+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1366 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Locking and unlocking of ribosomal motions. | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of E.coli 70S ribosome | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosome disassembly / endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / translational elongation / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / translation elongation factor activity / GDP binding / ribosome binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome ...ribosome disassembly / endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / translational elongation / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / translation elongation factor activity / GDP binding / ribosome binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Mikel V / Andrey Z / Sengupta J / Rawat U / Ehrenberg M / Frank J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2003 タイトル: Locking and unlocking of ribosomal motions. 著者: Mikel Valle / Andrey Zavialov / Jayati Sengupta / Urmila Rawat / Måns Ehrenberg / Joachim Frank / 要旨: During the ribosomal translocation, the binding of elongation factor G (EF-G) to the pretranslocational ribosome leads to a ratchet-like rotation of the 30S subunit relative to the 50S subunit in the ...During the ribosomal translocation, the binding of elongation factor G (EF-G) to the pretranslocational ribosome leads to a ratchet-like rotation of the 30S subunit relative to the 50S subunit in the direction of the mRNA movement. By means of cryo-electron microscopy we observe that this rotation is accompanied by a 20 A movement of the L1 stalk of the 50S subunit, implying that this region is involved in the translocation of deacylated tRNAs from the P to the E site. These ribosomal motions can occur only when the P-site tRNA is deacylated. Prior to peptidyl-transfer to the A-site tRNA or peptide removal, the presence of the charged P-site tRNA locks the ribosome and prohibits both of these motions. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1366.map.gz | 7.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1366-v30.xml emd-1366.xml | 9.4 KB 9.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1366.gif | 61.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1366 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1366 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1366_validation.pdf.gz | 246.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_1366_full_validation.pdf.gz | 245.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1366_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1366 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1366 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1366.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryo-EM map of E.coli 70S ribosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : EF-G bound Release Complex in the presence of Puromycin and GTP
全体 | 名称: EF-G bound Release Complex in the presence of Puromycin and GTP |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: EF-G bound Release Complex in the presence of Puromycin and GTP
超分子 | 名称: EF-G bound Release Complex in the presence of Puromycin and GTP タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 4 |
---|
-超分子 #1: Release Complex
超分子 | 名称: Release Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 詳細: mRNA, tRNA / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 |
-分子 #1: Puromycin
分子 | 名称: Puromycin / タイプ: ligand / ID: 1 / 詳細: Antibiotic / 組換発現: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
Chemical component information | ChemComp-PUY: |
-分子 #2: EF-G
分子 | 名称: EF-G / タイプ: ligand / ID: 2 / 組換発現: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 |
-分子 #3: GTP
分子 | 名称: GTP / タイプ: ligand / ID: 3 / 組換発現: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 詳細: Rapid-freezing in liquid ethane |
---|
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
---|---|
温度 | 平均: 93 K |
アライメント法 | Legacy - Electron beam tilt params: 0 |
日付 | 2003年7月11日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダー: cryo transfer / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: CTF correctionn of 3D map |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER, package / 使用した粒子像数: 1 |