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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0630 | ||||||||||||
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タイトル | The axonemal doublet microtubule focusing on the inner junction region extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas pacrg; fap20 double mutant cilia | ||||||||||||
マップデータ | The axonemal doublet microtubule focusing on the inner junction region extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas pacrg; fap20 double mutant cilia | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | ||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lin J / Fu G / Nicastro D / Dymek EE / Porter M / Smith EF | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2019 タイトル: PACRG and FAP20 form the inner junction of axonemal doublet microtubules and regulate ciliary motility. 著者: Erin E Dymek / Jianfeng Lin / Gang Fu / Mary E Porter / Daniela Nicastro / Elizabeth F Smith / 要旨: We previously demonstrated that PACRG plays a role in regulating dynein-driven microtubule sliding in motile cilia. To expand our understanding of the role of PACRG in ciliary assembly and motility, ...We previously demonstrated that PACRG plays a role in regulating dynein-driven microtubule sliding in motile cilia. To expand our understanding of the role of PACRG in ciliary assembly and motility, we used a combination of functional and structural studies, including newly identified mutants. Using cryo-electron tomography we show that PACRG and FAP20 form the inner junction between the A- and B-tubule along the length of all nine ciliary doublet microtubules. The lack of PACRG and FAP20 also results in reduced assembly of inner-arm dynein IDA and the beak-MIP structures. In addition, our functional studies reveal that loss of PACRG and/or FAP20 causes severe cell motility defects and reduced in vitro microtubule sliding velocities. Interestingly, the addition of exogenous PACRG and/or FAP20 protein to isolated mutant axonemes restores microtubule sliding velocities, but not ciliary beating. Taken together, these studies show that PACRG and FAP20 comprise the inner junction bridge that serves as a hub for both directly modulating dynein-driven microtubule sliding, as well as for the assembly of additional ciliary components that play essential roles in generating coordinated ciliary beating. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0630.map.gz | 1.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0630-v30.xml emd-0630.xml | 11.9 KB 11.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0630.png | 57.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0630 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0630 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0630_validation.pdf.gz | 78.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0630_full_validation.pdf.gz | 77.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0630_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0630 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0630 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0630.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The axonemal doublet microtubule focusing on the inner junction region extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas pacrg; fap20 double mutant cilia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.523 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The inner junction region of axonemal doublet microtubule average...
全体 | 名称: The inner junction region of axonemal doublet microtubule averaged from Chlamydomonas pacrg; fap20 double mutant cilia |
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要素 |
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-超分子 #1: The inner junction region of axonemal doublet microtubule average...
超分子 | 名称: The inner junction region of axonemal doublet microtubule averaged from Chlamydomonas pacrg; fap20 double mutant cilia タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) Organelle: cilia |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: back-side blotting for 1.5-2.5 seconds before plunging. |
詳細 | Freshly isolated and demembranated cilia from Chlamydomonas pacrg; fap20 double mutant cells |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-15 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 1.57 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.2 µm / 倍率(補正後): 26000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用したサブトモグラム数: 1826 |
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抽出 | トモグラム数: 13 / 使用した粒子像数: 1826 / ソフトウェア - 名称: MATLAB |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD |