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万見
- EMDB-0307: Representative tomogram of the COPII in vitro reconstitution used... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0307
タイトルRepresentative tomogram of the COPII in vitro reconstitution used for subtomogram averaging
マップデータ*** This is a dummy file *** Representative unbinned 3D-CTF corrected tomogram used for subtomogram averaging of COPII assembled on membranes.
試料
  • 複合体: In vitro reconstitution of COPII membrane deformation with giant unilamellar vesicles (GUVs).
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Zanetti G / Hutchings J / Hagen WJH
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust109161/Z/15/A 英国
Royal SocietyDH130048 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Subtomogram averaging of COPII assemblies reveals how coat organization dictates membrane shape.
著者: Joshua Hutchings / Viktoriya Stancheva / Elizabeth A Miller / Giulia Zanetti /
要旨: Eukaryotic cells employ membrane-bound carriers to transport cargo between compartments in a process essential to cell functionality. Carriers are generated by coat complexes that couple cargo ...Eukaryotic cells employ membrane-bound carriers to transport cargo between compartments in a process essential to cell functionality. Carriers are generated by coat complexes that couple cargo capture to membrane deformation. The COPII coat mediates export from the endoplasmic reticulum by assembling in inner and outer layers, yielding carriers of variable shape and size that allow secretion of thousands of diverse cargo. Despite detailed understanding of COPII subunits, the molecular mechanisms of coat assembly and membrane deformation are unclear. Here we present a 4.9 Å cryo-tomography subtomogram averaging structure of in vitro-reconstituted membrane-bound inner coat. We show that the outer coat (Sec13-Sec31) bridges inner coat subunits (Sar1-Sec23-Sec24), promoting their assembly into a tight lattice. We directly visualize the membrane-embedded Sar1 amphipathic helix, revealing that lattice formation induces parallel helix insertions, yielding tubular curvature. We propose that regulators like the procollagen receptor TANGO1 modulate this mechanism to determine vesicle shape and size.
履歴
登録2018年10月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月7日-
マップ公開2018年11月7日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_0307.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0307.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈*** This is a dummy file *** Representative unbinned 3D-CTF corrected tomogram used for subtomogram averaging of COPII assembled on membranes.
ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報0.000270.000271
CCP4マップ ヘッダ情報0.000270.000271
EM Navigator ムービー #11.3271.3271.327
密度
最小 - 最大-32768 - 32767
平均 (標準偏差)-584.7793 (±-1)
対称性空間群: 0
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ370837081666
Spacing370837081666
セルA: 1.0 Å / B: 1.0 Å / C: 1666.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z0.000269687162891050.000269687162891051
M x/y/z370837081666
origin x/y/z0.0000.000-1666.000
length x/y/z1.0001.0001666.000
α/β/γ0.0000.0000.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS370837081666
D min/max/mean-32768.00032767.000-584.779

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : In vitro reconstitution of COPII membrane deformation with giant ...

全体名称: In vitro reconstitution of COPII membrane deformation with giant unilamellar vesicles (GUVs).
要素
  • 複合体: In vitro reconstitution of COPII membrane deformation with giant unilamellar vesicles (GUVs).

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超分子 #1: In vitro reconstitution of COPII membrane deformation with giant ...

超分子名称: In vitro reconstitution of COPII membrane deformation with giant unilamellar vesicles (GUVs).
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: BBI / 直径: 5 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0035 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0015 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 3.6 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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