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- EMDB-12580: Cryo electron tomogram of Shigella flexneri drfaC mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12580
タイトルCryo electron tomogram of Shigella flexneri drfaC mutant
マップデータ
試料
  • 細胞: Shigella flexneri drfaC mutant
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Lobato-Marquez D / Xu J / Ojiakor A / Pilhofer M / Mostowy S
資金援助European Union, スイス, 5件
OrganizationGrant number国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionH2020-MSCA-IF-2016-752022European Union
European Research Council (ERC)772853-ENTRAPMENTEuropean Union
Wellcome Trust206444/Z/17/ZEuropean Union
European Research Council (ERC)679209European Union
Swiss National Science Foundation31003A_179255 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Mechanistic insight into bacterial entrapment by septin cage reconstitution.
著者: Damián Lobato-Márquez / Jingwei Xu / Gizem Özbaykal Güler / Adaobi Ojiakor / Martin Pilhofer / Serge Mostowy /
要旨: Septins are cytoskeletal proteins that assemble into hetero-oligomeric complexes and sense micron-scale membrane curvature. During infection with Shigella flexneri, an invasive enteropathogen, ...Septins are cytoskeletal proteins that assemble into hetero-oligomeric complexes and sense micron-scale membrane curvature. During infection with Shigella flexneri, an invasive enteropathogen, septins restrict actin tail formation by entrapping bacteria in cage-like structures. Here, we reconstitute septin cages in vitro using purified recombinant septin complexes (SEPT2-SEPT6-SEPT7), and study how these recognize bacterial cells and assemble on their surface. We show that septin complexes recognize the pole of growing Shigella cells. An amphipathic helix domain in human SEPT6 enables septins to sense positively curved membranes and entrap bacterial cells. Shigella strains lacking lipopolysaccharide components are more efficiently entrapped in septin cages. Finally, cryo-electron tomography of in vitro cages reveals how septins assemble as filaments on the bacterial cell surface.
履歴
登録2021年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月30日-
マップ公開2021年6月30日-
更新2022年1月26日-
現状2022年1月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_12580.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12580.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.74 Å
密度
最小 - 最大-526.6144 - 648.06006
平均 (標準偏差)-3.1281093e-09 (±44.029892)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ14401024500
Spacing10241440500
セルA: 10997.76 Å / B: 15465.6 Å / C: 5370.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z10.7410.7410.74
M x/y/z10241440500
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z10997.76015465.6005370.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS10241440500
D min/max/mean-526.614648.060-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Shigella flexneri drfaC mutant

全体名称: Shigella flexneri drfaC mutant
要素
  • 細胞: Shigella flexneri drfaC mutant

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超分子 #1: Shigella flexneri drfaC mutant

超分子名称: Shigella flexneri drfaC mutant / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: cytodiagnostics / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.1 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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