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- EMDB-10863: Structure of the SARS-CoV-2 spike S1 protein in complex with CR30... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10863
タイトルStructure of the SARS-CoV-2 spike S1 protein in complex with CR3022 Fab
マップデータThe map has strongly anisotropic resolution. RBD and CR3022 Fab are fitted. The S1 N-terminal domains are not well defined and can be viewed at lower contour level, 0.345
試料
  • 複合体: Binary complex of SARS-CoV-2 spike S1 with CR3022 Fab
    • 複合体: RBD
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoproteinスパイクタンパク質
    • 複合体: Immunoblobulin heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: IgG H chain
    • 複合体: Immunoblobulin light chain
      • タンパク質・ペプチド: IgG L chain
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Huo J / Zhao Y / Ren J / Zhou D / Duyvesteyn HME / Carrique L / Malinauskas T / Ruza RR / Shah PNM / Fry EE ...Huo J / Zhao Y / Ren J / Zhou D / Duyvesteyn HME / Carrique L / Malinauskas T / Ruza RR / Shah PNM / Fry EE / Owens R / Stuart DI
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
Wellcome Trust101122/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020
タイトル: Neutralization of SARS-CoV-2 by Destruction of the Prefusion Spike.
著者: Jiandong Huo / Yuguang Zhao / Jingshan Ren / Daming Zhou / Helen M E Duyvesteyn / Helen M Ginn / Loic Carrique / Tomas Malinauskas / Reinis R Ruza / Pranav N M Shah / Tiong Kit Tan / Pramila ...著者: Jiandong Huo / Yuguang Zhao / Jingshan Ren / Daming Zhou / Helen M E Duyvesteyn / Helen M Ginn / Loic Carrique / Tomas Malinauskas / Reinis R Ruza / Pranav N M Shah / Tiong Kit Tan / Pramila Rijal / Naomi Coombes / Kevin R Bewley / Julia A Tree / Julika Radecke / Neil G Paterson / Piyada Supasa / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton / Miles Carroll / Alain Townsend / Elizabeth E Fry / Raymond J Owens / David I Stuart /
要旨: There are as yet no licensed therapeutics for the COVID-19 pandemic. The causal coronavirus (SARS-CoV-2) binds host cells via a trimeric spike whose receptor binding domain (RBD) recognizes ...There are as yet no licensed therapeutics for the COVID-19 pandemic. The causal coronavirus (SARS-CoV-2) binds host cells via a trimeric spike whose receptor binding domain (RBD) recognizes angiotensin-converting enzyme 2, initiating conformational changes that drive membrane fusion. We find that the monoclonal antibody CR3022 binds the RBD tightly, neutralizing SARS-CoV-2, and report the crystal structure at 2.4 Å of the Fab/RBD complex. Some crystals are suitable for screening for entry-blocking inhibitors. The highly conserved, structure-stabilizing CR3022 epitope is inaccessible in the prefusion spike, suggesting that CR3022 binding facilitates conversion to the fusion-incompetent post-fusion state. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) analysis confirms that incubation of spike with CR3022 Fab leads to destruction of the prefusion trimer. Presentation of this cryptic epitope in an RBD-based vaccine might advantageously focus immune responses. Binders at this epitope could be useful therapeutically, possibly in synergy with an antibody that blocks receptor attachment.
履歴
登録2020年4月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月29日-
マップ公開2020年4月29日-
更新2022年4月6日-
現状2022年4月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6yor
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6yor
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10863.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10863.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The map has strongly anisotropic resolution. RBD and CR3022 Fab are fitted. The S1 N-terminal domains are not well defined and can be viewed at lower contour level, 0.345
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.486 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-2.0657659 - 3.0164948
平均 (標準偏差)0.0012673322 (±0.02615307)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 448.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z540540540
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z448.200448.200448.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS540540540
D min/max/mean-2.0663.0160.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Binary complex of SARS-CoV-2 spike S1 with CR3022 Fab

全体名称: Binary complex of SARS-CoV-2 spike S1 with CR3022 Fab
要素
  • 複合体: Binary complex of SARS-CoV-2 spike S1 with CR3022 Fab
    • 複合体: RBD
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoproteinスパイクタンパク質
    • 複合体: Immunoblobulin heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: IgG H chain
    • 複合体: Immunoblobulin light chain
      • タンパク質・ペプチド: IgG L chain

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超分子 #1: Binary complex of SARS-CoV-2 spike S1 with CR3022 Fab

超分子名称: Binary complex of SARS-CoV-2 spike S1 with CR3022 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: RBD

超分子名称: RBD / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Immunoblobulin heavy chain

超分子名称: Immunoblobulin heavy chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: Immunoblobulin light chain

超分子名称: Immunoblobulin light chain / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 22.758518 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PNITNLCPFG EVFNATRFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVLY NSASFSTFKC YGVSPTKLND LCFTNVYADS FVIRGDEVRQ IAPGQTGKI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NNLDSKVGGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGST PCNGVEGFNC Y FPLQSYGF ...文字列:
PNITNLCPFG EVFNATRFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVLY NSASFSTFKC YGVSPTKLND LCFTNVYADS FVIRGDEVRQ IAPGQTGKI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NNLDSKVGGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGST PCNGVEGFNC Y FPLQSYGF QPTNGVGYQP YRVVVLSFEL LHAPATVCGP KKSTN

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分子 #2: IgG H chain

分子名称: IgG H chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.45552 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TQMQLVQSGT EVKKPGESLK ISCKGSGYGF ITYWIGWVRQ MPGKGLEWMG IIYPGDSETR YSPSFQGQVT ISADKSINTA YLQWSSLKA SDTAIYYCAG GSGISTPMDV WGQGTTVTVA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV ...文字列:
TQMQLVQSGT EVKKPGESLK ISCKGSGYGF ITYWIGWVRQ MPGKGLEWMG IIYPGDSETR YSPSFQGQVT ISADKSINTA YLQWSSLKA SDTAIYYCAG GSGISTPMDV WGQGTTVTVA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKKVEP KSCDKHHHHH H

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分子 #3: IgG L chain

分子名称: IgG L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.289885 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQLTQSPDS LAVSLGERAT INCKSSQSVL YSSINKNYLA WYQQKPGQPP KLLIYWASTR ESGVPDRFSG SGSGTDFTLT ISSLQAEDV AVYYCQQYYS TPYTFGQGTK VEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA L QSGNSQES ...文字列:
DIQLTQSPDS LAVSLGERAT INCKSSQSVL YSSINKNYLA WYQQKPGQPP KLLIYWASTR ESGVPDRFSG SGSGTDFTLT ISSLQAEDV AVYYCQQYYS TPYTFGQGTK VEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA L QSGNSQES VTEQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNRG EC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 2 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl, 0.02 % NaN3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13307 / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

粒子像選択選択した数: 4852523
詳細: Initial from template generated with subset of data.
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06) / 詳細: Default settings in Gctf.
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6vsb

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.1-live)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.1-live)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - バージョン: 2.14.1-live
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 327945
Image processing ID1

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画像解析 #2

粒子像選択選択した数: 4852523
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: RBD-CR3022 map in this deposition.
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.1-live)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.1-live)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.1-live)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.1-live) / 使用した粒子像数: 100295
Image processing ID2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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