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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11568 | ||||||||||||
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タイトル | human 40S ribosomal subunit (control)リボソーム | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lenarcic T / Boehringer D / Leppek K / Quade N / Fujii K / Susanto TT / Xue S / Genuth NR / Barna M / Ban N | ||||||||||||
資金援助 | 米国, スイス, 3件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020 タイトル: Gene- and Species-Specific Hox mRNA Translation by Ribosome Expansion Segments. 著者: Kathrin Leppek / Kotaro Fujii / Nick Quade / Teodorus Theo Susanto / Daniel Boehringer / Tea Lenarčič / Shifeng Xue / Naomi R Genuth / Nenad Ban / Maria Barna / 要旨: Ribosomes have been suggested to directly control gene regulation, but regulatory roles for ribosomal RNA (rRNA) remain largely unexplored. Expansion segments (ESs) consist of multitudes of tentacle- ...Ribosomes have been suggested to directly control gene regulation, but regulatory roles for ribosomal RNA (rRNA) remain largely unexplored. Expansion segments (ESs) consist of multitudes of tentacle-like rRNA structures extending from the core ribosome in eukaryotes. ESs are remarkably variable in sequence and size across eukaryotic evolution with largely unknown functions. In characterizing ribosome binding to a regulatory element within a Homeobox (Hox) 5' UTR, we identify a modular stem-loop within this element that binds to a single ES, ES9S. Engineering chimeric, "humanized" yeast ribosomes for ES9S reveals that an evolutionary change in the sequence of ES9S endows species-specific binding of Hoxa9 mRNA to the ribosome. Genome editing to site-specifically disrupt the Hoxa9-ES9S interaction demonstrates the functional importance for such selective mRNA-rRNA binding in translation control. Together, these studies unravel unexpected gene regulation directly mediated by rRNA and how ribosome evolution drives translation of critical developmental regulators. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11568.map.gz | 18.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11568-v30.xml emd-11568.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11568_fsc.xml | 14.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11568.png | 27.4 KB | ||
マスクデータ | emd_11568_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_11568_half_map_1.map.gz emd_11568_half_map_2.map.gz | 195.1 MB 195.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11568 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11568 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11568.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.376 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11568_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11568_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11568_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human 40S ribosomal subunit
全体 | 名称: human 40S ribosomal subunitリボソーム |
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要素 |
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-超分子 #1: human 40S ribosomal subunit
超分子 | 名称: human 40S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: The same 40S ribosomal subunit preparation was used for preparing the Hoxa9 IRES P4 stem-loop - 40S ribosomal subunit complex. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293-6E cells |
分子量 | 理論値: 1.3 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 76.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |