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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1212 | |||||||||
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タイトル | Hrr25-dependent phosphorylation state regulates organization of the pre-40S subunit. | |||||||||
マップデータ | map of 40S ribosome | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 32.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Schafer T / Maco B / Petfalski E / Tollervey D / Bottcher B / Aebi U / Hurt E | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2006 タイトル: Hrr25-dependent phosphorylation state regulates organization of the pre-40S subunit. 著者: Thorsten Schäfer / Bohumil Maco / Elisabeth Petfalski / David Tollervey / Bettina Böttcher / Ueli Aebi / Ed Hurt / 要旨: The formation of eukaryotic ribosomes is a multistep process that takes place successively in the nucleolar, nucleoplasmic and cytoplasmic compartments. Along this pathway, multiple pre-ribosomal ...The formation of eukaryotic ribosomes is a multistep process that takes place successively in the nucleolar, nucleoplasmic and cytoplasmic compartments. Along this pathway, multiple pre-ribosomal particles are generated, which transiently associate with numerous non-ribosomal factors before mature 60S and 40S subunits are formed. However, most mechanistic details of ribosome biogenesis are still unknown. Here we identify a maturation step of the yeast pre-40S subunit that is regulated by the protein kinase Hrr25 and involves ribosomal protein Rps3. A high salt concentration releases Rps3 from isolated pre-40S particles but not from mature 40S subunits. Electron microscopy indicates that pre-40S particles lack a structural landmark present in mature 40S subunits, the 'beak'. The beak is formed by the protrusion of 18S ribosomal RNA helix 33, which is in close vicinity to Rps3. Two protein kinases Hrr25 and Rio2 are associated with pre-40S particles. Hrr25 phosphorylates Rps3 and the 40S synthesis factor Enp1. Phosphorylated Rsp3 and Enp1 readily dissociate from the pre-ribosome, whereas subsequent dephosphorylation induces formation of the beak structure and salt-resistant integration of Rps3 into the 40S subunit. In vivo depletion of Hrr25 inhibits growth and leads to the accumulation of immature 40S subunits that contain unstably bound Rps3. We conclude that the kinase activity of Hrr25 regulates the maturation of 40S ribosomal subunits. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1212.map.gz | 1.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1212-v30.xml emd-1212.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1212.gif | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1212 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1212 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1212_validation.pdf.gz | 188.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1212_full_validation.pdf.gz | 187.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1212_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1212 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1212 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1212.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | map of 40S ribosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.72 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 40S Ribosome
全体 | 名称: 40S Ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: 40S Ribosome
超分子 | 名称: 40S Ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: sample was purified from S. cervisiae / 集合状態: monomer / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: 40S-ribosome
超分子 | 名称: 40S-ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: SSU 40S |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50mM Tris-HCl, 100mM NaCl, 10mM MgCl2, 0.5mM DTT |
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グリッド | 詳細: 400 mesh copper rhodium grids (Maxtaform) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Vitrification instrument: Plunger with environmental chamber 手法: Blot for 15 s with Whatman No 1 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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温度 | 平均: 94 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: bjective lens astigmatism was corrected at |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 69 / ビット/ピクセル: 12 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |