the hinge region can direct geometric cage expansion to accommodate a wide range of bulky cargo, including procollagen and chylomicrons, that is sensitive to adaptor function in inherited disease. The COPII coat structure leads us to propose a mechanism by which cargo drives cage assembly and membrane curvature for budding from the ER. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1511.map.gz | 13.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1511-v30.xml emd-1511.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1511.gif | 48.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1511 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1511 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1511_validation.pdf.gz | 217.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1511_full_validation.pdf.gz | 216.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1511_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1511 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1511 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1511.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is a reconstruction of a COPII coat comprised of Sec13-31 and Sec23-24. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Sec13/31 bound to Sec23/24
全体 | 名称: Sec13/31 bound to Sec23/24 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Sec13/31 bound to Sec23/24
超分子 | 名称: Sec13/31 bound to Sec23/24 / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: 60 Sec13-31 heterotetramers bound to 120 Sec23-24 heterodimers Number unique components: 4 |
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分子量 | 理論値: 44.8 MDa |
-超分子 #1: COPII coat
超分子 | 名称: COPII coat / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Sec13-31 and Sec23-24 / 組換発現: Yes |
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Ref GO | 0: GO:0006888 |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: cytosol |
分子量 | 実験値: 44.8 MDa / 理論値: 44.8 MDa |
組換発現 | 生物種: Insect cells / 組換プラスミド: bacmid |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 / 詳細: 50 mM MES pH 6.8, 700 mM KOAc, 1 mM MgOAc, 1 mM DTT |
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グリッド | 詳細: 400 mesh grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 98 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: vitrobot / 手法: blot for 3 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 平均: 88 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: astigmatism corrected automatically with Leginon. |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 29000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最小 デフォーカス(公称値): 10.0 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Data was automatically collected using Leginon. Data was processed automatically with Appion. Particles were picked manually. |
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CTF補正 | 詳細: each particle |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 43.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 詳細: Final map was lowpass filtered to 43 angstroms / 使用した粒子像数: 12120 |
最終 2次元分類 | クラス数: 212 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Normal mode-based flexible fitting (nmff) and chimera |
詳細 | Protocol: normal modes flexible fitting and rigid body. A bend was modeled into Sec13-31 using the program nmff. Sec13-31 and Sec23-24 were separately fitted into the cryoEM density using the program Chimera. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: nmff and chimera |
詳細 | Protocol: normal modes flexible fitting and rigid body. A bend was modeled into Sec13-31 using the program nmff. Sec13-31 and Sec23-24 were separately fitted into the cryoEM density using the program Chimera. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
-原子モデル構築 3
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: nmff and chimera |
詳細 | Protocol: normal modes flexible fitting and rigid body. A bend was modeled into Sec13-31 using the program nmff. Sec13-31 and Sec23-24 were separately fitted into the cryoEM density using the program Chimera. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |