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- EMDB-1133: The structure of the poliovirus 135S cell entry intermediate at 1... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1133
タイトルThe structure of the poliovirus 135S cell entry intermediate at 10-angstrom resolution reveals the location of an externalized polypeptide that binds to membranes.
マップデータ
試料Poliovirus 135S particle:
virusウイルス
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression by virus of host translation initiation factor activity / suppression by virus of host MDA-5 activity / suppression by virus of host RIG-I activity / picornain 2A / pore-mediated entry of viral genome into host cell / suppression by virus of host mRNA export from nucleus / suppression by virus of host MAVS activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane ...suppression by virus of host translation initiation factor activity / suppression by virus of host MDA-5 activity / suppression by virus of host RIG-I activity / picornain 2A / pore-mediated entry of viral genome into host cell / suppression by virus of host mRNA export from nucleus / suppression by virus of host MAVS activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / RNA-protein covalent cross-linking / positive stranded viral RNA replication / integral to membrane of host cell / pore formation by virus in membrane of host cell / virion assembly / カプシド / protein complex oligomerization / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / ion channel activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / RNA helicase activity / transcription, DNA-templated / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / 生体膜 / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus 2B protein / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus 2B protein / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / Peptidase S1, PA clan / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・ホモロジー
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.6 Å
データ登録者Bubeck D / Filman DJ / Cheng N / Steven AC / Hogle JM / Belnap DM
引用ジャーナル: J Virol / : 2005
タイトル: The structure of the poliovirus 135S cell entry intermediate at 10-angstrom resolution reveals the location of an externalized polypeptide that binds to membranes.
著者: Doryen Bubeck / David J Filman / Naiqian Cheng / Alasdair C Steven / James M Hogle / David M Belnap /
要旨: Poliovirus provides a well-characterized system for understanding how nonenveloped viruses enter and infect cells. Upon binding its receptor, poliovirus undergoes an irreversible conformational ...Poliovirus provides a well-characterized system for understanding how nonenveloped viruses enter and infect cells. Upon binding its receptor, poliovirus undergoes an irreversible conformational change to the 135S cell entry intermediate. This transition involves shifts of the capsid protein beta barrels, accompanied by the externalization of VP4 and the N terminus of VP1. Both polypeptides associate with membranes and are postulated to facilitate entry by forming a translocation pore for the viral RNA. We have calculated cryo-electron microscopic reconstructions of 135S particles that permit accurate placement of the beta barrels, loops, and terminal extensions of the capsid proteins. The reconstructions and resulting models indicate that each N terminus of VP1 exits the capsid though an opening in the interface between VP1 and VP3 at the base of the canyon that surrounds the fivefold axis. Comparison with reconstructions of 135S particles in which the first 31 residues of VP1 were proteolytically removed revealed that the externalized N terminus is located near the tips of propeller-like features surrounding the threefold axes rather than at the fivefold axes, as had been proposed in previous models. These observations have forced a reexamination of current models for the role of the 135S particle in transmembrane pore formation and suggest testable alternatives.
履歴
登録2004年11月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年6月2日-
マップ公開2005年6月7日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 126.630486854
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 126.630486854
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-1xyr
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1133.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.82 Å/pix.
x 197 pix.
= 357.752 Å
1.82 Å/pix.
x 197 pix.
= 357.752 Å
1.82 Å/pix.
x 197 pix.
= 357.752 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.816 Å
密度
表面レベルPrimary: 140.0 / ムービー #1: 126.6304869
最小 - 最大-60.023899999999998 - 211.299000000000007
平均 (標準偏差)30.1783 (±53.703400000000002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-98-98-98
Dimensions197197197
Spacing197197197
セルA=B=C: 357.752 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.8161.8161.816
M x/y/z197197197
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z357.752357.752357.752
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-90-90-190
NX/NY/NZ180180380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-98-98-98
NC/NR/NS197197197
D min/max/mean-60.024211.29930.178

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Poliovirus 135S particle

全体名称: Poliovirus 135S particle
詳細: Sedimentation coefficient = 135S. Poliovirus 135S particle produced by heating 160S particles at 50 deg. C for 3 minutes.
オリゴマーの状態: icosahedrally ordered capsid, 60 copies of VP1, VP2, VP3
構成要素数: 1

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構成要素 #1: ウイルス, Human poliovirus 1 Mahoney

ウイルス名称: Human poliovirus 1 Mahoney / 別称: poliovirusポリオウイルス / クラス: VIRION / 詳細: 135S particle / 中空か: No / エンベロープを持つか: No / 単離: STRAIN
生物種生物種: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
由来(天然)宿主: Homo sapiens (ヒト) / 宿主のカテゴリ: VERTEBRATES
殻 #1要素名: capsid / 直径: 339 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液緩衝液: 20 mM Tris, 2 mM CaCl2 / pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 手法: Blotted manually before plunging
詳細: Vitrification carried out in ambient atmosphere. Ethane cooled by liquid nitrogen.

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電子顕微鏡撮影

撮影顕微鏡: FEI/PHILIPS CM200FEG
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射量: 10 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 38000 X (nominal), 38500 X (calibrated) / Cs: 2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
モデル: GATAN LIQUID NITROGEN
カメラ検出器: KODAK SO-163 FILM

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 6 / Scanner: ZEISS SCAI / サンプリングサイズ: 7 µm / ビット深度: 8
詳細: Defocal pairs were used. Here, corresponding particle images from each micrograph are counted as one. Three focal pairs were scanned.

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 8224
詳細: Poliovirus 135S particle produced by heating 160S particles at 50 deg. C for 3 minutes.
想定した対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成アルゴリズム: Fourier Bessel / ソフトウェア: EM3DR2 / CTF補正: CTF and decay correction of each particle / 解像度: 9.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.333
オイラー角: Determined via PFT2 using both amplitude and phase information to determine best view. Focal pairs summed for orientation determination only.
詳細: Reconstructed computed from focal pairs. Pairs not summed for reconstruction calculaton.

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原子モデル構築

モデリング #1精密化のプロトコル: rigid body / 精密化に使用した空間: RECIPROCAL
詳細: Protocol: rigid body. see paper for details of the model fitting
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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