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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0667 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the mammalian ATP synthase tetramer bound with inhibitory protein IF1 | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex binding / regulation of ATP metabolic process / regulation of protein targeting to mitochondrion / positive regulation of proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / Mitochondrial protein import / angiostatin binding / ATPase inhibitor activity ...Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex binding / regulation of ATP metabolic process / regulation of protein targeting to mitochondrion / positive regulation of proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / Mitochondrial protein import / angiostatin binding / ATPase inhibitor activity / mitochondrial depolarization / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of hydrolase activity / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, catalytic core / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, stator stalk / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / heme biosynthetic process / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, catalytic sector F(1) / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / negative regulation of endothelial cell proliferation / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / : / ATP合成酵素 / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / reactive oxygen species metabolic process / proton transmembrane transport / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / 赤血球形成 / ADP binding / ミトコンドリア / protein polyubiquitination / ATPase binding / calmodulin binding / lipid binding / 細胞膜 / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ミトコンドリア / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gu JK / Zhang LX / Yi JB / Yang MJ | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structure of the mammalian ATP synthase tetramer bound with inhibitory protein IF1. 著者: Jinke Gu / Laixing Zhang / Shuai Zong / Runyu Guo / Tianya Liu / Jingbo Yi / Peiyi Wang / Wei Zhuo / Maojun Yang / 要旨: The mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase produces most of the ATP required by mammalian cells. We isolated porcine tetrameric ATP synthase and solved its structure at 6.2-angstrom ...The mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase produces most of the ATP required by mammalian cells. We isolated porcine tetrameric ATP synthase and solved its structure at 6.2-angstrom resolution using a single-particle cryo-electron microscopy method. Two classical V-shaped ATP synthase dimers lie antiparallel to each other to form an H-shaped ATP synthase tetramer, as viewed from the matrix. ATP synthase inhibitory factor subunit 1 (IF1) is a well-known in vivo inhibitor of mammalian ATP synthase at low pH. Two IF1 dimers link two ATP synthase dimers, which is consistent with the ATP synthase tetramer adopting an inhibited state. Within the tetramer, we refined structures of intact ATP synthase in two different rotational conformations at 3.34- and 3.45-Å resolution. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0667.map.gz | 397.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0667-v30.xml emd-0667.xml | 8.7 KB 8.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0667.png | 160.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0667 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0667 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6j5kMC 6znaM 0668C 0669C 0670C 0677C 6j54C 6j5aC 6j5iC 6j5jC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10283 (タイトル: Cryo-EM structure of the mammalian ATP synthase tetramer bound to inhibitory protein IF1 (Part1) Data size: 141.3 Data #1: Averaged micrographs of mammalian ATP synthase tetramer [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0667.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of the mammalian ATP synthase tetramer bound wi...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of the mammalian ATP synthase tetramer bound with inhibitory protein IF1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of the mammalian ATP synthase tetramer bound wi...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of the mammalian ATP synthase tetramer bound with inhibitory protein IF1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.56 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
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最終 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 170000 |