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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0299 | |||||||||
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タイトル | Bacteriophage phi6 nucleocapsid reconstructed with icosahedral symmetry | |||||||||
マップデータ | Bacteriophage phi6 nucleocapsid reconstructed with icosahedral symmetry | |||||||||
試料 |
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キーワード | virus / dsRNA / capsid | |||||||||
機能・相同性 | : / Major inner capsid protein P1 / T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral nucleocapsid / RNA binding / identical protein binding / Major inner protein P1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas phage phi6 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Ilca SL / Huiskonen JT | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: Multiple liquid crystalline geometries of highly compacted nucleic acid in a dsRNA virus. 著者: Serban L Ilca / Xiaoyu Sun / Kamel El Omari / Abhay Kotecha / Felix de Haas / Frank DiMaio / Jonathan M Grimes / David I Stuart / Minna M Poranen / Juha T Huiskonen / 要旨: Characterizing the genome of mature virions is pivotal to understanding the highly dynamic processes of virus assembly and infection. Owing to the different cellular fates of DNA and RNA, the life ...Characterizing the genome of mature virions is pivotal to understanding the highly dynamic processes of virus assembly and infection. Owing to the different cellular fates of DNA and RNA, the life cycles of double-stranded (ds)DNA and dsRNA viruses are dissimilar. In terms of nucleic acid packing, dsDNA viruses, which lack genome segmentation and intra-capsid transcriptional machinery, predominantly display single-spooled genome organizations. Because the release of dsRNA into the cytoplasm triggers host defence mechanisms, dsRNA viruses retain their genomes within a core particle that contains the enzymes required for RNA replication and transcription. The genomes of dsRNA viruses vary greatly in the degree of segmentation. In members of the Reoviridae family, genomes consist of 10-12 segments and exhibit a non-spooled arrangement mediated by RNA-dependent RNA polymerases. However, whether this arrangement is a general feature of dsRNA viruses remains unknown. Here, using cryo-electron microscopy to resolve the dsRNA genome structure of the tri-segmented bacteriophage ɸ6 of the Cystoviridae family, we show that dsRNA viruses can adopt a dsDNA-like single-spooled genome organization. We find that in this group of viruses, RNA-dependent RNA polymerases do not direct genome ordering, and the dsRNA can adopt multiple conformations. We build a model that encompasses 90% of the genome, and use this to quantify variation in the packing density and to characterize the different liquid crystalline geometries that are exhibited by the tightly compacted nucleic acid. Our results demonstrate that the canonical model for the packing of dsDNA can be extended to dsRNA viruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0299.map.gz | 111.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0299-v30.xml emd-0299.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0299_fsc.xml | 17.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0299.png | 307.5 KB | ||
