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- EMDB-12644: Structure of the fungal plasma membrane proton pump Pma1 in its a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12644
タイトルStructure of the fungal plasma membrane proton pump Pma1 in its auto-inhibited state - hexameric assembly
マップデータ
試料
  • 複合体: Hexameric assembly of the fungal plasma membrane proton pump in its auto-inhibited state
    • タンパク質・ペプチド: Plasma membrane ATPase
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM IONカリウム
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type H+-exporting transporter / proton export across plasma membrane / P-type proton-exporting transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
P-type ATPase, subfamily IIIA / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase ...P-type ATPase, subfamily IIIA / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasma membrane ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (アカパンカビ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Heit S / Geurts MMG / Murphy BJ / Corey R / Mills DJ / Kuehlbrandt W / Bublitz M
資金援助 英国, 5件
OrganizationGrant number国
Other privateThe Academy of Medical Sciences 英国
Other privateFEBS 英国
Other privateEPA Cephalosporin Fund (CF 346) 英国
Other privateErasmus+ 英国
Other privateBiochemical Society 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structure of the hexameric fungal plasma membrane proton pump in its autoinhibited state.
著者: Sabine Heit / Maxwell M G Geurts / Bonnie J Murphy / Robin A Corey / Deryck J Mills / Werner Kühlbrandt / Maike Bublitz /
要旨: The fungal plasma membrane H-ATPase Pma1 is a vital enzyme, generating a proton-motive force that drives the import of essential nutrients. Autoinhibited Pma1 hexamers in the plasma membrane of ...The fungal plasma membrane H-ATPase Pma1 is a vital enzyme, generating a proton-motive force that drives the import of essential nutrients. Autoinhibited Pma1 hexamers in the plasma membrane of starving fungi are activated by glucose signaling and subsequent phosphorylation of the autoinhibitory domain. As related P-type adenosine triphosphatases (ATPases) are not known to oligomerize, the physiological relevance of Pma1 hexamers remained unknown. We have determined the structure of hexameric Pma1 from by electron cryo-microscopy at 3.3-Å resolution, elucidating the molecular basis for hexamer formation and autoinhibition and providing a basis for structure-based drug development. Coarse-grained molecular dynamics simulations in a lipid bilayer suggest lipid-mediated contacts between monomers and a substantial protein-induced membrane deformation that could act as a proton-attracting funnel.
履歴
登録2021年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月17日-
マップ公開2021年11月17日-
更新2021年12月1日-
現状2021年12月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ny1
  • 表面レベル: 0.18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12644.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12644.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.837 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.18 / ムービー #1: 0.18
最小 - 最大-0.0017578702 - 1.9093826
平均 (標準偏差)0.0024646712 (±0.034767818)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 318.06 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8370.8370.837
M x/y/z380380380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z318.060318.060318.060
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS380380380
D min/max/mean-0.0021.9090.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12644_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_12644_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_12644_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hexameric assembly of the fungal plasma membrane proton pump in i...

全体名称: Hexameric assembly of the fungal plasma membrane proton pump in its auto-inhibited state
要素
  • 複合体: Hexameric assembly of the fungal plasma membrane proton pump in its auto-inhibited state
    • タンパク質・ペプチド: Plasma membrane ATPase
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM IONカリウム

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超分子 #1: Hexameric assembly of the fungal plasma membrane proton pump in i...

超分子名称: Hexameric assembly of the fungal plasma membrane proton pump in its auto-inhibited state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Neurospora crassa (アカパンカビ) / 株: FGSC #4761

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分子 #1: Plasma membrane ATPase

分子名称: Plasma membrane ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type H+-exporting transporter
由来(天然)生物種: Neurospora crassa (アカパンカビ)
分子量理論値: 99.984359 KDa
配列文字列: MADHSASGAP ALSTNIESGK FDEKAAEAAA YQPKPKVEDD EDEDIDALIE DLESHDGHDA EEEEEEATPG GGRVVPEDML QTDTRVGLT SEEVVQRRRK YGLNQMKEEK ENHFLKFLGF FVGPIQFVME GAAVLAAGLE DWVDFGVICG LLLLNAVVGF V QEFQAGSI ...文字列:
MADHSASGAP ALSTNIESGK FDEKAAEAAA YQPKPKVEDD EDEDIDALIE DLESHDGHDA EEEEEEATPG GGRVVPEDML QTDTRVGLT SEEVVQRRRK YGLNQMKEEK ENHFLKFLGF FVGPIQFVME GAAVLAAGLE DWVDFGVICG LLLLNAVVGF V QEFQAGSI VDELKKTLAL KAVVLRDGTL KEIEAPEVVP GDILQVEEGT IIPADGRIVT DDAFLQVDQS ALTGESLAVD KH KGDQVFA SSAVKRGEAF VVITATGDNT FVGRAAALVN AASGGSGHFT EVLNGIGTIL LILVIFTLLI VWVSSFYRSN PIV QILEFT LAITIIGVPV GLPAVVTTTM AVGAAYLAKK KAIVQKLSAI ESLAGVEILC SDKTGTLTKN KLSLHDPYTV AGVD PEDLM LTACLAASRK KKGIDAIDKA FLKSLKYYPR AKSVLSKYKV LQFHPFDPVS KKVVAVVESP QGERITCVKG APLFV LKTV EEDHPIPEEV DQAYKNKVAE FATRGFRSLG VARKRGEGSW EILGIMPCMD PPRHDTYKTV CEAKTLGLSI KMLTGD AVG IARETSRQLG LGTNIYNAER LGLGGGGDMP GSEVYDFVEA ADGFAEVFPQ HKYNVVEILQ QRGYLVAMTG DGVNDAP SL KKADTGIAVE GSSDAARSAA DIVFLAPGLG AIIDALKTSR QIFHRMYAYV VYRIALSIHL EIFLGLWIAI LNRSLNIE L VVFIAIFADV ATLAIAYDNA PYSQTPVKWN LPKLWGMSVL LGVVLAVGTW ITVTTMYAQG ENGGIVQNFG NMDEVLFLQ ISLTENWLIF ITRANGPFWS SIPSWQLSGA IFLVDILATC FTIWGWFEHS DTSIVAVVRI WIFSFGIFCI MGGVYYILQD SVGFDNLMH GKSPKGNQKQ RSLEDFVVSL QRVSTQHEKS Q

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分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 59511
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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