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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13958 | |||||||||
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タイトル | Structure of the SmrB-bound E. coli disome - collided 70S ribosome | |||||||||
マップデータ | disome map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex ...stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / endonuclease activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Vibrio alginolyticus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Kratzat H / Buschauer R / Berninghausen O / Beckmann R | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Ribosome collisions induce mRNA cleavage and ribosome rescue in bacteria. 著者: Kazuki Saito / Hanna Kratzat / Annabelle Campbell / Robert Buschauer / A Maxwell Burroughs / Otto Berninghausen / L Aravind / Rachel Green / Roland Beckmann / Allen R Buskirk / 要旨: Ribosome rescue pathways recycle stalled ribosomes and target problematic mRNAs and aborted proteins for degradation. In bacteria, it remains unclear how rescue pathways distinguish ribosomes stalled ...Ribosome rescue pathways recycle stalled ribosomes and target problematic mRNAs and aborted proteins for degradation. In bacteria, it remains unclear how rescue pathways distinguish ribosomes stalled in the middle of a transcript from actively translating ribosomes. Here, using a genetic screen in Escherichia coli, we discovered a new rescue factor that has endonuclease activity. SmrB cleaves mRNAs upstream of stalled ribosomes, allowing the ribosome rescue factor tmRNA (which acts on truncated mRNAs) to rescue upstream ribosomes. SmrB is recruited to ribosomes and is activated by collisions. Cryo-electron microscopy structures of collided disomes from E. coli and Bacillus subtilis show distinct and conserved arrangements of individual ribosomes and the composite SmrB-binding site. These findings reveal the underlying mechanisms by which ribosome collisions trigger ribosome rescue in bacteria. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13958.map.gz | 406.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13958-v30.xml emd-13958.xml | 71.1 KB 71.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13958.png | 68.9 KB | ||
その他 | emd_13958_additional_1.map.gz emd_13958_additional_2.map.gz | 16.3 MB 170 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13958 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13958 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13958.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | disome map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.412 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: local resolution filtered map masked for the 30S...
ファイル | emd_13958_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | local resolution filtered map masked for the 30S subunit of the collided ribosome | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: map after focused refinement on 30S subunit of the collided ribosome
ファイル | emd_13958_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | map after focused refinement on 30S subunit of the collided ribosome | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : collided ribosome of the SmrB-bound disome structure
+超分子 #1: collided ribosome of the SmrB-bound disome structure
+分子 #1: 5S rRNA
+分子 #30: 23S rRNA
+分子 #34: P-site tRNA
+分子 #35: mRNA
+分子 #36: 16S rRNA
+分子 #58: A-site tRNA
+分子 #2: 50S ribosomal protein L2
+分子 #3: 50S ribosomal protein L3
+分子 #4: 50S ribosomal protein L4
+分子 #5: 50S ribosomal protein L5
+分子 #6: 50S ribosomal protein L6
+分子 #7: 50S ribosomal protein L11
+分子 #8: 50S ribosomal protein L13
+分子 #9: 50S ribosomal protein L14
+分子 #10: 50S ribosomal protein L15
+分子 #11: 50S ribosomal protein L16
+分子 #12: 50S ribosomal protein L17
+分子 #13: 50S ribosomal protein L18
+分子 #14: 50S ribosomal protein L19
+分子 #15: 50S ribosomal protein L20
+分子 #16: 50S ribosomal protein L21
+分子 #17: 50S ribosomal protein L22
+分子 #18: 50S ribosomal protein L23
+分子 #19: 50S ribosomal protein L24
+分子 #20: 50S ribosomal protein L25
+分子 #21: 50S ribosomal protein L27
+分子 #22: 50S ribosomal protein L28
+分子 #23: 50S ribosomal protein L29
+分子 #24: 50S ribosomal protein L30
+分子 #25: 50S ribosomal protein L32
+分子 #26: 50S ribosomal protein L33
+分子 #27: 50S ribosomal protein L34
+分子 #28: 50S ribosomal protein L35
+分子 #29: 50S ribosomal protein L36
+分子 #31: 50S ribosomal protein L31
+分子 #32: 50S ribosomal protein L1
+分子 #33: 50S ribosomal protein L9
+分子 #37: 30S ribosomal protein S2
+分子 #38: 30S ribosomal protein S3
+分子 #39: 30S ribosomal protein S4
+分子 #40: 30S ribosomal protein S5
+分子 #41: 30S ribosomal protein S6, non-modified isoform
+分子 #42: 30S ribosomal protein S7
+分子 #43: 30S ribosomal protein S8
+分子 #44: 30S ribosomal protein S9
+分子 #45: 30S ribosomal protein S10
+分子 #46: 30S ribosomal protein S11
+分子 #47: 30S ribosomal protein S12
+分子 #48: 30S ribosomal protein S13
+分子 #49: 30S ribosomal protein S14
+分子 #50: 30S ribosomal protein S15
+分子 #51: 30S ribosomal protein S16
+分子 #52: 30S ribosomal protein S17
+分子 #53: 30S ribosomal protein S18
+分子 #54: 30S ribosomal protein S19
+分子 #55: 30S ribosomal protein S20
+分子 #56: 30S ribosomal protein S21
+分子 #57: 30S ribosomal protein S1
+分子 #59: UPF0115 protein YfcN
+分子 #60: MAGNESIUM ION
+分子 #61: POTASSIUM ION
+分子 #62: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 42.4 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 詳細: 5NWY 6WD1 (bL9, L1 stalk) 3L0U (tRNA) |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 32412 |