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- EMDB-10297: Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, D6 capsule -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10297
タイトルHuman endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, D6 capsule
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, D6 capsule
    • タンパク質・ペプチド: Endogenous retrovirus group K member 24 Gag polyprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral process / nucleic acid binding / structural molecule activity / zinc ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
GAG-polyprotein viral zinc-finger / Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal ...GAG-polyprotein viral zinc-finger / Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Endogenous retrovirus group K member 24 Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.77 Å
データ登録者Acton OJH / Taylor IA / Rosenthal PB
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
The Francis Crick InstituteFC001143 英国
Wellcome Trust108014/Z/15/Z 英国
The Francis Crick InstituteFC001178 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for Fullerene geometry in a human endogenous retrovirus capsid.
著者: Oliver Acton / Tim Grant / Giuseppe Nicastro / Neil J Ball / David C Goldstone / Laura E Robertson / Kasim Sader / Andrea Nans / Andres Ramos / Jonathan P Stoye / Ian A Taylor / Peter B Rosenthal /
要旨: The HML2 (HERV-K) group constitutes the most recently acquired family of human endogenous retroviruses, with many proviruses less than one million years old. Many maintain intact open reading frames ...The HML2 (HERV-K) group constitutes the most recently acquired family of human endogenous retroviruses, with many proviruses less than one million years old. Many maintain intact open reading frames and provirus expression together with HML2 particle formation are observed in early stage human embryo development and are associated with pluripotency as well as inflammatory disease, cancers and HIV-1 infection. Here, we reconstruct the core structural protein (CA) of an HML2 retrovirus, assemble particles in vitro and employ single particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to determine structures of four classes of CA Fullerene shell assemblies. These icosahedral and capsular assemblies reveal at high-resolution the molecular interactions that allow CA to form both pentamers and hexamers and show how invariant pentamers and structurally plastic hexamers associate to form the unique polyhedral structures found in retroviral cores.
履歴
登録2019年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月23日-
マップ公開2020年1月1日-
更新2020年3月11日-
現状2020年3月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ssl
  • 表面レベル: 4.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6ssl
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10297.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10297.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.8 / ムービー #1: 4.8
最小 - 最大-22.243591 - 33.912037
平均 (標準偏差)-0.022670802 (±1.5582546)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ576576576
Spacing576576576
セルA=B=C: 627.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z576576576
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z627.840627.840627.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS576576576
D min/max/mean-22.24433.912-0.023

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_10297_additional.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, D6 capsule

全体名称: Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, D6 capsule
要素
  • 複合体: Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, D6 capsule
    • タンパク質・ペプチド: Endogenous retrovirus group K member 24 Gag polyprotein

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超分子 #1: Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, D6 capsule

超分子名称: Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, D6 capsule
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 3.1 MDa

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分子 #1: Endogenous retrovirus group K member 24 Gag polyprotein

分子名称: Endogenous retrovirus group K member 24 Gag polyprotein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.570488 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: PVTLEPMPPG EGAQEGEPPT VEARYKSFSI KMLKDMKEGV KQYGPNSPYM RTLLDSIAHG HRLIPYDWEI LAKSSLSPSQ FLQFKTWWI DGVQEQVRRN RAANPPVNID ADQLLGIGQN WSTISQQALM QNEAIEQVRA ICLRAWEKIQ DPGSACPSFN T VRQGSKEP ...文字列:
PVTLEPMPPG EGAQEGEPPT VEARYKSFSI KMLKDMKEGV KQYGPNSPYM RTLLDSIAHG HRLIPYDWEI LAKSSLSPSQ FLQFKTWWI DGVQEQVRRN RAANPPVNID ADQLLGIGQN WSTISQQALM QNEAIEQVRA ICLRAWEKIQ DPGSACPSFN T VRQGSKEP YPDFVARLQD VAQKSIADEK ARKVIVELMA YENANPECQS AIKPLKGKVP AGSDVISEYV KACDGIGGAM HK AMLMAQL E

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度16 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10935 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 16723

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 90 / 当てはまり具合の基準: map vs model FSC
得られたモデル

PDB-6ssl:
Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, D6 capsule

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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