マスクデータ | emd_0299_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-0299.cif.gz | 6.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0299 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0299 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0299_validation.pdf.gz | 351.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0299_full_validation.pdf.gz | 350.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0299_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0299 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0299 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0299.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Bacteriophage phi6 nucleocapsid reconstructed with icosahedral symmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0299_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Pseudomonas phage phi6
全体 | 名称: Pseudomonas phage phi6 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Pseudomonas phage phi6
超分子 | 名称: Pseudomonas phage phi6 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10879 / 生物種: Pseudomonas phage phi6 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Pseudomonas syringae (バクテリア) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Outer Capsid Shell / T番号(三角分割数): 13 |
ウイルス殻 | Shell ID: 2 / 名称: Inner Capsid Shell / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: Major inner protein P1
分子 | 名称: Major inner protein P1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage phi6 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 85.080711 KDa |
配列 | 文字列: MFNLKVKDLN GSARGLTQAF AIGELKNQLS VGALQLPLQF TRTFSASMTS ELLWEVGKGN IDPVMYARLF FQYAQAGGAL SVDELVNQF TEYHQSTACN PEIWRKLTAY ITGSSNRAIK ADAVGKVPPT AILEQLRTLA PSEHELFHHI TTDFVCHVLS P LGFILPDA ...文字列: MFNLKVKDLN GSARGLTQAF AIGELKNQLS VGALQLPLQF TRTFSASMTS ELLWEVGKGN IDPVMYARLF FQYAQAGGAL SVDELVNQF TEYHQSTACN PEIWRKLTAY ITGSSNRAIK ADAVGKVPPT AILEQLRTLA PSEHELFHHI TTDFVCHVLS P LGFILPDA AYVYRVGRTA TYPNFYALVD CVRASDLRRM LTALSSVDSK MLQATFKAKG ALAPALISQH LANAATTAFE RS RGNFDAN AVVSSVLTIL GRLWSPSTPK ELDPSARLRN TNGIDQLRSN LALFIAYQDM VKQRGRAEVI FSDEELSSTI IPW FIEAMS EVSPFKLRPI NETTSYIGQT SAIDHMGQPS HVVVYEDWQF AKEITAFTPV KLANNSNQRF LDVEPGISDR MSAT LAPIG NTFAVSAFVK NRTAVYEAVS QRGTVNSNGA EMTLGFPSVV ERDYALDRDP MVAIAALRTG IVDESLEARA SNDLK RSMF NYYAAVMHYA VAHNPEVVVS EHQGVAAEQG SLYLVWNVRT ELRIPVGYNA IEGGSIRTPE PLEAIAYNKP IQPSEV LQA KVLDLANHTT SIHIWPWHEA STEFAYEDAY SVTIRNKRYT AEVKEFELLG LGQRRERVRI LKPTVAHAII QMWYSWF VE DDRTLAAARR TSRDDAEKLA IDGRRMQNAV TLLRKIEMIG TTGIGASAVH LAQSRIVDQM AGRGLIDDSS DLHVGINR H RIRIWAGLAV LQMMGLLSRS EAEALTKVLG DSNALGMVVA TTDIDPSL UniProtKB: Major inner protein P1 |
-分子 #2: Packaging Enzyme P4
分子 | 名称: Packaging Enzyme P4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage phi6 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 35.198426 KDa |
配列 | 文字列: MPIVVTQAHI DRVGIAADLL DASPVSLQVL GRPTAINTVV IKTYIAAVME LASKQGGSLA GVDIRPSVLL KDTAIFTKPK AKSADVESD VDVLDTGIYS VPGLARKPVT HRWPSEGIYS GVTALMGATG SGKSITLNEK LRPDVLIRWG EVAEAYDELD T AVHISTLD ...文字列: MPIVVTQAHI DRVGIAADLL DASPVSLQVL GRPTAINTVV IKTYIAAVME LASKQGGSLA GVDIRPSVLL KDTAIFTKPK AKSADVESD VDVLDTGIYS VPGLARKPVT HRWPSEGIYS GVTALMGATG SGKSITLNEK LRPDVLIRWG EVAEAYDELD T AVHISTLD EMLIVCIGLG ALGFNVAVDS VRPLLFRLKG AASAGGIVAV FYSLLTDISN LFTQYDCSVV MVVNPMVDAE KI EYVFGQV MASTVGAILC ADGNVSRTMF RTNKGRIFNG AAPLAADTHM PSMDRPTSMK ALDHTSIASV APLERGSVDT DDR NSAPRR GANFSL |
-分子 #3: Major Outer Capsid Protein P8
分子 | 名称: Major Outer Capsid Protein P8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage phi6 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 16.018418 KDa |
配列 | 文字列: MLLPVVARAA VPAIESAIAA TPGLVSRIAA AIGSKVSPSA ILAAVKSNPV VAGLTLAQIG STGYDAYQQL LENHPEVAEM LKDLSFKAD EIQPDFIGNL GQYREELELV EDAARFVGGM SNLIRLRQAL ELDIKYYGLK MQLNDMGYRS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 33.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |