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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10316 | |||||||||
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タイトル | Hepatitis B virus core protein virus-like particle displaying the antigen: extra cellular adhesion domain NadA from Neisseria meningitidis. | |||||||||
マップデータ | Hepatitis B virus core protein with the extracellular domain of NadA inserted at the tip of the spikes of the VLP/capsid spikes. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / cell outer membrane / viral penetration into host nucleus / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / エンベロープ (ウイルス) / structural molecule activity / 細胞膜 ...microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / cell outer membrane / viral penetration into host nucleus / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / エンベロープ (ウイルス) / structural molecule activity / 細胞膜 / DNA binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Collins RF / Roseman AM / Derrick JP | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Vaccine / 年: 2020 タイトル: An assessment of the use of Hepatitis B Virus core protein virus-like particles to display heterologous antigens from Neisseria meningitidis. 著者: Sebastian Aston-Deaville / Emil Carlsson / Muhammad Saleem / Angela Thistlethwaite / Hannah Chan / Sunil Maharjan / Alessandra Facchetti / Ian M Feavers / C Alistair Siebert / Richard F ...著者: Sebastian Aston-Deaville / Emil Carlsson / Muhammad Saleem / Angela Thistlethwaite / Hannah Chan / Sunil Maharjan / Alessandra Facchetti / Ian M Feavers / C Alistair Siebert / Richard F Collins / Alan Roseman / Jeremy P Derrick / 要旨: Neisseria meningitidis is the causative agent of meningococcal meningitis and sepsis and remains a significant public health problem in many countries. Efforts to develop a comprehensive vaccine ...Neisseria meningitidis is the causative agent of meningococcal meningitis and sepsis and remains a significant public health problem in many countries. Efforts to develop a comprehensive vaccine against serogroup B meningococci have focused on the use of surface-exposed outer membrane proteins. Here we report the use of virus-like particles derived from the core protein of Hepatitis B Virus, HBc, to incorporate antigen domains derived from Factor H binding protein (FHbp) and the adhesin NadA. The extracellular domain of NadA was inserted into the major immunodominant region of HBc, and the C-terminal domain of FHbp at the C-terminus (CFHbp), creating a single polypeptide chain 3.7-fold larger than native HBc. Remarkably, cryoelectron microscopy revealed that the construct formed assemblies that were able to incorporate both antigens with minimal structural changes to native HBc. Electron density was weak for NadA and absent for CFHbp, partly attributable to domain flexibility. Following immunization of mice, three HBc fusions (CFHbp or NadA alone, NadA + CFHbp) were able to induce production of IgG1, IgG2a and IgG2b antibodies reactive against their respective antigens at dilutions in excess of 1:18,000. However, only HBc fusions containing NadA elicited the production of antibodies with serum bactericidal activity. It is hypothesized that this improved immune response is attributable to the adoption of a more native-like folding of crucial conformational epitopes of NadA within the chimeric VLP. This work demonstrates that HBc can incorporate insertions of large antigen domains but that maintenance of their three-dimensional structure is likely to be critical in obtaining a protective response. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10316.map.gz | 483.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10316-v30.xml emd-10316.xml | 23.1 KB 23.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10316.png | 199 KB | ||
その他 | emd_10316_additional_1.map.gz emd_10316_additional_2.map.gz emd_10316_half_map_1.map.gz emd_10316_half_map_2.map.gz | 253.6 MB 253.6 MB 475.3 MB 475.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10316 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10316 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10316.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Hepatitis B virus core protein with the extracellular domain of NadA inserted at the tip of the spikes of the VLP/capsid spikes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_10316_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Mask for FSC calculation
ファイル | emd_10316_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Mask for FSC calculation | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A.
ファイル | emd_10316_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B.
ファイル | emd_10316_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : VLP fusion sequence expressed in E.coli.
全体 | 名称: VLP fusion sequence expressed in E.coli. |
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要素 |
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-超分子 #1: VLP fusion sequence expressed in E.coli.
超分子 | 名称: VLP fusion sequence expressed in E.coli. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: HBcS-NadA-CFHbp Fusion protein with linker regions. HBc - Ordered core of VLP: from HBV core protein (NCBI taxonomy ID 10407). NadA - Partially ordered surface displayed domain: extracellular ...詳細: HBcS-NadA-CFHbp Fusion protein with linker regions. HBc - Ordered core of VLP: from HBV core protein (NCBI taxonomy ID 10407). NadA - Partially ordered surface displayed domain: extracellular domain of NadA from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487). CFHbp - Unresolved/disordered component : C-terminal domain of factor H binding protein from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487). |
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由来(天然) | 生物種: Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 / 組換プラスミド: pET-17b |
分子量 | 理論値: 14.9 MDa |
-分子 #1: HBcS-NadA-CFHbp
分子 | 名称: HBcS-NadA-CFHbp / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: expressed fusion chimera protein / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MDIDPYKEFG ATVELLSFLP SDFFPSVRDL LDTASALYRE ALESPEHCSP HHTALRQAI LCWGELMTLA TWVGNNLEDG GGGSGGGGSA TSDDDVKKAA TVAIVAAYNN GQEINGFKAG ETIYDIGED GTITQKDATA ADVEADDFKG LGLKKVVTNL TKTVNENKQN ...文字列: MDIDPYKEFG ATVELLSFLP SDFFPSVRDL LDTASALYRE ALESPEHCSP HHTALRQAI LCWGELMTLA TWVGNNLEDG GGGSGGGGSA TSDDDVKKAA TVAIVAAYNN GQEINGFKAG ETIYDIGED GTITQKDATA ADVEADDFKG LGLKKVVTNL TKTVNENKQN VDAKVKAAES E IEKLTTKL ADTDAALADT DAALDETTNA LNKLGENITT FAEETKTNIV KIDEKLEAVA DT VDKHAEA FNDIADSLDE TNTKADEAVK TANEAKQTAE ETKQNVDAKV KAAETAAGKA EAA AGTANT AADKAEAVAA KVTDIKADIA TNKADIAKNS ARIDSLDKNV ANLRKETRQG LAEQ AALSG LFQPYNVGEF GGGGSGGGGS RDLVVNYVNT NMGLKIRQLL WFHISCLTFG RETVL EYLV SFGVWIRTPP AYRPPNAPIL STLPETTVVG SGGGTHTSFD KLPEGGRATY RGTAFG SDD AGGKLTYTID FAAKQGNGKI EHLKSPELNV DLAAADIKPD GKRHAVISGS VLYNQAE KG SYSLGIFGGK AQEVAGSAEV KTVNGIRHIG LAAKQKLGGG WSHPQFEK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: PBS |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 3 ul applied for 30s at room temperature, then 4-5 s blot.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.84 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.424 µm / 倍率(補正後): 100719 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.0025 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.001 µm / 倍率(公称値): 104167 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-36 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2367 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 79.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 10119 詳細: Initially ~44,000 particles were initially picked and extracted in EMAN. Approx 12,000 were shell fragments or incomplete. Others were intact but lower resolution, so damaged or affected by ...詳細: Initially ~44,000 particles were initially picked and extracted in EMAN. Approx 12,000 were shell fragments or incomplete. Others were intact but lower resolution, so damaged or affected by charging, or other issue. After filtering/cleaning by EMAN2 2D classification 10119 particles were taken forwards for initial 3D reconstruction in EMAN2. This set of 10119 was then 2D cleaned by CryoSPARC to give 9145 particles. |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.01) / ソフトウェア - 詳細: then CTF applied by CryoSPARC |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v0.65) |
最終 3次元分類 | クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v0.65) / 詳細: model #0 94.2 % mode l#1 4.6 % model #2 1.2% |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v0.65) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v0.65) / 使用した粒子像数: 8598 |