+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10336 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Respiratory mucin MUC5B: C-terminal dimerization domain structure | |||||||||
マップデータ | CT5B of Muc5B refined with C2 symmetry | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Lockhart-Lockhart MP / Ridley C / Collins RF / Baldock C / Thornton DJ | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2019 タイトル: The C-terminal dimerization domain of the respiratory mucin MUC5B functions in mucin stability and intracellular packaging before secretion. 著者: Caroline Ridley / Michael P Lockhart-Cairns / Richard F Collins / Thomas A Jowitt / Durai B Subramani / Mehmet Kesimer / Clair Baldock / David J Thornton / 要旨: Mucin 5B (MUC5B) has an essential role in mucociliary clearance that protects the pulmonary airways. Accordingly, knowledge of MUC5B structure and its interactions with itself and other proteins is ...Mucin 5B (MUC5B) has an essential role in mucociliary clearance that protects the pulmonary airways. Accordingly, knowledge of MUC5B structure and its interactions with itself and other proteins is critical to better understand airway mucus biology and improve the management of lung diseases such as asthma, cystic fibrosis, and chronic obstructive pulmonary disease (COPD). The role of an N-terminal multimerization domain in the supramolecular organization of MUC5B has been previously described, but less is known about its C-terminal dimerization domain. Here, using cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and small-angle X-ray scattering (SAXS) analyses of recombinant disulfide-linked dimeric MUC5B dimerization domain we identified an asymmetric, elongated twisted structure, with a double globular base. We found that the dimerization domain is more resistant to disruption than the multimerization domain suggesting the twisted structure of the dimerization domain confers additional stability to MUC5B polymers. Size-exclusion chromatography-multiangle light scattering (SEC-MALS), SPR-based biophysical analyses and microscale thermophoresis of the dimerization domain disclosed no further assembly, but did reveal reversible, calcium-dependent interactions between the dimerization and multimerization domains that were most active at acidic pH, suggesting that these domains have a role in MUC5B intragranular organization. In summary, our results suggest a role for the C-terminal dimerization domain of MUC5B in compaction of mucin chains during granular packaging via interactions with the N-terminal multimerization domain. Our findings further suggest that the less stable multimerization domain provides a potential target for mucin depolymerization to remove mucus plugs in COPD and other lung pathologies. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10336.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-10336-v30.xml emd-10336.xml | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10336.png | 12.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10336 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10336 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10336_validation.pdf.gz | 206 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_10336_full_validation.pdf.gz | 205.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10336_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10336 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10336 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10336.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | CT5B of Muc5B refined with C2 symmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.0371 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Dimeric structure of C-terminal MUC5B with C2 symmetry
全体 | 名称: Dimeric structure of C-terminal MUC5B with C2 symmetry |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Dimeric structure of C-terminal MUC5B with C2 symmetry
超分子 | 名称: Dimeric structure of C-terminal MUC5B with C2 symmetry タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293-EBNA / 組換プラスミド: pCEP-His |
分子量 | 実験値: 260 kDa/nm |
-分子 #1: MUC5B
分子 | 名称: MUC5B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVIYNKTDRA GCHFYAVCNQ HCDID RFQG ACPTSPPPVS SAPLSSPSPA PGCDNAIPLR QVNETWTLEN CTVARCVGDN RVVLLD PKP VANVTCVNKH LPIKVSDPSQ PCDFHYECEC ICSMWGGSHY STFDGTSYTF RGNCTYV LM REIHARFGNL SLYLDNHYCT ...文字列: EVIYNKTDRA GCHFYAVCNQ HCDID RFQG ACPTSPPPVS SAPLSSPSPA PGCDNAIPLR QVNETWTLEN CTVARCVGDN RVVLLD PKP VANVTCVNKH LPIKVSDPSQ PCDFHYECEC ICSMWGGSHY STFDGTSYTF RGNCTYV LM REIHARFGNL SLYLDNHYCT ASATAAAARC PRALSIHYKS MDIVLTVTMV HGKEEGLI L FDQIPVSSGF SKNGVLVSVL GTTTMRVDIP ALGVSVTFNG QVFQARLPYS LFHNNTEGQ CGTCTNNQRD DCLQRDGTTA ASCKDMAKTW LVPDSRKDGC WAPTGTPPTA SPAAPVSSTP TPTPCPPQP LCDLMLSQVF AECHNLVPPG PFFNACISDH CRGRLEVPCQ SLEAYAELCR A RGVCSDWR GATGGLCDLT CPPTKVYKPC GPIQPATCNS RNQSPQLEGM AEGCFCPEDQ IL FNAHMGI CVQACPCVGP DGFPKFPGER WVSNCQSCVC DEGSVSVQCK PLPCDAQGQP PPC NRPGFV TVTRPRAENP CCPETVCVCN TTTCPQSLPV CPPGQESICT QEEGDCCPTF RCRP QLCSY NGTFYGVGAT FPGALPCHMC TCLSGDTQDP TVQCQEDACN NTTCPQGFEY KRVAG QCCG ECVQTACLTP DGQPVQLNET WVNSHVDNCT VYLCEAEGGV HLLTPQPASC PDVSSC RGS LRKTGCCYSC EEDSCQVRIN TTILWHQGCE TEVNITFCEG SCPGASKYSA EAQAMQH QC TCCQERRVHE ETVPLHCPNG SAILHTYTHV DECGCTPFCV PAPMAPPHTR GFPAQEAT A V |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Buffers were filtered and degassed before use. | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |