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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13706 | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusG (NusG-EC in more-swiveled conformation) | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex ...transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / 運動性 / DNA-templated transcription termination / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / リボソーム生合成 / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhu C / Guo X / Weixlbaumer A | ||||||||||||
資金援助 | フランス, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Transcription factors modulate RNA polymerase conformational equilibrium. 著者: Chengjin Zhu / Xieyang Guo / Philippe Dumas / Maria Takacs / Mo'men Abdelkareem / Arnaud Vanden Broeck / Charlotte Saint-André / Gabor Papai / Corinne Crucifix / Julio Ortiz / Albert Weixlbaumer / 要旨: RNA polymerase (RNAP) frequently pauses during the transcription of DNA to RNA to regulate gene expression. Transcription factors NusA and NusG modulate pausing, have opposing roles, but can bind ...RNA polymerase (RNAP) frequently pauses during the transcription of DNA to RNA to regulate gene expression. Transcription factors NusA and NusG modulate pausing, have opposing roles, but can bind RNAP simultaneously. Here we report cryo-EM reconstructions of Escherichia coli RNAP bound to NusG, or NusA, or both. RNAP conformational changes, referred to as swivelling, correlate with transcriptional pausing. NusA facilitates RNAP swivelling to further increase pausing, while NusG counteracts this role. Their structural effects are consistent with biochemical results on two categories of transcriptional pauses. In addition, the structures suggest a cooperative mechanism of NusA and NusG during Rho-mediated transcription termination. Our results provide a structural rationale for the stochastic nature of pausing and termination and how NusA and NusG can modulate it. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13706.map.gz | 75.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13706-v30.xml emd-13706.xml | 24.1 KB 24.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13706.png | 124.7 KB | ||
その他 | emd_13706_additional_1.map.gz emd_13706_additional_2.map.gz | 41.8 MB 79.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13706 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13706 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7py0MC 7py1C 7py3C 7py5C 7py6C 7py7C 7py8C 7pyjC 7pykC 7q0jC 7q0kC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13706.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_13706_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_13706_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : NusG elongation complex in more-swiveled conformation
+超分子 #1: NusG elongation complex in more-swiveled conformation
+分子 #1: ntDNA
+分子 #2: tDNA
+分子 #3: RNA
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #8: Transcription termination/antitermination protein NusG
+分子 #9: MAGNESIUM ION
+分子 #10: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 63095 |