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- EMDB-0772: H3-H3-H3 tri-nucleosome with the 30 base-pair linker DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0772
タイトルH3-H3-H3 tri-nucleosome with the 30 base-pair linker DNA
マップデータ
試料H3-H3-H3 tri-nucleosome with the 30 base-pair linker DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of megakaryocyte differentiation / CENP-A containing nucleosome assembly / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / DNA replication-independent nucleosome assembly / telomere capping / interleukin-7-mediated signaling pathway / chromatin silencing / telomere organization / DNA replication-dependent nucleosome assembly / nucleosome => GO:0000786 ...negative regulation of megakaryocyte differentiation / CENP-A containing nucleosome assembly / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / DNA replication-independent nucleosome assembly / telomere capping / interleukin-7-mediated signaling pathway / chromatin silencing / telomere organization / DNA replication-dependent nucleosome assembly / nucleosome => GO:0000786 / innate immune response in mucosa / rDNA heterochromatin assembly / negative regulation of gene expression, epigenetic / regulation of gene silencing by miRNA / regulation of gene silencing / nuclear chromosome / DNA-templated transcription, initiation / regulation of megakaryocyte differentiation / nucleosome assembly / ヌクレオソーム / lipopolysaccharide binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / chromatin organization / chromosome, telomeric region => GO:0000781 / killing of cells of other organism / antibacterial humoral response / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / 凝固・線溶系 / protein ubiquitination / cadherin binding / protein heterodimerization activity / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / negative regulation of cell population proliferation / chromatin => GO:0000785 / protein domain specific binding / cellular protein metabolic process / protein-containing complex / RNA binding / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / 生体膜 / extracellular region / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
Histone H2A / CENP-T/Histone H4, histone fold / Histone H2A conserved site / Histone H2A, C-terminal domain / Histone H4, conserved site / Histone-fold / Histone H2A/H2B/H3 / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Histone H4 / Histone H2B / Histone H3/CENP-A
Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / Histone H4 / ヒストンH3
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.7 Å
データ登録者Takizawa Y / Ho C-H / Tachiwana H / Ohi M / Wolf M / Kurumizaka H
資金援助 日本, 6件
OrganizationGrant number
Japan Society for the Promotion of ScienceJP18H05534 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP17H05013 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP17H01408 日本
Japan Society for the Promotion of Science15H05972 日本
Japan Society for the Promotion of Science17H06167 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP19K06522 日本
引用ジャーナル: Structure / : 2020
タイトル: Cryo-EM Structures of Centromeric Tri-nucleosomes Containing a Central CENP-A Nucleosome.
著者: Yoshimasa Takizawa / Cheng-Han Ho / Hiroaki Tachiwana / Hideyuki Matsunami / Wataru Kobayashi / Midori Suzuki / Yasuhiro Arimura / Tetsuya Hori / Tatsuo Fukagawa / Melanie D Ohi / Matthias ...著者: Yoshimasa Takizawa / Cheng-Han Ho / Hiroaki Tachiwana / Hideyuki Matsunami / Wataru Kobayashi / Midori Suzuki / Yasuhiro Arimura / Tetsuya Hori / Tatsuo Fukagawa / Melanie D Ohi / Matthias Wolf / Hitoshi Kurumizaka /
要旨: The histone H3 variant CENP-A is a crucial epigenetic marker for centromere specification. CENP-A forms a characteristic nucleosome and dictates the higher-order configuration of centromeric ...The histone H3 variant CENP-A is a crucial epigenetic marker for centromere specification. CENP-A forms a characteristic nucleosome and dictates the higher-order configuration of centromeric chromatin. However, little is known about how the CENP-A nucleosome affects the architecture of centromeric chromatin. In this study, we reconstituted tri-nucleosomes mimicking a centromeric nucleosome arrangement containing the CENP-A nucleosome, and determined their 3D structures by cryoelectron microscopy. The H3-CENP-A-H3 tri-nucleosomes adopt an untwisted architecture, with an outward-facing linker DNA path between nucleosomes. This is distinct from the H3-H3-H3 tri-nucleosome architecture, with an inward-facing DNA path. Intriguingly, the untwisted architecture may allow the CENP-A nucleosome to be exposed to the solvent in the condensed chromatin model. These results provide a structural basis for understanding the 3D configuration of CENP-A-containing chromatin, and may explain how centromeric proteins can specifically target the CENP-A nucleosomes buried in robust amounts of H3 nucleosomes in centromeres.
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履歴
登録2019年8月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月4日-
マップ公開2019年12月4日-
更新2019年12月4日-
現状2019年12月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 3.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 3.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0772.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 280 pix.
= 392. Å
1.4 Å/pix.
x 280 pix.
= 392. Å
1.4 Å/pix.
x 280 pix.
= 392. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.6 / ムービー #1: 3.6
最小 - 最大-4.573675 - 16.096634
平均 (標準偏差)0.00000000659 (±1)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 392.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z392.000392.000392.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-4.57416.0970.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 H3-H3-H3 tri-nucleosome with the 30 base-pair linker DNA

全体名称: H3-H3-H3 tri-nucleosome with the 30 base-pair linker DNA
構成要素数: 1

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構成要素 #1: タンパク質, H3-H3-H3 tri-nucleosome with the 30 base-pair linker DNA

タンパク質名称: H3-H3-H3 tri-nucleosome with the 30 base-pair linker DNA
組換発現: No
分子量理論値: 600 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 0.03 mg/mL / pH: 7.8
凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射量: 25 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズCs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラ検出器: FEI FALCON III (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 8035

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C2 (2回回転対称) / 投影像の数: 4534
3次元再構成ソフトウェア: RELION / 解像度: 15.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築

モデリング #1精密化のプロトコル: rigid body

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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