+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11279 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA, A/A tRNA and P/P tRNA | |||||||||
マップデータ | Combined map of five local-masked refined maps with sharpening and local-resolution filtering. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | mitochondrion / translation / closed nascent-polypeptide tunnel / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial ribosome binding / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial transcription / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / mitochondrial ribosome assembly / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination ...mitochondrial ribosome binding / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial transcription / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / mitochondrial ribosome assembly / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation initiation / negative regulation of mitotic nuclear division / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / anatomical structure morphogenesis / RNA processing / rescue of stalled ribosome / cellular response to leukemia inhibitory factor / Mitochondrial protein degradation / apoptotic signaling pathway / fibrillar center / cell junction / double-stranded RNA binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / nuclear membrane / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / endonuclease activity / cell population proliferation / tRNA binding / nuclear body / rRNA binding / negative regulation of translation / mitochondrial inner membrane / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / translation / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / nucleotide binding / synapse / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / GTP binding / apoptotic process / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å | |||||||||
データ登録者 | Itoh Y / Andrell J | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Mechanism of membrane-tethered mitochondrial protein synthesis. 著者: Yuzuru Itoh / Juni Andréll / Austin Choi / Uwe Richter / Priyanka Maiti / Robert B Best / Antoni Barrientos / Brendan J Battersby / Alexey Amunts / 要旨: Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are tethered to the mitochondrial inner membrane to facilitate the cotranslational membrane insertion of the synthesized proteins. We report cryo-electron ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are tethered to the mitochondrial inner membrane to facilitate the cotranslational membrane insertion of the synthesized proteins. We report cryo-electron microscopy structures of human mitoribosomes with nascent polypeptide, bound to the insertase oxidase assembly 1-like (OXA1L) through three distinct contact sites. OXA1L binding is correlated with a series of conformational changes in the mitoribosomal large subunit that catalyze the delivery of newly synthesized polypeptides. The mechanism relies on the folding of mL45 inside the exit tunnel, forming two specific constriction sites that would limit helix formation of the nascent chain. A gap is formed between the exit and the membrane, making the newly synthesized proteins accessible. Our data elucidate the basis by which mitoribosomes interact with the OXA1L insertase to couple protein synthesis and membrane delivery. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11279.map.gz | 339.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-11279-v30.xml emd-11279.xml | 130.4 KB 130.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11279_fsc.xml | 19.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11279.png | 81 KB | ||
マスクデータ | emd_11279_msk_1.map | 600.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-11279.cif.gz | 23.5 KB | ||
その他 | emd_11279_additional_1.map.gz emd_11279_half_map_1.map.gz emd_11279_half_map_2.map.gz | 557.7 MB 486.5 MB 486.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11279 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11279 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11279_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_11279_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11279_validation.xml.gz | 27.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11279_validation.cif.gz | 36.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11279 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11279 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11279.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Combined map of five local-masked refined maps with sharpening and local-resolution filtering. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11279_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Combined map of five local-masked refined maps without sharpening.
ファイル | emd_11279_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Combined map of five local-masked refined maps without sharpening. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Local-masked refined map using the mask covering the LSU-core.
ファイル | emd_11279_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Local-masked refined map using the mask covering the LSU-core. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Local-masked refined map using the mask covering the LSU-core.
ファイル | emd_11279_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Local-masked refined map using the mask covering the LSU-core. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Ribosome with mRNA and tRNAs
+超分子 #1: Ribosome with mRNA and tRNAs
+超分子 #2: Large subunit of ribosome
+超分子 #3: Small subunit of ribosome
+分子 #1: 16S mitochondrial rRNA
+分子 #2: mitochondrial tRNAVal
+分子 #54: 12S mitochondrial rRNA
+分子 #85: A-site tRNA
+分子 #86: P-site tRNA
+分子 #87: mRNA
+分子 #3: 39S ribosomal protein L2, mitochondrial
+分子 #4: 39S ribosomal protein L3, mitochondrial
+分子 #5: 39S ribosomal protein L4, mitochondrial
+分子 #6: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
+分子 #7: 39S ribosomal protein L10, mitochondrial
+分子 #8: 39S ribosomal protein L11, mitochondrial
+分子 #9: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial
+分子 #10: 39S ribosomal protein L14, mitochondrial
+分子 #11: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
+分子 #12: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial
+分子 #13: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial
+分子 #14: 39S ribosomal protein L18, mitochondrial
+分子 #15: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
+分子 #16: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial
+分子 #17: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial
+分子 #18: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial
+分子 #19: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial
+分子 #20: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial
+分子 #21: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial
+分子 #22: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial
+分子 #23: 39S ribosomal protein L47, mitochondrial
+分子 #24: 39S ribosomal protein L30, mitochondrial
+分子 #25: 39S ribosomal protein L32, mitochondrial
+分子 #26: 39S ribosomal protein L33, mitochondrial
+分子 #27: 39S ribosomal protein L34, mitochondrial
+分子 #28: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial
+分子 #29: 39S ribosomal protein L36, mitochondrial
+分子 #30: 39S ribosomal protein L37, mitochondrial
+分子 #31: 39S ribosomal protein L38, mitochondrial
+分子 #32: 39S ribosomal protein L39, mitochondrial
+分子 #33: 39S ribosomal protein L40, mitochondrial
+分子 #34: 39S ribosomal protein L41, mitochondrial
+分子 #35: 39S ribosomal protein L42, mitochondrial
+分子 #36: 39S ribosomal protein L43, mitochondrial
+分子 #37: 39S ribosomal protein L44, mitochondrial
+分子 #38: 39S ribosomal protein L45, mitochondrial
+分子 #39: 39S ribosomal protein L46, mitochondrial
+分子 #40: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial
+分子 #41: 39S ribosomal protein L49, mitochondrial
+分子 #42: 39S ribosomal protein L50, mitochondrial
+分子 #43: 39S ribosomal protein L51, mitochondrial
+分子 #44: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial
+分子 #45: 39S ribosomal protein L53, mitochondrial
+分子 #46: 39S ribosomal protein L54, mitochondrial
+分子 #47: 39S ribosomal protein L55, mitochondrial
+分子 #48: Ribosomal protein 63, mitochondrial
+分子 #49: Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
+分子 #50: Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
+分子 #51: 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial
+分子 #52: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial
+分子 #53: 39S ribosomal protein L12, mitochondrial
+分子 #55: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial
+分子 #56: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial
+分子 #57: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial
+分子 #58: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial
+分子 #59: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial
+分子 #60: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial
+分子 #61: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial
+分子 #62: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial
+分子 #63: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial
+分子 #64: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial
+分子 #65: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial
+分子 #66: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
+分子 #67: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial
+分子 #68: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
+分子 #69: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial
+分子 #70: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial
+分子 #71: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial
+分子 #72: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial
+分子 #73: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial
+分子 #74: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial
+分子 #75: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial
+分子 #76: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial
+分子 #77: 28S ribosomal protein S29, mitochondrial
+分子 #78: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial
+分子 #79: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial
+分子 #80: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial
+分子 #81: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial
+分子 #82: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1
+分子 #83: Aurora kinase A-interacting protein
+分子 #84: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
+分子 #88: MAGNESIUM ION
+分子 #89: POTASSIUM ION
+分子 #90: ZINC ION
+分子 #91: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
+分子 #92: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #93: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #94: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 19655 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.6 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 44 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient | ||||||||
得られたモデル | PDB-6zm6: |